Ito ang Linux app na pinangalanang kallisto na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang kallisto_windows-v0.50.0.zip. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang kallisto gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
kallisto
DESCRIPTION
Ang kallisto ay isang programa para sa malapit sa pinakamainam na dami ng transcript abundance mula sa RNA-Seq data, o mas pangkalahatan ng mga target na sequence gamit ang high-throughput sequencing reads. Ito ay batay sa ideya ng paggamit ng pseudoalignment upang mabilis na matukoy ang mga nabasa at pagiging tugma ng mga target, nang hindi nangangailangan ng pagkakahanay.
Ayon sa mga benchmark na ginawa sa isang Mac desktop computer, ang kallisto ay maaaring tumyak ng dami ng 30 milyong bulto ng tao na RNA-seq reads sa loob ng wala pang 3 minuto gamit lamang ang mga read sequence at isang transcriptome index, na sa sarili nito ay maaaring tumagal ng higit sa 10 minuto upang mabuo. At dahil ito ay gumagamit ng pseudoalignment, ito ay matatag sa mga error sa mga nabasa at pinapanatili ang pangunahing impormasyon na kailangan para sa quantification. Ginagawa nitong hindi lamang mabilis ang kallisto ngunit napakatumpak din. Sa maraming mga benchmark, higit na nahihigitan nito ang mga kasalukuyang tool.
Mga tampok
- Gumagamit ng pseudoalignment
- Mabilis at tumpak
- Maaaring masuri ang quantified bulk RNA-Seq gamit ang sleuth
- Maaaring gamitin kasama ng mga bustool upang paunang iproseso ang single-cell RNA-seq data
Wika ng Programming
C
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
