Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen convert_project komutudur.
Program:
ADI
convert_project - derleme ve sıralama dosya türlerini dönüştürür
AÇIKLAMA
Bu program, MIRA derleyici paketinin bir parçasıdır. Proje dosyasını dönüştürmek için kullanılır
türleri diğer türlere dönüştürür. Daha ayrıntılı bilgi için lütfen aşağıdaki belgelere göz atın
convert_project hakkında bilgi.
SİNOPSİS
dönüştür_projesi
[-F ] [-T [-T ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {dosya} {dosya} [ ...]
SEÇENEKLER
-f
bu tür proje dosyalarını yükleyin, burada fromtype:
caf CAF'den komple bir montaj veya tek diziler
CAF'den tam bir montaj veya tek diziler maf
bir FASTA dosyasından fasta dizileri
bir FASTQ dosyasından fastq dizileri
bir GBF dosyasından gbf dizileri
bir doktora dosyasından doktora dizileri
fofnexp
dosya adları dosyasından EXP dosyalarındaki diziler
-t
dizileri/montajı bu türe yazın (birden çok söz -t izin verilir):
ace dizileri veya ACE'ye komple montaj
caf dizileri veya CAF'ye tam montaj
maf dizileri veya MAF'a tam montaj
SAM için sam komple montajı
samnbb yukarıdaki gibi, ancak eşleme derlemelerinde referansı (omurgaları) dışarıda bırakıyor
gbf dizileri veya GBF için fikir birliği
GFF3 için gff3 konsensüsü
dosyayı kıpırdatmak için peruk montajı kapsama bilgisi
dosyayı kıpırdatmak için gcwig Assembly gc içerik bilgisi
FASTA dosyasına fasta dizileri veya konsensüs (nitelikler
.nitelik)
fastq dizileri veya FASTQ dosyasına fikir birliği
exp dizileri veya komple montajı EXP dosyalarına
dizinler. Komple montajlar, yönlendirilmiş montaj olarak gap4 içe aktarma için uygundur.
Not: yine de gap2'e içe aktarmak için caf4gap kullanılması önerilir
metin hizalaması için metin tamamlama montajı (yalnızca -f is
kafe, maf veya gbf)
html, HTML'ye montajı tamamlar (yalnızca -f caf, maf veya
gbf)
tcs, tcs'ye montajı tamamladı
SNP etiketlerini (SROc, SAOc, SIOc) HTML'ye çeviren hsnp (yalnızca -f caf, maf veya
gbf)
SNP etiketlerinin asnp analizi (yalnızca -f caf, maf veya gbf'dir)
MIRA'daki gibi cstats contig istatistik dosyası (yalnızca kaynak contig içerdiğinde)
crlist contig okuma listesi dosyası MIRA'dan olduğu gibi (yalnızca kaynak contig içerdiğinde)
maskeli fasta
sıralama vektörünün nerede maskelendiğini (X ile) FASTA dosyasına okur (nitelikler
.nitelik)
scaf dizileri veya tek dizilere komple montaj CAF
-a Yeniden yazmak yerine hedef dosyalara ekleyin
-A
Ayrıştırılacak MIRA parametrelerini içeren dize Etkileyen parametreleri ayarlarken kullanışlıdır
fikir birliği çağrısı -CO:mrpg vb. Örn: -a "454_AYARLAR -CO:mrpg=3"
-b Kör veri Okumalardaki/contiglerdeki tüm tabanları bir 'c' ile değiştirir
-C Okumak için sabit klip gerçekleştir Kırpma noktalarını tanımlayan formatları okurken,
sadece kırpılmamış kısmı sonuç dosyasına kaydedin.
Yalnızca şunları içermeyen dosyalar/formatlar için geçerlidir:
devam ediyor.
-d Yalnızca boşluk sütunlarını sil Çıktı contig olduğunda:
tamamen boşluklar (boşluk4 veya benzeri düzenleme sırasında okumaları sildikten sonra olduğu gibi)
Çıktı okunduğunda: okumalardaki boşlukları silin
-F Grupları okumak için filtreleyin Özel kullanım durumu, henüz kullanmayın.
-m Contig yapın (yalnızca -t = caf veya maf) Single okumaları contig singlet'ler olarak içine al
CAF/MAF dosyası.
-n
verildiğinde, yalnızca o dosyada ada göre verilen okumaları veya contig'leri seçer.
-i ne zaman -n kullanılır, seçimi tersine çevirir
-o fastq kalite Ofset (yalnızca -f = 'fastq') FASTQ'da kalite değerlerinin ofseti
dosya. Varsayılan 0, otomatik olarak tanımaya çalışır.
-Q
Kalite değerleri olmayan dosya türlerinde tabanlar için varsayılan kaliteyi ayarlayın.
beklenen kalite dosyaları eksikse durmaz (örn. '.fasta')
-R
Bir sayacın olduğu verilen ad dizesiyle contig'leri/teklileri/okumaları yeniden adlandırın
eklendi. Bilinen hata: girilirse yinelenen adlar oluşturur
serbest okumaların yanı sıra contig/singlet içerir, yani contig'de okumaz veya
tekler.
-S
(isim) Okumaları yeniden adlandırma şeması, eşleştirilmiş uçlar için önemlidir Yalnızca 'solexa'
şu anda destekleniyor.
The takip etme anahtarları iş bir tek ne zaman giriş (CAF or MAF) içeren devam ediyor.
Dikkat: CAF ve MAf ayrıca sadece okumalar içerebilir.
-M Contig'leri (veya konsensüslerini) çıkarmayın, ancak okumaların sırasını
oluşan.
-N
sevmek -n, ancak çıktıyı dosyada verilen sıraya göre sıralar.
-r [cCqf]
Konsensüs ve/veya konsensüs kalite değerlerini ve/veya SNP özellik etiketlerini yeniden hesaplayın.
'c' eksilerini ve eksilerini yeniden hesapla (IUPAC ile) 'C' eksilerini ve eksilerini yeniden hesapla
(IUPAC dışı zorlama) 'q' konsensüs niteliklerini yeniden hesaplar sadece 'f' SNP özelliklerini yeniden hesaplar
Not: cCq'nin yalnızca sonuncusu geçerlidir, f
anahtarı ve cQq ile birleştirilebilir (örn. "-r C -r F")
Not: CAF/MAF birden fazla suş içeriyorsa, eksiler ve eksilerin yeniden hesaplanması
nitelikler zorlanır, sen
sadece IUPAC'ların kullanılıp kullanılmadığını etkileyebilir.
-s tek bir dosya oluşturmak yerine çıktıyı birden çok dosyaya bölmek
-u 'fillUp suşu genomları' Bir suşun (N veya @) genomundaki delikleri şununla doldurun:
diğer suşların bir konsensüsünden gelen dizi Sadece aşağıdakilerle etkili olur -r ve -t gbf veya
FASTA/Q'da fasta/q: doldurulan bazlar GBF'de küçük harfle gösterilir: doldurulan bazlar
büyük harfle
-q
Asgari kaliteyi, bir suşun bir konsensüs bazının sahip olması gerektiğini tanımlar, konsensüs bazları
altında bu 'N' olacaktır. Varsayılan: 0 Yalnızca -r, ve -f caf/maf ve -t is
(oruç
veya gbf)
-v Sürüm numarasını yazdırın ve çıkın
-x
Minimum bitiş veya okuma uzunluğu Yükleme sırasında, tüm bitişleri / okumaları bir
uzunluk bu değerden daha az. Varsayılan: 0 (=kapalı) Not: okumalara uygulanmaz
contig'de!
-X
Benzer -x ancak yalnızca okumalar ve ardından kırpılan uzunluk için geçerlidir.
-y
Minimum ortalama kontig kapsamı Yüklerken, tüm kontigleri bir ortalama ile atın
kapsama alanı bu değerden daha azdır. Varsayılan: 1
-z
Contig'deki minimum okuma sayısı Yükleme sırasında, bir sayı içeren tüm contig'leri atın
bu değerden daha az okur. Varsayılan: 0 (=kapalı)
-l
metin veya HTML olarak çıktı alındığında: bir hizalama satırında gösterilen taban sayısı. Varsayılan:
60
-c
metin veya HTML olarak çıktı alındığında: boşlukları doldurmak için kullanılan karakter. Varsayılan: ' ' (boş)
Takma adlar: caf2html, exp2fasta, ... vb. " 2 "
program adı olarak kullanılabilir (bağlantılar da kullanılır), böylece convert_project otomatik olarak
setleri -f ve -t buna göre.
ÖRNEKLER
convert_project kaynak.maf hedef.sam
convert_project source.caf dest.fasta peruk as
convert_project -x 2000 -y 10 kaynak.caf dest.caf
caf2html -l 100 -c . kaynak.caf hedef
onworks.net hizmetlerini kullanarak convert_project'i çevrimiçi kullanın
