Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen faidx komutudur.
Program:
ADI
faidx - FASTA'dan dizileri getir
SİNOPSİS
faidx [-h] [-b YATAK] [-o ÇIKIŞ] [-i {yatak,kromsizes,nükleotid,transpoze}] [-c] [-r] [-n |
-F] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -M] [--versiyon] oruç
[bölgeler [bölgeler ...]]
TANIM
FASTA'dan dizileri getir. Bölge belirtilmemişse, giriş dosyasındaki tüm girişler
iade. Giriş FASTA dosyası tutarlı bir şekilde satır sarmalı ve çıktının satır kaydırması olmalıdır
giriş satır uzunluklarını temel alır.
SEÇENEKLER
Konumsal argümanlar
fasta FASTA dosyası
bölgeler
getirilecek dizinin boşlukla ayrılmış bölgeleri örneğin chr1:1-1000
İsteğe bağlı argümanlar
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-b YATAK, --yatak YATAK
bölgelerin yatak dosyası
-o DIŞARI, --dışarı OUT
çıktı dosyası adı (varsayılan: stdout)
-i {yatak,kromsizler,nükleotid,transpoze}, --dönüştürmek
{yatak,krom boyutlar,nükleotid,transpoze}
istenen bölgeleri başka bir formata dönüştürün. varsayılan: Yok
-c, --Tamamlayıcı
sırayı tamamlar. varsayılan: Yanlış
-r, --ters
sırayı ters çevirin. varsayılan: Yanlış
-n, --isimsiz
çıktıdan dizi adlarını atlayın. varsayılan: Yanlış
-f, --tam-isimler
açıklama dahil olmak üzere tam adların çıktısını alın. varsayılan: Yanlış
-x, --bölünmüş dosyalar
her bölgeyi ayrı bir dosyaya yazın (isimler bölgelerden türetilmiştir)
-l, --tembel
doldurmak --default-seq eksik aralıklar için varsayılan: Yanlış
-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
eksik pozisyonlar ve maskeleme için varsayılan taban. varsayılan: N
-d AYIRICI, --sınırlayıcı AYIRICI
adları birden çok değere bölmek için sınırlayıcı (yinelenen adlar
atılan). varsayılan: Yok
-g REGEX, --normal ifade REGEX
eşleşmeyen dizi adlarını filtrelemek için normal ifade. varsayılan: .*
-m, --mask-ile-varsayılan-sıra
kullanarak FASTA dosyasını maskeleyin --default-seq varsayılan: Yanlış
-M, --her duruma göre maskeleme
FASTA dosyasını küçük harfe çevirerek maskeleyin. varsayılan: Yanlış
--versiyon
pyfaidx sürüm numarasını yazdır
onworks.net hizmetlerini kullanarak faidx'i çevrimiçi kullanın
