Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut delta filtresidir.
Program:
ADI
delta-filter - nucmer veya promer'den bir delta hizalama dosyası okuyun ve
hizalamalar
SİNOPSİS
delta filtresi [seçenekler]
TANIM
-1 Yeniden düzenlemelere izin veren 1'e 1 hizalama (kesişim -r ve -q hizalamalar)
-g 1'e 1 küresel hizalama, yeniden düzenlemelere izin vermiyor
-h Yardım bilgilerini göster
-i şamandıra
Minimum hizalama kimliğini ayarlayın [0, 100], varsayılan 0
-l int Minimum hizalama uzunluğunu ayarlayın, varsayılan 0
-m Yeniden düzenlemelere izin veren çoktan çoğa hizalama (birlik -r ve -q hizalamalar)
-q Her sorgunun her konumunu, referanstaki en iyi isabetiyle eşler ve aşağıdakilere izin verir:
referans çakışmaları
-r Her referansın her konumunu sorgudaki en iyi isabetiyle eşler ve aşağıdakilere izin verir:
sorgu çakışmaları
-u float Minimum hizalama benzersizliğini ayarlayın, yani yüzde
benzersiz referans VE sorgu dizisiyle eşleşen hizalama [0, 100], varsayılan 0
-o şamandıra
için maksimum hizalama örtüşmesini ayarlayın -r ve -q seçeneklerin yüzdesi olarak
hizalama uzunluğu [0, 100], varsayılan 100
-v Filtrelerden geçenler yerine atılan hizalamaları yazdırın
-b Harita kopyaları (XOR of -r ve -q hizalamalar, biri veya diğeri, ancak ikisi birden değil)
Numer veya promerden bir delta hizalama dosyası okur ve hizalamaları aşağıdakilere göre filtreler
komut satırı anahtarlarında, yalnızca çıktısı alınan istenen hizalamaları bırakarak
girişle aynı delta biçiminde stdout. Çoklu anahtarlar için işlem sırası
aşağıdaki gibidir: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. Bir hizalama önceki tarafından hariç tutulursa
işlem, sonraki işlemler tarafından yok sayılır.
arasında önemli bir ayrım -g seçeneği ve -1 ve -m seçenekler bu -g
hizalamaların sırayla karşılıklı olarak tutarlı olmasını gerektirirken, -1 ve -m
seçeneklerin karşılıklı olarak tutarlı olması gerekli değildir ve bu nedenle yer değiştirmeleri tolere eder,
ters çevirmeler, vb. Genel durumlarda, -m seçenek en iyi seçimdir, ancak -1 olabilir
1'e 1 eşleme gerektiren SNP bulma gibi uygulamalar için kullanışlıdır. Son olarak,
sorgu contig'lerini eşlemek veya okumaları bir referans genomla sıralamak, -q.
ile basılmış kopyalar -b seçenek -r ve -q mevcut olmayan hizalamalar
1'e 1 hizalama. Bu hizalamalar aynı zamanda -1 ve -m
hizalamalar
onworks.net hizmetlerini kullanarak delta filtresini çevrimiçi kullanın
