primerse - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

primers - Simpleng bersyon ng primer3 para pumili ng mga PCR primer

SINOPSIS

mga panimulang aklat -pagkakasunod-sunod seqall [-target na rehiyon saklaw] [-maliit kabuuan] [-maxsize kabuuan]
[-maxdifftm lumutang] [-explainflag boolean] [-numbalik kabuuan] -outfile outfile

mga panimulang aklat -tulong

DESCRIPTION

mga panimulang aklat ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Nucleic:Primers".

Opsyon

input seksyon
-pagkakasunod-sunod seqall
Ang pagkakasunud-sunod kung saan pipiliin ang mga panimulang aklat. Ang pagkakasunud-sunod ay dapat ipakita 5' -> 3'

karagdagan seksyon
-target na rehiyon saklaw
Kung isa o higit pang Mga Target ang tinukoy, ang isang legal na pares ng panimulang aklat ay dapat tumabi ng kahit isa
sa kanila. Ang Target ay maaaring isang simpleng site na umuulit ng pagkakasunud-sunod (halimbawa, isang pag-uulit ng CA) o
isang single-base-pair polymorphism. Ang halaga ay dapat na isang hiwalay na espasyo na listahan ng
, pares kung saan ay ang index ng unang base ng isang Target, at
ay ang huling Hal 50,51 ay nangangailangan ng mga panimulang aklat upang palibutan ang 2 base sa mga posisyon 50
at 51.

-maliit kabuuan
Pinakamababang katanggap-tanggap na haba ng isang panimulang aklat. Dapat ay mas malaki sa 0 at mas mababa sa o katumbas
hanggang MAX-SIZE. Default na halaga: 18

-maxsize kabuuan
Pinakamataas na katanggap-tanggap na haba (sa mga base) ng isang primer. Sa kasalukuyan ang parameter na ito ay hindi maaaring
mas malaki sa 35. Ang limitasyong ito ay pinamamahalaan ng maximum na laki ng oligo kung saan ang Primer3's
may bisa ang temperatura ng pagkatunaw. Default na halaga: 27

-maxdifftm lumutang
Pinakamataas na katanggap-tanggap (unsigned) na pagkakaiba sa pagitan ng mga temperatura ng pagkatunaw ng
pasulong at pabalik na mga panimulang aklat. Default na halaga: 100.0

Pagbubuhos seksyon
-explainflag boolean
Kung hindi-0 ang flag na ito, gumawa ng LEFT-EXPLAIN at RIGHT-EXPLAIN, output, na kung saan ay
nilayon na magbigay ng impormasyon sa bilang ng mga pares ng primer na sinuri ng Primer3,
at mga istatistika sa bilang na itinapon sa iba't ibang dahilan. Default na halaga: N

-numbalik kabuuan
Ang maximum na bilang ng mga pares ng primer na ibabalik. Ang mga panimulang pares na ibinalik ay pinagsunod-sunod
ang kanilang 'kalidad', sa madaling salita sa pamamagitan ng halaga ng layunin ng function (kung saan ang isang mas mababa
numero ay nagpapahiwatig ng isang mas mahusay na pares ng panimulang aklat). Mag-ingat: itakda ang parameter na ito sa isang malaki
ang halaga ay tataas ang oras ng pagtakbo. Default na halaga: 5

-outfile outfile

Gumamit ng primerse online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net