tigr-extract - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

tigr-glimmer — Mga pinong posisyon ng pagsisimula/paghinto ng mga gene sa genome sequence

SINOPSIS

tigr-extract [genome-file mga pagpipilian]

DESCRIPTION

Ang extract ng program ay kumukuha ng FASTA format sequence file at isang file na may listahan ng start/stop
mga posisyon sa file na iyon (hal., gaya ng ginawa ng long-orfs program) at mga extract at
output ang tinukoy na mga sequence.

Ang unang command-line argument ay ang pangalan ng sequence file, na dapat nasa FASTA
format.

Ang pangalawang command-line argument ay ang pangalan ng coordinate file. Dapat itong maglaman ng a
listahan ng mga pares ng mga posisyon sa unang file, isa sa bawat linya. Ang format ng bawat entry ay:

>

Ang file na ito ay hindi dapat maglaman ng iba pang impormasyon, kaya kung ginagamit mo ang output ng glimmer
o long-orfs , kakailanganin mong putulin ang mga linya ng header.

Ang output ng programa ay napupunta sa karaniwang output at mayroong isang linya para sa bawat linya sa loob
ang coordinate file. Ang bawat linya ay naglalaman ng IDstring , na sinusundan ng puting espasyo, na sinusundan
sa pamamagitan ng substring ng sequence file na tinukoy ng coordinate pair. Sa partikular, ang
Ang substring ay nagsisimula sa unang posisyon ng pares at nagtatapos sa pangalawang posisyon
(kasama). Kung ang unang posisyon ay mas malaki kaysa sa pangalawa, ang DNA ay baligtarin
nabubuo ang pandagdag ng bawat posisyon. Start/stop pares na "balot" sa dulo ng
pinapayagan ang genome.

Opsyon

-laktawan ginagawang alisin ng output ang unang 3 character ng bawat sequence, ibig sabihin, lumalaktaw ito
sa simula ng codon. Ito ang pag-uugali ng nakaraang bersyon ng
programa.

-l ginagawang alisin ang output ng isang sequence na mas maikli kaysa sa n character. n kasama ang
3 nilaktawan na character kung ang -skip switch ay isa.

Gumamit ng tigr-extract online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net