mia-3dbrainextractT1 - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mia-3dbrainextractT1 - I-extract ang utak mula sa isang 3D T1 MRI head image.

SINOPSIS

mia-3dbraineextractT1 -i -o [mga pagpipilian]

DESCRIPTION

mia-3dbraineextractT1 Ang program na ito ay ginagamit upang kunin ang utak mula sa mga larawan ng T1 MR. Ito muna
nagpapatakbo ng pinagsamang fuzzy c-means clustering at B-field correction para mapadali ang isang 3D
segmentasyon ng 3D na imahe. Pagkatapos ay ang iba't ibang mga fiters ay tumatakbo upang makakuha ng isang puting bagay
segmentation bilang paunang maskara na pagkatapos ay ginagamit upang patakbuhin ang isang rehiyong lumalaki upang makakuha ng maskara ng
ang buong utak. Sa wakas, ang maskara na ito ay ginagamit upang ilabas ang utak mula sa field ng B0
mga naitama na larawan.

Opsyon

-i --in-file=(input, kinakailangan); io
(mga) input na imahe na ise-segment Para sa mga sinusuportahang uri ng file tingnan
MGA PLUGIN:3dimage/io

-o --out-file=(output, kinakailangan); io
brain mask Para sa mga sinusuportahang uri ng file tingnan ang PLUGINS:3dimage/io

-n --no-of-classes=3
bilang ng mga klasebilang ng mga klase

-w --wm-class=2
index ng puting bagayindex ng puting bagay

-p --wm-prob=0.7
posibilidad ng white matter class para sa paunang paggawa ng maskwhite matter class
posibilidad para sa paunang paggawa ng maskara

-t --grow-threshold=20
threshold ng intensity para sa lumalaking rehiyon ng intensity threshold para sa paglaki ng rehiyon

--grow-shape=18n
kapitbahayan mask rehiyon lumalaki

Tulong & Impormasyon
-V --verbose=babala
verbosity ng output, pag-print ng mga mensahe ng ibinigay na antas at mas mataas na priyoridad.
Ang mga sinusuportahang priyoridad na nagsisimula sa pinakamababang antas ay:
info - Mga mensahe sa mababang antas
kopyahin o sipiin sa pamamagitan ng pag-aninag - Trace ng tawag sa function
mabigo - Mag-ulat ng mga pagkabigo sa pagsubok
babala - Mga babala
mali - Mag-ulat ng mga error
mag-alis ng mga insekto ‐ Debug na output
mensahe - Mga normal na mensahe
nakamamatay ‐ Iulat lamang ang mga nakamamatay na pagkakamali

--copyright
i-print ang impormasyon sa copyright

-h --tulong
i-print ang tulong na ito

-? --gamit
mag-print ng maikling tulong

--bersyon
i-print ang numero ng bersyon at lumabas

Pagproseso
--mga thread=-1
Maximum na bilang ng mga thread na gagamitin para sa pagproseso, Ang bilang na ito ay dapat na mas mababa
o katumbas ng bilang ng mga lohikal na core ng processor sa makina. (-1:
awtomatikong pagtatantya). Pinakamataas na bilang ng mga thread na gagamitin para sa pagproseso, Ito
Ang numero ay dapat na mas mababa o katumbas ng bilang ng mga lohikal na core ng processor
ang makina. (-1: awtomatikong pagtatantya).

MGA PLUGIN: 3dimage/io

suriin Suriin ang 7.5 na larawan

Mga kinikilalang extension ng file: .HDR, .hdr

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
unsigned 8 bit, sign 16 bit, sign 32 bit, floating point 32 bit,
lumulutang na punto 64 bit

datapool Virtual IO papunta at mula sa panloob na data pool

Mga kinikilalang extension ng file: .@

dicom Mga serye ng imahe ng Dicom bilang 3D

Mga kinikilalang extension ng file: .DCM, .dcm

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 16 bit, hindi nilagdaan ang 16 bit

hdf5 HDF5 3D na imahe IO

Mga kinikilalang extension ng file: .H5, .h5

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, hindi nalagdaan 32 bit, nilagdaan ang 64 bit, hindi nalagdaan 64 bit, lumulutang
point 32 bit, floating point 64 bit

inria Larawan ng INRIA

Mga kinikilalang extension ng file: .INR, .inr

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

mhd MetaIO 3D image IO gamit ang pagpapatupad ng VTK (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

nifti NIFTI-1 3D na imahe IO

Mga kinikilalang extension ng file: .NII, .nii

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, signed 64 bit, unsigned 64 bit, floating point 32
bit, lumulutang na punto 64 bit

vff VFF Sun raster na format

Mga kinikilalang extension ng file: .VFF, .vff

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
unsigned 8 bit, sign 16 bit

tingnan 3D view

Mga kinikilalang extension ng file: .V, .VISTA, .v, .vista

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
kaunti

VTI 3D na larawang VTK-XML sa- at output (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .VTI, .vti

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
nilagdaan ang 8 bit, hindi nilagdaan ang 8 bit, nilagdaan ng 16 bit, hindi nalagdaan ng 16 bit, nilagdaan ng 32
bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64 bit

vtk 3D VTK image legacy sa- at output (pang-eksperimento).

Mga kinikilalang extension ng file: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Mga sinusuportahang uri ng elemento:
binary data, 8 bit na nilagdaan, 8 bit na hindi nilagdaan, 16 bit na nilagdaan, 16 bit na hindi nilagdaan,
nilagdaan ang 32 bit, unsigned 32 bit, floating point 32 bit, floating point 64
kaunti

Halimbawa

Gumawa ng mask mula sa input na larawan sa pamamagitan ng pagpapatakbo ng 5-class na segmentation sa inpt na larawan
input.v at gamitin ang class 4 bilang white matter class at iimbak ang masked na imahe sa masked.v at
ang B0-field na naitama na imahe sa b0.v

mia-3dbrainextractT1 -i input.v -n 5 -w 4 -o masked.v

AUTHOR(s)

Gert Wollny

COPYRIGHT

Ang software na ito ay Copyright (c) 1999‐2015 Leipzig, Germany at Madrid, Spain. Dumating ito
na WALANG WARRANTY at maaari mo itong muling ipamahagi sa ilalim ng mga tuntunin ng GNU
PANGKALAHATANG PUBLIC LICENSE Bersyon 3 (o mas bago). Para sa karagdagang impormasyon, patakbuhin ang programa gamit ang
opsyon na '--copyright'.

Gamitin ang mia-3dbrainextractT1 online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net