vcftools - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

vcftools - pag-aralan ang mga VCF file

SINOPSIS

vcftools [Opsyon]

DESCRIPTION

Ang vcftools program ay pinapatakbo mula sa command line. Ang interface ay inspirasyon ng PLINK, at
kaya dapat ay pamilyar sa mga gumagamit ng package na iyon. Ang mga utos ay nasa sumusunod na anyo:

vcftools --vcf file1.vcf --chr 20 --freq

Ang command sa itaas ay nagsasabi sa vcftools na magbasa sa file na file1.vcf, i-extract ang mga site sa
chromosome 20, at kalkulahin ang dalas ng allele sa bawat site. Ang nagresultang allele
Ang mga pagtatantya ng dalas ay iniimbak sa output file, out.freq. Gaya sa halimbawa sa itaas,
Ang output mula sa vcftools ay pangunahing ipinadala sa mga output file, kumpara sa ipinapakita sa
screen.

Tandaan na ang ilang mga utos ay maaaring available lamang sa pinakabagong bersyon ng vcftools. Upang makuha
ang pinakabagong bersyon, dapat mong gamitin ang SVN upang tingnan ang pinakabagong code, tulad ng inilarawan sa
home page.

Tandaan din na ang mga polyploid genotype ay kasalukuyang hindi sinusuportahan.

Basic Options
--vcf
Tinutukoy ng opsyong ito ang VCF file na ipoproseso. Ang mga file ay kailangang i-decompress
bago gamitin sa vcftools. Inaasahan ng vcftools ang mga file sa VCF format na v4.0, a
espesipikasyon ng kung saan ay matatagpuan dito.

--gzvcf
Maaaring gamitin ang opsyong ito bilang kapalit ng --vcf na opsyon para basahin ang naka-compress (gzipped)
Direktang mga VCF file. Tandaan na ang opsyong ito ay maaaring medyo mabagal kapag ginamit sa malaki
file.

--labas
Tinutukoy ng opsyong ito ang output filename prefix para sa lahat ng file na nabuo ng vcftools.
Halimbawa, kung ay nakatakda sa output_filename, kung gayon ang lahat ng mga output file ay magiging
ng form na output_filename.*** . Kung ang opsyon na ito ay tinanggal, ang lahat ng mga output file ay
may prefix na 'out.'.

Lugar Filter Options
--chr
Iproseso lamang ang mga site na may pagtutugma ng chromosome identifier

--mula sa-bp

--sa-bp
Tinutukoy ng mga opsyong ito ang pisikal na hanay ng mga site na ipoproseso. Mga site sa labas
ng saklaw na ito ay hindi isasama. Magagamit lamang ang mga opsyong ito kasabay ng
--chr.

--snp
Isama ang (mga) SNP na may katugmang ID. Ang utos na ito ay maaaring gamitin nang maraming beses sa pagkakasunud-sunod
upang isama ang higit sa isang SNP.

--snps
Isama ang isang listahan ng mga SNP na ibinigay sa isang file. Ang file ay dapat maglaman ng isang listahan ng mga SNP ID,
na may isang ID bawat linya.

--ibukod
Ibukod ang isang listahan ng mga SNP na ibinigay sa isang file. Ang file ay dapat maglaman ng isang listahan ng mga SNP ID,
na may isang ID bawat linya.

--mga posisyon
Isama ang isang hanay ng mga site batay sa isang listahan ng mga posisyon. Ang bawat linya ng input
Ang file ay dapat maglaman ng isang (tab-separated) chromosome at posisyon. Ang file ay dapat
magkaroon ng linya ng header. Ang mga site na hindi kasama sa listahan ay hindi kasama.

--kama

--bukod-kama
Isama o ibukod ang isang hanay ng mga site batay sa isang BED file. Tanging ang unang tatlo
mga column (chrom, chromStart at chromEnd) ay kinakailangan. Ang BED file ay dapat mayroong a
linya ng header.

--alisin-na-filter-lahat

--alis-na-filter

--keep-filter
Ang mga opsyong ito ay ginagamit upang i-filter ang mga site batay sa kanilang FILTER flag. Ang
ang unang opsyon ay nag-aalis ng lahat ng mga site na may FILTER flag. Ang pangalawang opsyon ay maaaring gamitin sa
ibukod ang mga site na may partikular na flag ng filter. Ang ikatlong opsyon ay maaaring gamitin upang pumili
mga site batay sa mga partikular na flag ng filter. Ang pangalawa at pangatlong opsyon ay maaaring
ginamit nang maraming beses upang tumukoy ng maraming FILTER. Ang --keep-filtered na opsyon ay
inilapat bago ang --remove-filtered na opsyon.

--minQ
Isama lamang ang mga site na may Kalidad sa itaas ng threshold na ito.

--min-meanDP

--max-meanDP
Isama ang mga site na may mean Depth sa loob ng mga threshold na tinukoy ng mga opsyong ito.

--maf

--max-maf
Isama lamang ang mga site na may Minor Allele Frequency sa loob ng tinukoy na hanay.

--non-ref-af

--max-non-ref-af
Isama lamang ang mga site na may Non-Reference Allele Frequency sa loob ng tinukoy na hanay.

--kulay
Sinusuri ang mga site para sa Hardy-Weinberg Equilibrium gamit ang eksaktong pagsubok, gaya ng tinukoy ng
Wigginton, Cutler at Abecasis (2005). Mga site na may p-value sa ibaba ng threshold
na tinukoy ng opsyong ito ay itinuturing na wala sa HWE, at samakatuwid ay hindi kasama.

--geno
Ibukod ang mga site batay sa proporsyon ng nawawalang data (tinukoy na nasa pagitan
0 at 1).

--min-aleles

--max-aleles
Isama lamang ang mga site na may bilang ng mga allele sa loob ng tinukoy na hanay. Para sa
halimbawa, upang isama lamang ang mga bi-allelic na site, maaaring gamitin ng isa ang:

vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2

--maskara

--baligtad-mask

--mask-min
Isama ang mga site batay sa isang file na parang FASTA. Ang ibinigay na file ay naglalaman ng a
pagkakasunud-sunod ng mga integer digit (sa pagitan ng 0 at 9) para sa bawat posisyon sa isang chromosome na
tukuyin kung ang isang site sa posisyong iyon ay dapat na i-filter o hindi. Isang halimbawa ng mask file
ay magiging katulad ng:

>1
0000011111222 ...

Sa halimbawang ito, ang mga site sa VCF file na matatagpuan sa loob ng unang 5 base ng
pananatilihin ang simula ng chromosome 1, samantalang ang mga site sa posisyon 6 pataas ay mananatili
na-filter out. Ang threshold integer na tumutukoy kung ang mga site ay na-filter o hindi ay
itakda gamit ang --mask-min na opsyon, na nagde-default sa 0. Ang mga chromosome na nakapaloob sa
ang mask file ay dapat na pinagsunod-sunod sa parehong pagkakasunud-sunod ng VCF file. Ang --mask na opsyon
ay ginagamit upang tukuyin ang mask file na gagamitin, samantalang ang --invert-mask na opsyon ay maaari
gamitin upang tukuyin ang isang mask file na mababaligtad bago ilapat.

Indibiduwal Mga filter
--indv
Tukuyin ang isang indibidwal na pananatilihin sa pagsusuri. Ang pagpipiliang ito ay maaaring gamitin nang maramihan
beses upang tukuyin ang maraming indibidwal.

--panatilihin
Magbigay ng file na naglalaman ng listahan ng mga indibidwal na isasama sa kasunod na pagsusuri.
Ang bawat indibidwal na ID (tulad ng tinukoy sa headerline ng VCF) ay dapat isama sa a
hiwalay na linya.

--remove-indv
Tukuyin ang isang indibidwal na aalisin sa pagsusuri. Maaaring gamitin ang pagpipiliang ito
maraming beses upang tukuyin ang maraming indibidwal. Kung ang --indv na opsyon ay din
tinukoy, pagkatapos ay ang --indv na opsyon ay isasagawa bago ang --remove-indv na opsyon.

--alisin
Magbigay ng file na naglalaman ng listahan ng mga indibidwal na ibubukod sa kasunod na pagsusuri.
Ang bawat indibidwal na ID (tulad ng tinukoy sa headerline ng VCF) ay dapat isama sa a
hiwalay na linya. Kung parehong ginagamit ang --keep at ang --remove na mga opsyon, pagkatapos ay ang
--keep na opsyon ay ipapatupad bago ang --remove na opsyon.

--mon-indv-meanDP

--max-indv-meanDP
Kalkulahin ang ibig sabihin ng saklaw sa bawat-indibidwal na batayan. Tanging mga indibidwal na may
ang saklaw sa loob ng saklaw na tinukoy ng mga opsyong ito ay kasama sa kasunod
pinag-aaralan.

--isip
Tukuyin ang minimum na limitasyon sa rate ng tawag para sa bawat indibidwal.

--phased
Una, ibinubukod ang lahat ng mga indibidwal na mayroong lahat ng genotypes na walang phase, at pagkatapos
ibinubukod ang lahat ng mga site na may unphased genotypes. Ang natitirang data samakatuwid ay binubuo
ng phased data lamang.

Dyenotayp Mga filter
--alisin-na-filter-geno-lahat

--alisin-na-filter-geno
Tinatanggal ng unang opsyon ang lahat ng genotype na may flag ng FILTER. Ang pangalawang pagpipilian ay maaaring
ginagamit upang ibukod ang mga genotype na may partikular na flag ng filter.

--minGQ
Ibukod ang lahat ng genotype na may kalidad na mas mababa sa threshold na tinukoy ng opsyong ito
(GQ).

--minDP
Ibukod ang lahat ng genotype na may lalim ng pagkakasunud-sunod sa ibaba na tinukoy ng opsyong ito
(SD)

Pagbubuhos Istatistika
--freq

--nagbibilang

--freq2

--bilang2
Output per-site na dalas ng impormasyon. Ang --freq ay naglalabas ng allele frequency sa a
file na may suffix na '.frq'. Ang pagpipiliang --counts ay naglalabas ng katulad na file na may
suffix na '.frq.count', na naglalaman ng mga raw allele count sa bawat site. Ang --freq2
at --count2 na mga opsyon ay ginagamit upang sugpuin ang impormasyon ng allele sa output file. Sa
sa kasong ito, ang pagkakasunud-sunod ng mga freq/bilang ay depende sa pagnunumero sa VCF file.

--lalim
Bumubuo ng file na naglalaman ng mean depth bawat indibidwal. Ang file na ito ay may suffix
'.idepth'.

--site-depth

--site-mean-depth
Bumubuo ng file na naglalaman ng lalim ng bawat site. Ang --site-depth na opsyon ay naglalabas ng
lalim para sa bawat site na pinagsama-sama sa mga indibidwal. Ang file na ito ay may suffix na '.ldepth'.
Gayundin, ang --site-mean-depth ay naglalabas ng mean depth para sa bawat site, at ang
ang output file ay may suffix na '.ldepth.mean'.

--geno-depth
Bumubuo ng (posibleng napakalaki) na file na naglalaman ng lalim para sa bawat genotype sa
ang VCF file. Ang mga nawawalang entry ay binibigyan ng halaga -1. Ang file ay may suffix
'.gdepth'.

--kalidad ng site
Bumubuo ng file na naglalaman ng per-site na kalidad ng SNP, tulad ng makikita sa QUAL column
ng VCF file. Ang file na ito ay may suffix na '.lqual'.

--het Kinakalkula ang isang sukatan ng heterozygosity sa isang per-indibidwal na batayan. Sa partikular, ang
Ang inbreeding coefficient, F, ay tinatantya para sa bawat indibidwal gamit ang isang paraan ng
sandali. Ang resultang file ay may suffix na '.het'.

--matapang
Nag-uulat ng p-value para sa bawat site mula sa isang Hardy-Weinberg Equilibrium test (tulad ng tinukoy
ni Wigginton, Cutler at Abecasis (2005)). Ang resultang file (na may suffix na '.hwe')
naglalaman din ng mga Observed number ng Homozygotes at Heterozygotes at ang
kaukulang Inaasahang numero sa ilalim ng HWE.

--nawawala
Bumubuo ng dalawang file na nag-uulat ng kawalan sa isang per-indibidwal at bawat-site
batayan. Ang dalawang file ay may mga suffix na '.imiss' at '.lmiss' ayon sa pagkakabanggit.

--hap-r2

--geno-r2

--ld-window

--ld-window-bp

--min-r2
Ginagamit ang mga opsyong ito upang iulat ang mga istatistika ng Linkage Disequilibrium (LD) bilang
summarized ng r2 statistic. Ang --hap-r2 na opsyon ay nagpapaalam sa vcftools na mag-output a
file na nag-uulat ng r2 statistic gamit ang mga phased haplotypes. Ito ang tradisyonal
Ang sukat ng LD ay madalas na naiulat sa literatura ng genetika ng populasyon. Kung phased
Ang mga haplotype ay hindi magagamit kung gayon ang --geno-r2 na opsyon ay maaaring gamitin, na kinakalkula
ang squared correlation coefficient sa pagitan ng mga genotype na naka-encode bilang 0, 1 at 2 hanggang
kumakatawan sa bilang ng mga non-reference allele sa bawat indibidwal. Ito ay pareho
bilang LD measure na iniulat ng PLINK. Ang bersyon ng haplotype ay naglalabas ng isang file na may
suffix '.hap.ld', samantalang ang bersyon ng genotype ay naglalabas ng file na may suffix
'.geno.ld'. Ang bersyon ng haplotype ay nagpapahiwatig ng opsyon --phased.

Ang --ld-window na opsyon ay tumutukoy sa maximum na SNP separation para sa pagkalkula ng
LD. Gayundin, ang --ld-window-bp na opsyon ay maaaring gamitin upang tukuyin ang maximum na pisikal
paghihiwalay ng mga SNP na kasama sa pagkalkula ng LD. Sa wakas, ang --min-r2 sets a
minimum na halaga para sa r2 sa ibaba kung saan ang istatistika ng LD ay hindi naiulat.

--SNPdnsity
Kinakalkula ang bilang at density ng mga SNP sa mga bin na may sukat na tinukoy ng opsyong ito.
Ang resultang output file ay may suffix na '.snpden'.

--TsTv
Kinakalkula ang Transition / Transversion ratio sa mga bin na may sukat na tinukoy nito
opsyon. Ang resultang output file ay may suffix na '.TsTv'. Isang buod din
ibinigay sa isang file na may suffix na '.TsTv.summary'.

--FILTER-buod
Bumubuo ng buod ng bilang ng mga SNP at Ts/Tv ratio para sa bawat kategorya ng FILTER.
Ang output file ay may suffix na '.FILTER.summary.

--filtered-sites
Gumagawa ng dalawang file na naglilista ng mga site na itinago o inalis pagkatapos ng pag-filter. Ang
unang file, na may suffix na '.kept.sites', ay naglilista ng mga site na pinapanatili ng vcftools pagkatapos ng mga filter
ay inilapat. Ang pangalawang file, na may suffix na '.removed.sites', ay naglilista ng mga site
inalis ng mga inilapat na filter.

--mga singleton
Ang pagpipiliang ito ay bubuo ng isang file na nagdedetalye ng lokasyon ng mga singleton, at ang
indibidwal kung saan sila naganap. Ang file ay nag-uulat ng parehong tunay na mga singleton, at pribado
doubletons (ibig sabihin, mga SNP kung saan ang minor allele ay nangyayari lamang sa isang indibidwal at
ang indibidwal na iyon ay homozygotic para sa allele na iyon). Ang output file ay may suffix
'.singleton'.

--site-pi

--window-pi
Ang mga opsyong ito ay ginagamit upang tantyahin ang mga antas ng pagkakaiba-iba ng nucleotide. Ang unang pagpipilian
ginagawa ito sa bawat site na batayan, at ang output file ay may suffix na '.sites.pi'. Ang
kinakalkula ng pangalawang opsyon ang pagkakaiba-iba ng nucleotide sa mga bintana, kasama ang laki ng window
tinukoy sa argumentong opsyon. Ang output para sa opsyong ito ay may suffix
'.windowed.pi'. Ang naka-window na bersyon ay nangangailangan ng phased data, at samakatuwid ay ginagamit ito
ang opsyon ay nagpapahiwatig ng --phased na opsyon.

Pagbubuhos in iba Format ng
--O12 Ang opsyong ito ay naglalabas ng mga genotype bilang isang malaking matrix. Tatlong file ang ginawa. Ang
una, na may suffix na '.012', ay naglalaman ng mga genotype ng bawat indibidwal sa isang hiwalay
linya. Ang mga genotype ay kinakatawan bilang 0, 1 at 2, kung saan kinakatawan iyon ng numero
bilang ng mga non-reference alleles. Ang mga nawawalang genotype ay kinakatawan ng -1. Ang
pangalawang file, na may suffix na '.012.indv' na mga detalye ng mga indibidwal na kasama sa pangunahing
file. Ang ikatlong file, na may suffix na '.012.pos' ay nagdedetalye ng mga lokasyon ng site na kasama
ang pangunahing file.

--IMPUTE
Ang opsyong ito ay naglalabas ng mga phased haplotypes sa IMPUTE reference-panel na format. Bilang IMPUTE
nangangailangan ng phased data, gamit ang opsyong ito ay nagpapahiwatig din ng --phased. Unphased
ang mga indibidwal at genotype ay samakatuwid ay hindi kasama. Mga bi-allelic na site lang ang
kasama sa output. Ang paggamit ng pagpipiliang ito ay bumubuo ng tatlong mga file. Ang IMPUTE
Ang haplotype file ay may suffix na '.impute.hap', at ang IMPUTE legend file ay may
suffix na '.impute.hap.legend'. Ang ikatlong file, na may suffix na '.impute.hap.indv',
mga detalye ng mga indibidwal na kasama sa haplotype na file, bagama't ang file na ito ay hindi
kailangan ng IMPUTE.

--lhat

--lhat-geno
Ang mga opsyong ito ay naglalabas ng data sa LDhat na format. Ang paggamit ng mga opsyong ito ay nangangailangan din ng
--chr na opsyon sa by used. Ang pagpipiliang --lhat ay naglalabas lamang ng phased data, at samakatuwid
nagpapahiwatig din ng --phased, na humahantong sa unphased indibidwal at genotypes being
hindi kasama. Bilang kahalili, tinatrato ng --ldhat-geno na opsyon ang lahat ng data bilang
unphased, at samakatuwid ay naglalabas ng mga LDhat file sa genotype/unphased na format. Sa alinman
kaso, dalawang file ang nabuo gamit ang mga suffix na '.ldhat.sites' at '.ldhat.locs',
na tumutugma sa LDhat 'sites' at 'locs' input file ayon sa pagkakabanggit.

--BEAGLE-GL
Ang opsyong ito ay naglalabas ng impormasyon sa posibilidad ng genotype para sa pagpasok sa BEAGLE
programa. Ang opsyong ito ay nangangailangan ng VCF file na maglaman ng FORMAT GL tag, na maaari
sa pangkalahatan ay output ng mga tumatawag sa SNP tulad ng GATK. Ang paggamit ng opsyong ito ay nangangailangan ng a
chromosome na tutukuyin sa pamamagitan ng --chr na opsyon. Ang resultang output file (na may
ang suffix na '.BEAGLE.GL') ay naglalaman ng mga genotype na posibilidad para sa mga biallelic na site, at
angkop para sa input sa BEAGLE sa pamamagitan ng 'like=' argument.

--plink
Ang opsyong ito ay naglalabas ng data ng genotype sa PLINK PED na format. Dalawang file ang nabuo,
na may mga suffix na '.ped' at '.map'. Tandaan na bi-allelic loci lang ang ilalabas.
Ang mga karagdagang detalye ng mga file na ito ay matatagpuan sa dokumentasyon ng PLINK.

Tandaan: Maaaring napakabagal ng opsyong ito sa malalaking dataset. Gamit ang --chr na opsyon sa
hatiin ang dataset ay pinapayuhan.

--plink-tped
Ang --plink na opsyon sa itaas ay maaaring napakabagal sa malalaking dataset. Isang alternatibo
na maaaring mas mabilis ay mag-output sa PLINK transposed na format.
Ito ay maaaring makamit gamit ang --plink-tped na opsyon, na gumagawa ng dalawang file na may
mga suffix na '.tped' at '.tfam'.

--recode
Ang --recode na opsyon ay ginagamit upang makabuo ng VCF file mula sa input na VCF file na mayroon
inilapat ang mga opsyon na tinukoy ng user. Ang output file ay may suffix
'.recode.vcf'.

Bilang default, ang mga field ng INFO ay tinanggal mula sa output file, bilang mga halaga ng INFO
maaaring mawalan ng bisa ng recoding (hal. ang kabuuang lalim ay maaaring kailanganin
muling kalkulahin kung ang mga indibidwal ay aalisin). Ang default na pag-andar na ito ay maaaring
na-override sa pamamagitan ng paggamit ng --keep-INFO opsyon, kung saan tumutukoy sa
INFO key upang itago sa output file. Ang --keep-INFO flag ay maaaring gamitin ng maramihan
beses. Bilang kahalili, ang opsyon --keep-INFO-all ay maaaring gamitin upang mapanatili ang lahat ng INFO
field.

sari-sari
--extract-FORMAT-info
I-extract ang impormasyon mula sa mga field ng genotype sa VCF file na nauugnay sa isang tinukoy
FORMAT identifier. Halimbawa, ang paggamit ng opsyong '--extract-FORMAT-info GT' ay gagawin
i-extract ang lahat ng GT (ie Genotype) na mga entry. Ang resultang output file ay may
ang panlapi '. .FORMAT'.

--kumuha-INFO
Ang opsyon na ito ay ginagamit upang kunin ang impormasyon mula sa INFO field sa VCF file. Ang
Tinutukoy ng argumento ang INFO tag na kukunin, at ang opsyon ay maaaring
ginamit nang maraming beses upang kunin ang maramihang mga entry sa INFO. Ang resultang file,
na may suffix na '.INFO', naglalaman ng kinakailangang impormasyon ng INFO sa isang tab-separated
mesa. Halimbawa, upang kunin ang mga flag ng NS at DB, gagamitin ng isa ang command:

vcftools --vcf file1.vcf --get-INFO NS --get-INFO DB

CFV talaksan paghahambing Options
Ang mga pagpipilian sa paghahambing ng file ay kasalukuyang nasa isang estado ng flux at malamang na maraming bug. kung ikaw
maghanap ng bug, mangyaring iulat ito. Tandaan na ang mga filter sa antas ng genotype ay hindi sinusuportahan sa mga ito
mga pagpipilian.

--diff

--gzdiff
Pumili ng VCF file para sa paghahambing sa file na tinukoy ng --vcf na opsyon.
Naglalabas ng dalawang file na naglalarawan sa mga site at indibidwal na karaniwan / natatangi sa bawat isa
file. Ang mga file na ito ay may mga suffix na '.diff.sites_in_files' at
'.diff.indv_in_files' ayon sa pagkakabanggit. Ang --gzdiff na bersyon ay maaaring gamitin upang basahin
mga naka-compress na VCF file.

--diff-site-discordance
Ginagamit kasabay ng --diff na opsyon para kalkulahin ang di-pagkakasundo sa isang site sa pamamagitan ng
batayan ng site. Ang resultang output file ay may suffix na '.diff.sites'.

--diff-indv-discordance
Ginamit kasabay ng --diff na opsyon para kalkulahin ang pagkakaiba sa isang per-
indibidwal na batayan. Ang resultang output file ay may suffix na '.diff.indv'.

--diff-discordance-matrix
Ginamit kasabay ng --diff na opsyon para kalkulahin ang isang discordance matrix. Ito
Gumagana lang ang opsyon sa bi-allelic loci na may katugmang mga allele na nasa
parehong mga file. Ang resultang output file ay may suffix na '.diff.discordance.matrix'.

--diff-switch-error
Ginamit kasabay ng opsyong --diff para kalkulahin ang mga error sa phasing
(partikular na 'switch error'). Ang pagpipiliang ito ay bumubuo ng dalawang output file na naglalarawan
switch error na natagpuan sa pagitan ng mga site, at ang average na switch error sa bawat indibidwal.
Ang dalawang file na ito ay may mga suffix na '.diff.switch' at '.diff.indv.switch'
ayon sa pagkakabanggit.

Options pa rin in pag-unlad
Ang mga sumusunod na opsyon ay hindi pa natatapos, malamang na naglalaman ng mga bug, at malamang
upang magbago sa hinaharap.

--fst

--gzfst
Kalkulahin ang FST para sa isang pares ng mga VCF file, na ang pangalawang file ay tinukoy nito
opsyon. Ang FST ay kasalukuyang kinakalkula gamit ang formula na inilarawan sa
karagdagang materyal ng Phase I HapMap na papel. Sa kasalukuyan, pairwise FST lang
sinusuportahan ang mga kalkulasyon, bagama't malamang na magbabago ito sa hinaharap. Ang
--gzfst na opsyon ay maaaring gamitin upang basahin ang mga naka-compress na VCF file.

--LROH Kilalanin ang Mahabang Pagtakbo ng Homozygosity.

--kaugnayan
Output Indibidwal na Relatedness Statistics.

Gumamit ng vcftools online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net