Ito ang Linux app na pinangalanang iCAS - Isang Illumina Clone Assembly System na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang icas_v062.tar.bz2. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang iCAS - Isang Illumina Clone Assembly System na tatakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
iCAS - Isang Illumina Clone Assembly System na tatakbo sa Linux online
Ad
DESCRIPTION
Ang clone-by-clone na sequencing, bilang isang paraan ng pagkamit ng mataas na kalidad na mga assemblies para sa malalaki at kumplikadong genome, ay patuloy na may malaking kaugnayan sa panahon ng mataas na throughput sequencing. Gayunpaman, ang mga pagtitipon na nakuha gamit ang kasalukuyang buong genome assembler ay madalas na pira-piraso at kung minsan ay may mga isyu sa pagkakumpleto ng genome dahil sa iba't ibang katangian ng data na ipinakilala ng multiplexed sequencing.Sa iCAS, ang proseso ng pag-filter ng data ay batay sa isang nobelang kmer frequency algorithm, na nagreresulta sa halos perpektong pre-assembly reads. Binubuo ang mga contig gamit ang iba't ibang algorithm ng pagpupulong at pagkatapos ay pinagsama-sama upang makamit ang mas mahabang pagpapatuloy. Ang muling pag-align ng lahat ng reads pabalik sa draft contigs at ang muling pag-calibrate sa bawat sequence base ay makakamit ng pangwakas na consensus. Gamit ang mga natapos na clone para sa QC, ang pipeline ay nakakakuha ng mga assemblies na may clone coverage na 99.7% at consensus base na kalidad ng Q39.
Binuo sa Wellcome Trust Sanger Institute.
Audience
Agham/Pananaliksik
Wika ng Programming
Perl, C
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/icas/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
