Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_index komutudur.
Program:
ADI
bp_index.pl - dosyaları bp_fetch.pl tarafından kullanılmak üzere indeksler
SİNOPSİS
bp_index.pl dizin_adı dosya1 dosya2 vb.
TANIM
bp_index.pl, bağımsız değişken listesinde verilen dizi dosyaları için bir bioperl dizini oluşturur,
dizin adı altında. Örneğin
bp_index.pl nrdb /data/nrdb/nrdb.fasta
nrdb.fasta dosyası için dizin adı olarak 'nrdb' adında bir dizin oluşturur ve
bp_index.pl -fmt EMBL swiss /data/swiss/*.dat
/data/swiss içindeki .dat ile biten tüm dosyalar için swiss adında bir dizin oluştururdu.
EMBL formatındadır.
Endeksler Bio/Index/* modülleri, özellikle Bio::Index::EMBL ve
Bio::Index::Fasta modülleri. Bu modülleri kullanan herhangi bir komut dosyası dizini kullanabilir. A
iyi bir örnek betik, dizileri getiren ve bunları STDOUT'a yönlendiren bp_fetch'dir.
örnek
bp_fetch isviçre:ROA1_HUMAN
isviçre indeksinden ROA1_HUMAN dizisini alır ve STDOUT'a fasta formatı olarak yazar.
SEÇENEKLER
-fmt - Fasta (varsayılan), İsviçre veya EMBL
-dir - dizin dosyalarının bulunduğu dizin
(BIOPERL_INDEX ortam değişkenini geçersiz kılar)
Uzman kullanım seçenekleri
-tip - DBM_file türü.
(BIOPERL_INDEX_TYPE ortam değişkenini geçersiz kılar)
-v - her dizin eklemesini rapor et (hata ayıklama)
ÇEVRE
bp_index ve bp_fetch, ortam değişkenini kullanarak veritabanlarının bulunduğu yeri koordine eder
BIOPERL_INDEX. Bu -dir seçeneği kullanılarak geçersiz kılınabilir. Varsayılan bir değer yoktur, bu nedenle
-dir seçeneğini kullanmalı veya BIOPERL_INDEX'i ayarlamalısınız.
DB türü, BIOPERL_INDEX_TYPE ile koordine edilir; orada değilse, varsayılan olarak
bioperl modülleri ne olursa olsun, varsayılan olarak SDBM_File'dır.
KULLANMA IT KENDİN
bp_index.pl, Index modüllerini çalıştıran bir komut dosyasıdır. Bu betiği kullanmak istiyorsanız
işinizde yoğun bir şekilde, eğer Perl tabanlıysa, neredeyse kesinlikle daha iyi bakmak daha iyidir.
kodunu bu komut dosyasına kopyalayın ve kopyalayın (muhtemelen kullanmak isteyeceksiniz
bp_fetch kodu).
UZATILMAK IT
bp_index, James Gilbert'in bioperl'de bulunan mükemmel İndeks modüllerinin etrafındaki bir sarmalayıcıdır.
GERİ BİLDİRİM
Posta Listeler
Kullanıcı geri bildirimi, bu ve diğer Bioperl modüllerinin gelişiminin ayrılmaz bir parçasıdır. Göndermek
yorumlarınızı ve önerilerinizi tercihen Bioperl posta listesine. Senin katılımın
çok takdir edilmektedir.
[e-posta korumalı] - Genel Tartışma
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - Posta listeleri hakkında
Raporlama Bugs
Hataları ve hatalarını takip etmemize yardımcı olması için hataları Bioperl hata izleme sistemine bildirin.
çözüm. Hata raporları web üzerinden gönderilebilir:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
YAZAR - Ewan Birney
Ewan Birney[e-posta korumalı]>
onworks.net hizmetlerini kullanarak bp_index'i çevrimiçi kullanın
