Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen bp_revtrans-motifp komutudur.
Program:
ADI
bp_revtrans-motif - Profam benzeri bir protein motifini ters çevir
VERSION
Sürüm 0.01
SİNOPSİS
Bir dosyadan:
bp_revtrans-motif.pl -i motifler.txt
Boruları kullanma:
bp_revtrans-motif.pl < motifs.txt > output.txt
Komut isteminde etkileşimli olarak kullanma:
$ bp_revtrans-motif.pl
MAAEEL[VIKP]
1. ATGGCNGCNGARGARYTNVHN
[^P]H(IW){2,3}
2. NDNCAY(ATTGG){2,3}
TANIM
Bu komut dosyası girdi olarak bir protein motifi alır ve dejenere bir oligonükleotit döndürür
buna karşılık gelen dizi. Bunu yapmanın temel nedeni dejenere tasarım yapmaktır.
belirli bir dizi modelini yükselten primerler.
Giriş motifi, aşağıdakilerden herhangi biri ile birlikte tek harfli kalıntılardan oluşan bir diziden oluşur.
sözdizimsel öğeler:
[...] : Yedek konum.
Birden fazla kalıntıya izin verilen bir konum. Örnek:
[TS]YW[RKSD]
^^ ^^^^
[^...] : Olumsuz pozisyon.
Parantezler arasında kalanlar için kaydedilen, herhangi bir kalıntıya izin verilen bir konum. Örnek:
[^PW]MK[LAE]
^^
(...){n,m,...} : Tekrarlanan motif.
Tekrarlanan bir motif n or m zamanlar. Önceki sözdiziminden herhangi birine sahip olabilir
elementler. Örnek:
A[SN]C(TXX){2,4,8}
^^^
İzin verilen harfler, 20 doğal aminoasite karşılık gelen harflerdir, ayrıca:
B = N + D
Z = Q + E
X = Hepsi
SEÇENEKLER
-i giriş dosyası:
Ters çevrilecek motiflerin listesini içeren bir dosya.
-h
Bu yardım mesajını görüntüleyin.
onworks.net hizmetlerini kullanarak çevrimiçi olarak bp_revtrans-motifp kullanın
