Ito ang command na SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh - hulaan ang epekto ng pagpapalit ng amino acid sa
function ng protina
SINOPSIS
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh
[BLAST_PROCESSORS]
DESCRIPTION
Hinuhulaan ng SIFT kung ang pagpapalit ng amino acid ay nakakaapekto sa paggana ng protina batay sa
sequence homology at ang mga pisikal na katangian ng mga amino acid.
Ang mga resulta ay naka-imbak sa ./ .SIFTprediction.
Ang program na ito ay ginagamit para sa FASTA input at bahagi ng SIFT suite.
Opsyon
Protein sequence sa fasta format.
Database ng protina upang maghanap. Ang mga pagkakasunud-sunod na ito ay ipinapalagay na gumagana.
File ng mga pagpapalit na mahulaan. Tingnan ang /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
para sa isang halimbawa ng format. Kung magbibigay ka ng '-', mga marka para sa lahat ng mutasyon ng kabuuan
naka-print ang pagkakasunud-sunod ng protina.
[BLAST_PROCESSORS]
Bilang ng mga processor/core na gagamitin kapag nagpapatakbo ng blast sa pamamagitan ng -a argumento.
HALIMBAWA
SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh /usr/share/doc/sift/examples/lacI.fasta [BLAST_DB] /usr/share/doc/sift/examples/lacI.subst
Gamitin ang SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
