Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut exonerate-server'dır.
Program:
ADI
exonerate-server - exonerate için bir dizi karşılaştırma sunucusu
SİNOPSİS
beraat sunucusu [ seçenekleri ] <dizin yol>
TANIM
beraat sunucusu exonerate dizisi hizalama programı için çok iş parçacıklı bir sunucudur.
Hızlı büyük veri kümelerine izin vermek için bir dizi dizi ve karşılık gelen bir dizin dosyası kullanır.
İlk olarak, bir .esd dosya dizi dosyalarından yapılmalıdır. bu .esd dosya bir Exonerate
Sıra Veri Kümesi dosyasıdır ve her birinin bulunduğu herhangi bir sıra kümesini birlikte gruplamak için kullanılabilir.
benzersiz tanımlayıcılar içeren diziler. Bu, kullanılarak yapılır fasta2esd Yarar.
fasta2esd genom.fasta genom.esd
Sonra, bir .esi dosya benim yapılacak .esd dosya. .esi dosya bir Exonerate Dizisidir
Dizin dosyası ve belirli bir veri kümesine karşılık gelen bir dizin veya dizin kümesi içerir.
Bu, kullanılarak yapılır esd2esi Yarar.
esd2esi genom.esd genom.esi
bir kere .esi dosya oluşturulduktan sonra, exonerate sunucusu başlatılabilir.
beraat sunucusu genom.esi
Sunucu çalışırken, sunucuyu sorgulamak için exonerate kullanılabilir.
sunucu adı ve bağlantı noktası numarası ile komut satırındaki hedef dizileri. bu
exonerate-server için varsayılan port numarası 12886'dır.
temize çıkarmak sorgu.fasta localhost: 12886
SEÇENEKLER
Exonerate-server için komut satırı seçeneklerinden bazıları,
müşteriyi temize çıkarmak ve bunlar için kılavuz sayfasında belgelenmiştir aklamak. The
özel olan diğer seçenekler beraat sunucusu burada belgelenmiştir.
--Liman
Sunucunun dinlemesi gereken bağlantı noktasını belirtin. Varsayılan olarak, beraat sunucusu
12886 numaralı bağlantı noktasını dinler, ancak bu seçenekle alternatif bağlantı noktaları belirtilebilir.
--giriş <dizin dosya>
Sunucu başlatıldığında kullanılacak dizin dosyasını belirtin. Bu seçenek
zorunlu. İndeks dosyası bir .esi tarafından oluşturulan dosya esd2esi Yarar.
--ön yükleme
Varsayılan olarak, içerdiği endeksler .esi dosyası ve içinde atıfta bulunulan diziler
mukabil .esd sunucu başlatıldığında dosya belleğe yüklenir.
Bu, aksi takdirde engellenebilecek hızlı performans elde etmek için gereklidir.
sık disk erişimleri. Bu seçenek, dizin ve dizi ön yüklemesinin
kapatılır, bu da sunucunun çok daha yavaş, ancak daha hızlı çalışmasına izin verir.
başlatma ve daha küçük bir bellek ayak izi. Ön yüklemeyi kapatmanız önerilmez
sunucuyu test etme veya hata ayıklama yapmadıkça.
--maxconnections
Sunucu çok iş parçacıklı. Bu seçenek, istemci işlemlerinin sayısını ayarlar.
sunucuya aynı anda bağlanmalarına izin verilir. İyi bir performans için,
bulunduğu makinedeki CPU sayısından fazlasına ayarlanmamalıdır.
sunucu çalışıyor.
--ayrıntılılık
Sunucu için ayrıntı düzeyini ayarlayın. Sıfır ise, sunucu sessiz olacaktır,
ve sayı ne kadar yüksek olursa, sunucu tarafından ne hakkında daha fazla mesaj rapor edilir.
oluyor.
ARA
Bu bölüm, aşağıdakiler arasındaki iletişim arayüzünü belgelemektedir:
istemci ve sunucu. Arayüz yazmak isteyenler için belgelenmiştir.
muafiyetin arkasına oturmak için kendi özel sunucuları - normal kullanım için muafiyet,
bunu bilmek şart değil.
Arayüz, istemcinin basit komut satırları göndermesi ve sunucunun
bir soket üzerinden basit yanıt satırları. Tüm komutlar ve cevaplar ASCII'nin basit satırlarıdır.
metin, bu nedenle bir sunucuyu test etmek için bir istemci olarak telnet kullanmak mümkündür.
Herhangi bir komut tek bir metin satırıdır, ancak bir yanıt birçok metin satırı içerebilir. bu
cevaplar şu şekilde :
Herhangi bir yanıt, etiketli satırlar içerebilir uyarı: or hata: Bunlar uyarı: ve hata: etiketler
müşteri tarafından yankılanır ve müşteri herhangi bir mesaj aldıktan sonra çıkacaktır. hata: cevap.
Sunucu çok satırlı bir yanıt döndürürken, ilk satırda kaç satırlık
yanıtın tamamında şu satırlar: satır sayısı: Örnekler için, şu adresten gelen yanıtlara bakın: almak
hsp aşağıdaki örnek oturumdaki komutlar.
İstemci, çok iş parçacıklı olmasına rağmen herhangi bir sunucuya yalnızca tek bir bağlantı açar.
sunucunun birden fazla istemcinin aynı anda bağlanmasına izin vermek için açıkça gereklidir.
Komutları ve cevaplar Kullanılmış in için the Arayüz aynı
komut: versiyon
Cevap: versiyon
komut: çıkış
Cevap: (yanıt yok - sunucu bağlantıyı kapatır)
komut: dbinfo
Cevap: dbinfo:
The dbinfo komutu, sunucuya yüklenen veritabanı hakkında bilgi verir.
Döndürülen alanlar şunlardır:
ya dna ya protein
yumuşak maskeli veya maskesiz
veritabanındaki dizi sayısı
veritabanındaki en uzun dizinin uzunluğu
veritabanındaki tüm dizilerin toplam uzunluğu
komut: arama
Cevap: arama:
Lookup komutu, harici bir tanımlayıcıyı dahili bir tanımlayıcıya eşlemek için kullanılır.
tanımlayıcı.
komut: almak bilgi
Cevap: seqinfo: [ ]
Get info komutu, veritabanındaki bir dizi hakkında bilgi verir. bu
döndürülen alanlar şunlardır:
dizi uzunluğu
bir gcg formatı sağlama toplamı (aşağıya bakın)
harici kimlik (ör. fasta başlığından)
dizi için bir açıklama satırı (ayrıca fasta'dan
başlık), bu alan isteğe bağlıdır ve atlanabilir.
komut: almak seq
Cevap: sıra:
get seq komutu, bir satırda tam bir dizi döndürür.
komut: almak alt sıra
Cevap: alt sıra:
get subseq komutu, bir dizinin bir bölümünü döndürür. Dizinin başlangıcı
konum sıfır. Örneğin. get subseq 0 0 10, dizinin ilk 10 tabanını döndürür
veritabanındaki ilk sıra.
komut: set sorgu
Cevap: tamam:
seq sorgu komutu, sunucuya bir sorgu dizisi göndermek için kullanılır. o
dizinin uzunluğunu ve bir gcg sağlama toplamını döndürür
komut: yeniden düzenleme
Cevap: tamam: iplik
revcomp sorgu komutu, sunucunun sorguyu tersine tamamlamasını sağlar. Bu
sorguyu iki kez gönderme bant genişliğini kaydetmektir.
revcomp hedef komutu, sunucuya veritabanına kendi veri tabanı gibi davranmasını söylemektir.
ters tamamlayıcı İstemci bu komutu yalnızca bir
çevrilmiş veritabanı, bu nedenle çoğu arama türü için uygulanmasına gerek yoktur.
komut: set param
Cevap: tamam:
set parametre komutu, exonerate komut satırından parametreleri şuraya gönderir:
sunucu. Bu komutların tümü, temel bir amaç için istemci tarafından yoksayılabilir.
uygulama, ancak optimum performans için göz ardı edilemez.
komut: almak hsp
Cevap: hspset: { }
Veya: hspset: boş
get hsps komutu, hsps kümelerini almak için ana komuttur. Sunucu
birden çok hspset döndürebilir. Döndürülen alanlar şunlardır:
Bu HSPset'ler için hedef dizinin dahili kimliği.
hsp sorgusu başlangıç konumu
hsp hedef başlangıç konumu
hsp uzunluğu
Son üç alan bir HSP'yi temsil eder ve bir alanda birçok kez tekrarlanabilir.
hspset'i: cevap satırı.
A basit örnek müşteri sunucu iletişim.
% telnet yerel ana bilgisayarı 12886
127.0.0.1 çalışılıyor ...
localhost.localdomain'e bağlandı.
Kaçış karakteri '^]'.
% sürüm
sürüm: exonerate-sunucu 2.0.0
% dbinfo
dbinfo: dna yumuşak maskeli 100000 1701 38113579
% araması AA159529.1
arama: 88065
% bilgi al 88065
sıra bilgi: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Stratagene pankreas (#937208) Homo sapiens cDNA
% seq 88065 olsun
sıra: NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% alt sıra 88065 10 20 olsun
alt sıra: TTTTCTGCTGNATCCCTTCTC
% set sorgusu NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
tamam: 62 2028
% hsps almak
satır sayısı: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp sorgusu
tamam: sorgu dizisi revcomp
% hsps almak
satır sayısı: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% çıkış
Bağlantı yabancı ana bilgisayar tarafından kapatıldı.
ÇEVRE
Henüz belgelenmedi.
ÖRNEKLER
1. Çevrilmiş bir dizin oluşturma ve kullanarak hızlı bir protein2genom araması çalıştırma örneği
beraat sunucusu
fasta2esd human.genomic.fasta human.genomic.esd esd2esi --translate evet human.genomic.esd
insan.genomik.trans.esi beraat sunucusu --port 1234 human.genomic.trans.esi temize çıkarmak
pep.fasta localhost:1234 --model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250
VERSION
Bu belge, muafiyet paketinin 2.2.0 sürümüyle birlikte gelir.
onworks.net hizmetlerini kullanarak exonerate-server'ı çevrimiçi kullanın
