Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen ClonalFrame komutudur.
Program:
ADI
ClonalFrame - multilocus sekans verilerini kullanarak bakteri mikroevriminin çıkarımı
SİNOPSİS
ClonalFrame [SEÇENEKLER] girdi dosyası çıktı dosyası
TANIM
ClonalFrame, bir numunenin üyeleri arasındaki klonal ilişkileri tanımlarken,
aynı zamanda homolog rekombinasyon olaylarının kromozomal pozisyonunu tahmin etmek
klonal kalıtımı bozmuştur.
Seçenekler:
-x NUM Yanma işleminden sonra yineleme sayısını ayarlar (varsayılan 50000)
-y NUM Yerleştirme yinelemelerinin sayısını ayarlar (varsayılan: 50000)
-z NUM Örnekler arasındaki yineleme sayısını ayarlar (varsayılan 100'dür)
-e NUM Yineleme başına dal değiştirme hamlelerinin sayısını ayarlar (varsayılan,
şube değiş tokuşu için harcanan zaman)
-m NUM Teta'nın başlangıç değerini NUM olarak ayarlar (varsayılan Watterson tahminidir)
-d NUM Deltanın başlangıç değerini NUM olarak ayarlar (varsayılan 0.001)
-n NUM nu'nun başlangıç değerini NUM olarak ayarlar (varsayılan 0.01'dir)
-r NUM R'nin başlangıç değerini NUM olarak ayarlar (varsayılan ilk teta/10'dur)
-M teta değerini güncelleyin
-D Delta değerini güncellemeyin
-N nu değerini güncelleme
-R R değerini güncellemeyin
-T Topolojiyi güncellemeyin
-A Düğümlerin yaşlarını güncellemeyin
-G Tüm boşlukları kaldır
-H Polimorfik olmayan konumlardaki tüm boşlukları kaldırın
-t NUM Hangi başlangıç ağacının kullanılacağını belirtin: boş bir ağaç için 0, tek tip seçilmiş bir ağaç için 1
birleşik ağaç ve UPGMA ağacı için 2 (varsayılan)
-w DOSYA
İlk ağaç için Newic dosyasını kullanın
-a NUM nu'nun beta önceki dağılımının ilk parametresini ayarlar
-b NUM nu'nun beta önceki dağılımının ikinci parametresini ayarlar
-U rho, teta ve delta için tek tip öncelikler kullanın
-B BURST modunda çalıştırın
-C Site bazında önyükleme prosedürü ile UPGMA modunda çalıştırın
-c Parça parça önyükleme prosedürü ile UPGMA modunda çalıştırın
-S NUM Rastgele sayı üretecinin tohumunu NUM olarak ayarlar
-E NUM Üstel büyüme oranını ayarlar (varsayılan 0'dır)
-I Hizalamadaki ilk bloğu yok sayar
-L ClonalFrame'i çalıştırmadan önce hizalamayı temizleyin
-l İki referans site arasındaki minimum mesafe (varsayılan 50'dir)
-v ayrıntılı mod
Onworks.net hizmetlerini kullanarak ClonalFrame'i çevrimiçi kullanın
