Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut dsimülatörüdür.
Program:
ADI
dsimülatör - rastgele bir genom için sentetik okumalar üretir
SİNOPSİS
simülatör genel: çift [-cçift(20.)] [-bçift(.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-eçift(.15)][-Mdosya]
TANIM
simülatör ilk önce sahte bir genom oluşturur genel*1Mb uzunluğunda, AT-bias değeri
-b. Daha sonra ortalama uzunlukta örnek okumalar üretir. -m bir log-normal uzunluktan
standart sapma ile dağılım -s, ancak daha kısa uzunluktaki okumaları yok sayar -x. O
genomu kapsayacak kadar okuma toplar -c kez ve tanıtır -e kesir hataları
her biri, ekleme, silme ve değiştirme oranlarının tanımlı olarak ayarlandığı yeri okur
create.c içindeki INS_RATE (varsayılan %73) ve DEL_RATE (varsayılan %20) sabitleri. Bir kutu
ayrıca ileri ve geri dizilerden okumaların alınma hızını da kontrol eder.
tanımlanmış sabit FLIP_RATE ayarı (varsayılan 50/50). NS -r seçenek rastgele tohumlar
tekrarlanabilir bir şekilde üretilebilmesi için genomun üretilmesi için sayı üreteci
örnek alınacak aynı temel genom. Bu parametre eksikse, iş kimliği
çağırma, rasgele sayı üretecini tohumlar. Çıktı standarda gönderilir
çıktı (yani bir UNIX borusudur). Çıktı, girdi olarak uygun olan Pacbio .fasta formatındadır
için fasta2DB(1). Son olarak, -M seçeneği, her birinin okuduğu koordinatların
örneklenenler belirtilen dosyaya yazılır, okuma başına bir satır, ASCII kodlu.
Bu "harita" dosyası, esasen, her okumanın bir derlemeye ait olduğu yeri söyler ve çok
hata ayıklama ve test etme amaçları için kullanışlıdır. Bir okuma çifti b,e ise, o zaman b < e ise
read ileri yönde [b,e] öğesinden örneklenmiştir ve eğer b > e ise [e,b] öğesinden
ters yön.
onworks.net hizmetlerini kullanarak dsimülatörü çevrimiçi kullanın
