InglesPransesEspanyol

Patakbuhin ang mga server | Ubuntu > | Fedora > |


OnWorks favicon

wiggle2gff3p - Online sa Cloud

Patakbuhin ang wiggle2gff3p sa OnWorks na libreng hosting provider sa Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

Ito ang command na wiggle2gff3p na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator

PROGRAMA:

NAME


wiggle2gff3.pl - Kino-convert ang UCSC WIG format na mga file sa gff3 file

SINOPSIS


wiggle2gff3.pl [mga opsyon] WIG_FILE > load_data.gff3

Kino-convert ang UCSC WIG format file sa mga gff3 file na angkop para sa paglo-load sa GBrowse
mga database. Ginagamit ito para sa high-density quantitative data gaya ng CNV, SNP at expression
mga dumadating.

DESCRIPTION


Gamitin ang converter na ito kapag mayroon kang siksik na quantitative data na ipapakita gamit ang xyplot,
density, o mga heatmap glyph, at masyadong maraming data item (libo-libo) na ilo-load sa GBrowse. Ito
lumilikha ng isa o higit pang space- efficient binary file na naglalaman ng quantitative data, bilang
pati na rin ang isang maliit na GFF3 file na maaaring i-load sa Chado o iba pang mga database ng GBrowse.

Ang karaniwang paggamit ay ang mga sumusunod:

% wiggle2gff3.pl --method=microarray_oligo my_data.wig > my_data.gff3

Options
Ang mga sumusunod na opsyon ay tinatanggap:

--paraan= Itakda ang paraan para sa mga linyang GFF3 na kumakatawan
bawat quantitative data point sa track.
Ang default ay "microarray_oligo."

--source= Itakda ang source field para sa GFF3 file. Ang default ay
Wala.

--gff3 Lumikha ng GFF3-format na file (ang default)

--featurefile Lumikha ng "featurefile" na format na file -- ito ang
pinasimpleng format na ginagamit para sa mga pag-upload ng GBrowse. Ito
ang opsyon ay hindi tugma sa --gff3 na opsyon.

--sample Kung totoo, ang mga napakalaking file (>5 MB) ang isasample
upang makakuha ng minimum, maximum at standard deviation; kung hindi
ang buong file ay i-scan upang makuha ang mga istatistikang ito.
Ipoproseso nito ang mga file nang mas mabilis ngunit maaaring makaligtaan ang outlier
halaga.

--landas= Tukuyin ang direktoryo kung saan ilalagay ang binary wiggle
mga file. Ang default ay ang kasalukuyang pansamantalang direktoryo
(/ Tmp o anuman ang naaangkop sa iyong operating system).

--base= Pareho sa "--path".

--trackname tukuyin ang trackname base para sa paggawa ng wigfile

--help Ang dokumentasyong ito.

Ang script na ito ay tatanggap ng iba't ibang istilo ng opsyon, kabilang ang mga pinaikling opsyon
("--meth=foo"), mga opsyon sa solong character ("-m foo"), at iba pang karaniwang variant.

binary kumalas file
Ang binary na "wiggle" na mga file na nilikha ng utility na ito ay nababasa gamit ang
Bio::Graphics::Wiggle module. Ang dami ng data ay ini-scale sa hanay ng 1-255
(nawawalan ng maraming katumpakan, ngunit higit pa sa sapat para sa visualization ng data), at nakaimbak
sa isang naka-pack na format kung saan ang bawat file ay tumutugma sa haba ng isang chromosome o
contig.

Kapag nalikha na, ang mga binary file ay hindi dapat ilipat o palitan ang pangalan, maliban kung ikaw ay maingat
gumawa ng kaukulang mga pagbabago sa mga pathname na ibinigay ng attribute na "wigfile" sa GFF3
mga linya ng tampok ng file. Dapat ka ring mag-ingat sa paggamit ng cp command para kopyahin ang
binary file; ang mga ito ay na-format na may "mga butas" sa paraang ang nawawalang data ay hindi
kumuha ng anumang espasyo sa disk. Kung cp mo ang mga ito, ang mga butas ay mapupuno ng mga zero at ang
mawawala ang pagtitipid sa espasyo. Mas mahusay na gamitin ang command na "tar" kasama ang --sparse na opsyon nito sa
ilipat ang mga file mula sa isang lugar patungo sa isa pa.

halimbawa peluka talaksan
Ang halimbawang ito ay mula sahttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# filename: example.wig
#
# 300 base wide bar graph, naka-on ang autoScale bilang default == graphing
# na limitasyon ang dynamic na magbabago upang palaging magpakita ng buong hanay ng data
# sa viewing window, priority = 20 posisyon ito bilang pangalawang graph
# Tandaan, zero-relative, half-open na coordinate system na ginagamit para sa bed format
track type=wiggle_0 name="Bed Format" description="BED format" \
visibility=buong kulay=200,100,0 altColor=0,100,200 priority=20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 base wide bar graph sa mga posisyong arbitrarily spaced,
# threshold line na iginuhit sa y=11.76
Itinakda sa [0:25] ang # autoScale off viewing range
# priority = 10 posisyon ito bilang unang graph
# Tandaan, one-relative coordinate system ang ginagamit para sa format na ito
track type=wiggle_0 name="variableStep" description="variableStep format" \
visibility=full autoScale=off viewLimits=0.0:25.0 color=255,200,0 \
yLineMark=11.76 yLineOnOff=on priority=10
variableStep chrom=chr19 span=150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
# 200 base wide point na graph sa bawat 300 base, 50 pixel ang taas na graph
# autoScale off at viewing range ay nakatakda sa [0:1000]
# priority = 30 posisyon ito bilang ikatlong graph
# Tandaan, one-relative coordinate system ang ginagamit para sa format na ito
track type=wiggle_0 name="fixedStep" description="fixed step" visibility=full \
autoScale=off viewLimits=0:1000 color=0,200,100 maxHeightPixels=100:50:20 \
graphType=points priority=30
fixedStep chrom=chr19 start=59307401 step=300 span=200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Maaari mong i-convert ito sa isang loadable na GFF3 file gamit ang sumusunod na command:

wiggle2gff3.pl --meth=example --so=example --path=/var/gbrowse/db example.wig \
> example.gff3

Ang output ay magiging ganito:

##gff-bersyon 3

chr19 halimbawa halimbawa 59302001 59304700 . . . Pangalan=Format ng Kama;wigfile=/var/gbrowse/db/track001.chr19.1199828298.wig
halimbawa ng chr19 halimbawa 59304701 59308020 . . . Name=variableStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track002.chr19.1199828298.wig
chr19 halimbawa halimbawa 59307401 59310400 . . . Name=fixedStep;wigfile=/var/gbrowse/db/track003.chr19.1199828298.wig

Gumamit ng wiggle2gff3p online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net


Ad


Ad