Ito ang command na TransDecoder.Predict na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
Transdecoder - Transcriptome Protein Prediction
PAGGAMIT
Kailangan:
-t transcripts.fasta
Mga karaniwang opsyon:
--retain_long_orfs panatilihin ang lahat ng nakitang ORF na katumbas o mas mahaba kaysa sa maraming nucleotide na ito kahit na walang ibang ebidensya
minarkahan ito bilang coding (default: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm para maghanap
gamit ang hmmscan (na dapat ma-access sa pamamagitan ng iyong setting ng PATH)
--retain_blastp_hits
Advanced na mga pagpipilian
--tren FASTA file na may mga ORF upang sanayin ang Markov Mod para sa pagkilala sa protina; kung hindi
pinakamahabang hindi paulit-ulit na ORF na ginamit
-T Kung walang --train, nangungunang pinakamahabang ORF para sanayin ang Markov Model (hexamer stats) (default: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PREDICT(1)
Gamitin ang TransDecoder.Predict online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net
