Ito ang Linux app na pinangalanang SPANDx na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang SPANDx_v3.2.tar.gz. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang SPANDx sa OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
SPANDx
DESCRIPTION
Ang SPANDx ay ang iyong one-stop na tool para sa pagtukoy ng mga variant ng SNP at indel sa mga haploid genome gamit ang data ng NGS.
Ang SPANDx ay nagsasagawa ng alignment ng mga raw NGS reads laban sa iyong napiling reference na genome o pan-genome, na sinusundan ng tumpak na variant na pagtawag at annotation, at locus presence/absence determination. Gumagawa ang SPANDx ng SNP at indel matrice para sa downstream na phylogenetic na pagsusuri. Ang mga annotated, genome-wide SNP at indels ay maaari ding matukoy kung tinukoy, at mga output sa format na nababasa ng tao. Ang isang presence/absence matrix ay nabuo din para bigyang-daan kang tukuyin ang core/accessory genome na nilalaman sa lahat ng iyong genome.
Ang mga output na nabuo ng SPANDx ay maaaring ma-import sa PLINK para sa mga pagsusuri sa microbial genome-wide association study (mGWAS).
Maaaring gamitin ng SPANDx ang PBS, SGE o SLURM para sa pamamahala ng mapagkukunan. Maaari ding direktang tumakbo ang SPANDx sa command line kung walang available na resource manager.
Para sa pinaka-up-to-date na bersyon ng SPANDx, tingnan kami sa GitHub: https://github.com/dsarov/SPANDx
Mga tampok
- 30Nov16: Gumagamit na ngayon ang SPANDx 3.2 ng BWA-mem para sa mas mabilis na mas tumpak na mga alignment
- 31May16: Ang SPANDx 3.1.1 ay gumagana na ngayon sa pre-v2.3.1 TORQUE/PBS system.
- 14Feb16: SPANDx 3.1 Ang -z na flag ay maaari na ngayong itakda upang isama ang tri- at tetra allelic SNP sa mga .nex na output.
- 26Dis15: Ang SPANDx 3.0 ay may maraming mga upgrade kabilang ang pinahusay na samtools compatibility, mas mahusay na PLINK integration para sa GWAS, at maaaring tumawag ng hanggang 9 indels at lahat ng apat na SNP sa isang locus!
- 05Aug15: Gumagana na ngayon ang SPANDx v2.7 sa SGE, PBS, SLURM, at mga system na walang resource manager.
Audience
Agham/Pananaliksik
Interface ng gumagamit
Command-line
Wika ng Programming
Unix Shell
Kategorya
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/spandx/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
