Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut özetidir.
Program:
ADI
özet - Protein proteolitik enzim veya reaktif bölünme bölgeleri hakkında raporlar
SİNOPSİS
özet -seqall devamı -mwdata veri dosyası -Menü liste -mono boole - tercih edilmeyen boole
-paçavra boole - terminal liste -üst üste gelmek boole -tüm taraflar boole
-outfile rapor
özet -Yardım
TANIM
özet EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Protein:Motifler" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-seqall devamı
-mwdata veri dosyası
Amino asitler için moleküler ağırlık verileri Varsayılan değer: Emolwt.dat
gereklidir Bölüm
-Menü liste
Varsayılan değer: 1
-mono boole
Varsayılan değer: N
gelişmiş Bölüm
- tercih edilmeyen boole
Tripsin, 'KRIFLP'lerden herhangi biri tarafından takip ediliyorsa, normalde 'KR'den sonra kesilmeyecektir.
Lys-C, arkasından 'P' geliyorsa, normalde 'K'den sonra kesilmeyecektir. Arg-C olmayacak
arkasından 'P' geliyorsa normalde 'R'den sonra kesilir. V8-bicarb normalde sonra kesilmeyecek
'E', ardından herhangi bir 'KREP' geliyorsa. V8-fosf, aşağıdaki durumlarda 'DE'den sonra normalde kesilmeyecektir:
onları 'P' takip eder. Kimotripsin, eğer varsa, 'FYWLM'den sonra normalde kesilmeyecektir.
ardından 'P' gelir. Tercih edilmeyenlerin belirtilmesi, bu tercih edilmeyen kesintilerin yanı sıra tercih edilmeyen kesintileri de gösterir.
tercih edilenler.
-paçavra boole
Yarı spesifik ve spesifik olmayan sindirime izin verir. Bu seçenek özellikle yararlıdır
kullanarak protein tanımlaması için peptit dizilerinin listelerini oluşturmak için
kütle spektrometrisi.
- terminal liste
Varsayılan değer: 1
Çıktı Bölüm
-üst üste gelmek boole
Kısmi sindirim için kullanılır. Tercih edilen kesim sitelerinden tüm kesimleri artı 1, 3..2, gösterir
3 vb. ancak (örn.) 5 değil. Örtüşmeler bu nedenle tam olarak bir tane olan parçalardır.
içindeki potansiyel kesim sitesi.
-tüm taraflar boole
Örtüşmeye gelince, ancak birden fazla potansiyel kesim yeri içeren parçalar dahil edilmiştir.
-outfile rapor
onworks.net hizmetlerini kullanarak özeti çevrimiçi kullanın
