Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen genom-müzik-galaxyp komutudur.
Program:
ADI
genom müzik galaksisi - MuSiC araçlarının tamamını sırayla çalıştırın.
VERSION
Bu belge, genom müzik galaksisinin 0.04 sürümünü açıklar (2016-01-01, 23:10:18)
SİNOPSİS
genom müzik galaksisi [--output-dir=?] --bam-list=? --çıktı-paket=? --roi-dosyası=?
--referans-sıra=? --maf dosyası=? --pathway-dosyası=? [--sayısal-klinik-veri-dosyası=?]
[--kategorik-klinik-veri-dosyası=?] [--mutasyon-matriks-dosyası=?] [--permütasyonlar=?]
[--normal-min-depth=?] [--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?] [--show-atlandı]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-gens] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--kodlamayan atlama] [--skip-silent]
[--min-mut-genler-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--bilinen isabetleri göster] [--glm-clinical-data-file=?]
[--maf-in-glm-kullan] [--omimaa-dir=?] [--kozmik-dir=?] [--ayrıntılı]
[--klinik-korelasyon-matris-dosyası=?]
Bu araç, bireysel araçları çalıştırmak için gereken tüm bilgileri parametre olarak alır. Bir
örnek kullanım şudur:
... müzik çalmak \
--bam-list girişi/bams_to_analyze.txt \
--sayısal-klinik-veri-dosyası girişi/sayısal_klinik_veriler.csv \
--maf dosyası girişi/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-dosya girişi/pathway_db \
--referans dizisi girişi/refseq/all_sequences.fa \
--roi dosyası girişi/all_coding_regions.bed \
--genetik-veri tipi gen
GEREKLİ ARGÜMANLAR
bam listesi Metin
BAM dosyalarının sekmeyle ayrılmış listesi [örnek_adı normal_bam tümör_bam]
çıktı paketi Metin
Galaxy'nin Müzik çıktıları paketinin kaydedilmesini istediği konum
roi dosyası Metin
ROI'lerin sekmeyle ayrılmış listesi [chr start stop gene_name]
referans dizisi Metin
FASTA formatında referans dizisine giden yol
maf dosyası Metin
TCGA MAF spesifikasyonları v2.3 kullanan mutasyonların listesi
yol dosyası Metin
Sekmeyle ayrılmış yol bilgisi dosyası
İSTEĞE BAĞLI ARGÜMANLAR
çıktı-dir
Çıktı dosyalarının ve alt dizinlerin yazılacağı dizin
Varsayılan değer '' belirtilmemişse
sayısal-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ile sayısal klinik veri kategorisi (x) karşılaştırması
kategorik-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ve kategorik klinik veri kategorisi (x)
mutasyon matrisi dosyası Metin
İsteğe bağlı olarak, hesaplamalar sırasında kullanılan numuneye karşı gen matrisini saklayın.
permütasyon Numara
P-değerlerini belirlemek için kullanılan permütasyon sayısı
normal-min-derinlik Tamsayı
Normal BAM tabanını kapsanmış olarak kabul etmek için minimum okuma derinliği
tümör-dak-derinlik Tamsayı
Bir Tümör BAM tabanını kapsanmış olarak kabul etmek için minimum okuma derinliği
min-mapq Tamsayı
Okuma derinliği sayılarına yönelik olarak dikkate alınması gereken okumaların minimum eşleme kalitesi
gösteri atlandı Boole
Yalnızca kaç tane değil, atlanan her mutasyonu bildirin
Belirtilmemişse varsayılan değer 'false' (--noshow-atlandı)
noshow-atlanan Boole
Gösteri-atlanan 'yanlış' yap
görmezden gelinecek genler Metin
Arka plan mutasyon oranları için göz ardı edilecek genlerin virgülle ayrılmış listesi
BMR Numara
Hedeflenen bölgelerdeki arka plan mutasyon oranı
maksimum yakınlık Metin
2 mutasyon arasındaki maksimum AA mesafesi
bmr-değiştirici-dosyası Metin
[gen_adı] test edilmeden önce BMR'yi değiştiren gen başına değerlerin sekmeyle ayrılmış listesi
bmr_değiştirici]
sayısal-veri-test-yöntemi Metin
Pearson Korelasyonu için 'kor' veya için Wilcoxon Sıra Toplamı Testi için 'wilcox'
sayısal klinik veriler.
Belirtilmemişse varsayılan değer 'cor'
düşük-mr-genlerini atlama Boole
Arka plan MR'sinden daha düşük MR'lara sahip test genlerini atlayın
Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'
noskip-düşük-mr-genleri Boole
Düşük bay genlerini 'yanlış' yapın
maksimum-fdr Numara
Bir genin SMG olarak kabul edilmesi için izin verilen maksimum yanlış keşif oranı
Belirtilmemişse varsayılan değer '0.2'
genetik-veri-tipi Metin
Matris dosyasındaki veriler "gen" veya "varyant" tipi veri olmalıdır
wu-açıklama-başlıkları Boole
Bunu, wustl ek açıklama formatı üstbilgilerine varsayılan yapmak için kullanın
Nowu-annotation-headers Boole
wu-annotation-headers'ı 'yanlış' yapın
bmr grupları Tamsayı
Karşılaştırılabilir BMR'lere sahip numune kümelerinin sayısı
Belirtilmemişse varsayılan değer '1'
ayrı kesmeler Boole
Kesik mutasyonları ayrı bir kategori olarak gruplandırın
Belirtilmemişse varsayılan değer 'false' (--noseparate-truncations)
burun ucu kesikleri Boole
Ayrı kesmeleri 'yanlış' yapın
birleştirme-eşzamanlı-muts Boole
Aynı örnekteki bir genin çoklu mutasyonları 1 olarak kabul edilir.
Belirtilmemişse varsayılan değer 'false' (--nomerge-concurrent-muts)
eşzamanlı-mut'ları birleştirme Boole
Birleştirme-eşzamanlı-muts 'yanlış' olun
kodlamasız atlama Boole
Sağlanan MAF dosyasından kodlamayan mutasyonları atla
Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'
noskip-kodlamasız Boole
Kodlamayan atlamayı 'yanlış' yapın
sessiz Boole
Sağlanan MAF dosyasından sessiz mutasyonları atla
Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'
noskip-sessiz Boole
Atlamayı sessiz 'yanlış' yapın
yol başına min-mut-genleri Tamsayı
Bundan daha az mutasyona uğramış gen içeren yollar göz ardı edilecek
Belirtilmemişse varsayılan değer '1'
glm-model-dosyası Metin
GLM için model türünü, yanıt değişkenini, ortak değişkenleri vb. özetleyen dosya
analiz. (Açıklamayı gör).
işlemciler Tamsayı
SMG'de kullanılacak işlemci sayısı ('foreach' ve 'doMC' R paketleri gerektirir)
Belirtilmemişse varsayılan değer '1'
aa aralığı Tamsayı
Vuruşların yakınında amino asit ararken 'yakın' eşleşmenin ne kadar yakın olduğunu ayarlayın
Belirtilmemişse varsayılan değer '2'
çekirdek aralığı Tamsayı
Vuruşların yakınında nükleotit konumu ararken 'yakın' eşleşmenin ne kadar yakın olduğunu ayarlayın
Belirtilmemişse varsayılan değer '5'
referans oluşturma Metin
"Yapı36" veya "Yapı37" koyun
Belirtilmemişse varsayılan değer 'Build37'
bilinen hitleri göster Boole
Bir bulgu yeni olduğunda, o gende bilinen AA'yı gösterin
Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'
noshow-bilinen hitler Boole
Şovun bilinen isabetlerini 'yanlış' yapın
glm-klinik-veri dosyası Metin
Klinik özellikler, mutasyon profilleri, diğer karışık klinik veriler (Bkz. AÇIKLAMA).
kullanım-maf-in-glm Boole
MAF dosyasından oluşturulan varyant matrisini varyant girişi olarak kullanmak için bu bayrağı ayarlayın.
GLM analizi.
Belirtilmemişse varsayılan değer 'false' (--nouse-maf-in-glm)
glm'de-maf-maf-maf-in-glm Boole
maf-in-glm'yi 'yanlış' yap
omimaa-dir Yol
oim amino asit mutasyon veritabanı klasörü
kozmik yön Yol
kozmik amino asit mutasyon veritabanı klasörü
gereksiz sözlerle dolu Boole
daha büyük çalışma çıktısını görüntülemek için açın
Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'
boş Boole
Ayrıntılı 'yanlış' yapın
klinik-korelasyon-matriks-dosyası Metin
İsteğe bağlı olarak, hesaplamalar sırasında dahili olarak kullanılan numuneye karşı gen matrisini saklayın.
TANIM
Bu komut, tüm MuSiC analiz araçlarını bir dizi veri üzerinde çalıştırmak için kullanılabilir. Lütfen
parametrelerin daha fazla açıklaması için ayrı araçlara bakın.
YAZARLAR
Thomas B. Mooney, MS
KREDİ
Lütfen kredilere bakın genom-müzik(1).
onworks.net hizmetlerini kullanarak genom-müzik-galaxyp'i çevrimiçi kullanın
