mipe2dbSTS - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

mipe2dbSTS.pl - Bumubuo ng input file para isumite sa dbSTS
kasama sa output: seksyon ng STS ng pagsusumite ng dbSTS
batay sa bersyon ng MIPE v1.1
mga argumento: * mipe_file
* config file
* (opsyonal) listahan ng mga PCR ID

Ang config file ay binubuo ng mga linya na naglalaman ng isang susi at isang halaga, na pinaghihiwalay ng isang pantay na tanda ('=').
Binubuo ang key ng lowercase na pangalan ng NCBI submission file (tingnan ang website dbSTS), na sinusundan ng
isang underscore at ang lowercase na pangalan ng field sa file na iyon.
Ang mga sumusunod na field ay dapat tukuyin sa config file:
pub_title=
pub_authors=
source_name=
source_organism=
cont_name=
cont_fax=
cont_tel=
cont_email=
cont_lab=
cont_inst=
cont_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
Para sa protocol_protocol, buffer_buffer at sts_pcr_profile, higit pang mga linya ang kinakailangan (tingnan ang halimbawa).

Ang isang halimbawa ng isang config file ay ganito ang hitsura:
pub_title=Genetic na pagmamapa ng mga SNP ng manok
pub_authors=Aerts,JA; Veenendaal,T.; Crooijmans,RPMA; Groenen, MAM
source_name=Chicken genomic DNA
source_organism=Gallus gallus
cont_name=Jan Aerts
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
cont_email=[protektado ng email]
cont_lab=Animal Breeding and Genomics Group
cont_inst=Pamantasan ng Wageningen
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, The Netherlands
protocol_name=Protocol_Aerts
protocol_protocol=Template: 30-60 ng
protocol_protocol=Primer: bawat 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: bawat 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 units
protocol_protocol=Volume: 12 ul
buffer_name=Buffer_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 mM
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 mM
buffer_buffer=Tris-HCl: 75 mM
buffer_buffer=Sa pagitan ng 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=pH: 8.8

Gumamit ng mipe2dbSTS online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net