Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen fastq-multx komutudur.
Program:
ADI
fastq-multx - ea-utils: %'yi barkodlar dosyasındaki barkod kimliğiyle değiştirin
SİNOPSİS
fastq-multx [-g|-l|-B] -o r1.%.fq [dostum.fq -o r2.%.fq] ...
AÇIKLAMA
fastq-multx: geçersiz seçenek -- 'h' Bilinmeyen seçenek '-h'.
Sürüm: 1.02.684
Çıktı dosyaları, barkodlarda barkod kimliği ile değiştirilen bir '%' işareti içermelidir
dosya. Çıktı dosyası, ilgili verileri atmak için n/a olabilir (bunu barkod için kullanın).
okuyun)
Barkod dosyası (-B) buna benzer:
...
Varsayılan, tahmin etmektir -tas or -eol net istatistiklere dayanmaktadır.
If -g kullanılırsa, parametresi bir dizin şerididir ve sıklıkla meydana gelen diziler
Kullanılmış.
If -l kullanılır, ardından dosyadaki tüm barkodlar denenir ve *en çok* olan *grup*
maçlar seçilir.
Gruplandırılmış barkodlar dosyası (-l or -L) buna benzer:
...
Sağlanırsa, eşleştirilmiş okumalar senkronize tutulur
SEÇENEKLER
-o FIL1 Çıktı dosyaları (giriş başına bir tane, gerekli) -g SEQFIL Barkodları şuradan belirleyin:
indeksli okuma SEQFIL -l BCFIL Master olarak BCFIL kullanarak herhangi bir okumadan barkodları belirleyin
liste -L BCFIL Barkodları şuradan belirleyin: , BCFIL'i ana liste olarak kullanma -B BCFIL
Belirtilen dosyadan barkodları kullanın, bir belirleme adımı çalıştırmayın -b Zorla
barkod eşleştirme için satır başı (5') -e Bat kodu için satır sonunu (3') zorla
uygun -t NUM faktörüne göre otomatik belirleme için NUM Bölme eşiği, > 1 = daha fazla
hassas -G NAME Yalnızca NAME ile eşleşen grupları kullanın -x Barkodları kırpmayın
hedefi yazmadan önce -n Yürütmeyin, yalnızca olası barkod listesini yazdırın
-v C Eşleştirilmiş kimliğin C karakteriyle eşleştiğini doğrulayın (illumina için ' ' kullanın) -m N
Benzersiz oldukları sürece N adede kadar uyumsuzluğa izin verin (1) -d N Minimum gereksinim
en iyi ile bir sonraki en iyi arasındaki N mesafesi (2) -q N Minimum phred gerektirir
bir barkod tabanını kabul etmek için N kalitesi (0)
onworks.net hizmetlerini kullanarak fastq-multx'i çevrimiçi kullanın
