Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen alttree-convertp komutudur.
Program:
ADI
alttree-convert - Başlık...
SİNOPSİS
alttree-convert [seçenekler]
Seçenekler:
--versiyon program versiyonu
--short-help|h kısa yardım mesajı
--help yardım mesajı seçeneklerin açıklamalarıyla birlikte
--man tam belgeler
--first-input-file|i giriş dosyası 1
--second-input-file|j girdi dosyası 2 (zorunlu değil)
--output-file|o çıktı dosyası
--case-control-output|c nb durumları/kontrollerini içeren çıktı
--data-type|t DNA|SAYI
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r AŞAMA|FAMHAP
--data-quali|q Veri türü: nitel veya nicel
--nbind-threshold|s Bir haplotip tutmak için gereken minimum birey sayısı
SEÇENEKLER
--versiyon
Program sürümünü yazdırın ve çıkın.
--kısa yardım
Kısa bir yardım mesajı yazdırın ve çıkın.
--yardım et Seçenek açıklamaları ve çıkışları içeren bir yardım mesajı yazdırın.
--adam Kılavuz sayfasını yazdırır ve çıkar.
--ilk-girdi-dosyası|i
Girdi dosyası 1 (haplotip yeniden yapılandırma programının çıktısı)
--ikinci girdi-dosyası|j
Girdi dosyası 2 (hastalık durumunu içeren famhap veya dosyanın ikinci çıktısı)
--çıktı-dosyası|o
Çıktı dosyası
--case-kontrol-çıkışı|c
Her bir haplotipi taşıyan vaka ve kontrollerin sayısını içeren çıktı dosyası
--veri türü|t "DNA"|"SNP"
Veri türü: DNA (ATGCU) veya SNP (0-1)
--filo-prog|p "phylip"|"paup"
Filogeni yeniden yapılandırma programı
yeniden yapılandırma programı|r "famhap|evre"
Haplotip yeniden yapılandırma programı
veri kalitesi|q "nitel|nicel"
Analiz edilen veri türü
nbind-eşik|s
Bir haplotipi taşımak için gereken minimum sayıda birey
daha fazla analiz. Tüm haplotipleri korumak istiyorsanız, buna 0'ı etkilemelisiniz.
değişken
TANIM
Bu program verilen girdi dosyasını/dosyalarını okuyacak ve için bir girdi dosyası oluşturacaktır.
filogenetik yeniden yapılandırma yazılımı paup veya phylip/paml
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi alttree-convertp kullanın