genom-müzik-hayatta kalma - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

genom müzik hayatta kalma - Klinik ve mutasyonel için hayatta kalma grafikleri ve P değerleri oluşturun
fenotipleri.

VERSION

Bu belge, genom müziği hayatta kalma sürümü 0.04'ü açıklar (2016-01-01, 23:10:18)

SİNOPSİS

genom müzik hayatta kalma --bam-list=? --çıktı-dir=? [--maf-file=?] [--skip-sessiz]
[--genetik-veri-tipi=?] [--sayısal-klinik-veri-dosyası=?]
[--kategorik-klinik-veri-dosyası=?] [--glm-klinik-veri-dosyası=?]
[--fenotipler-to-include=?] [--legend-placement=?] [--kodlamayan atlama]

... müzikte hayatta kalma \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--numeric-klinik-veri-dosyası /yol/myNumericData.tsv \
--kategorik-klinik-veri dosyası /path/myClassData.tsv \
--output-dir /yol/çıktı_dizini

... müzikte hayatta kalma \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--glm-klinik-veri-dosyası /yol/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /yol/çıktı_dizini

... müzikte hayatta kalma \
--bam listesi /yol/myBamList.tsv \
--maf dosyası /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--glm-klinik-veri-dosyası /yol/myGlmClinicalData.tsv \
--fenotipler-include 'Irk, Cinsiyet, TP53' \
--output-dir /yol/çıktı_dizini

GEREKLİ ARGÜMANLAR

bam listesi Metin
Analize dahil edilecek numune adlarının listesi. (Açıklamayı gör)

çıktı-dir Metin
Çıktı dosyalarının yazılacağı dizin

İSTEĞE BAĞLI ARGÜMANLAR

maf dosyası Metin
MAF formatında mutasyonların listesi

sessiz Boole
Sağlanan MAF dosyasından sessiz mutasyonları atla

Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'

noskip-sessiz Boole
Atlamayı sessiz 'yanlış' yapın

genetik-veri-tipi Metin
Klinik verileri "gen" veya "varyant" düzeyindeki verilerle ilişkilendirin

Belirtilmemişse varsayılan değer 'gen'

sayısal-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ile sayısal klinik veri kategorisi (x) karşılaştırması

kategorik-klinik-veri dosyası Metin
Örnekler tablosu (y) ve kategorik klinik veri kategorisi (x)

glm-klinik-veri dosyası Metin
Klinik özellikler, mutasyon profilleri, diğer karışık klinik veriler (Bkz. AÇIKLAMA).

fenotipler dahil edilecek Metin
Analize yalnızca bu genleri ve/veya fenotipleri dahil edin. (VİRGÜLLERLE AYRILMIŞ)

efsane yerleştirme Metin
'Alt sol', 'üst sol', 'üst sağ' veya 'sağ alt' seçeneklerinden birini seçin.

Belirtilmemişse varsayılan değer 'alt sol'

kodlamasız atlama Boole
Sağlanan MAF dosyasından kodlamayan mutasyonları atla

Belirtilmemişse varsayılan değer 'true'

noskip-kodlamasız Boole
Kodlamayan atlamayı 'yanlış' yapın

TANIM

Bu komut, hayatta kalma analizi gerçekleştirir ve mutasyon verileri için hayatta kalma eğrilerini çizer.
--phenotypes-to-include girdisi aracılığıyla belirtilen ilgilenilen herhangi bir klinik özelliğin yanı sıra
parametre. Yapılan analizler Kaplan-Meier tahmin edicisini ve ardından Cox'u içerir.
Orantılı Tehlikeler modeli. Analiz edilen her gen/klinik özellik için çıktılar, hayatta kalmayı içerir
eğriler, bir tehlike oranı (güven aralıkları ile birlikte) ve P-değerleri ve FDR'ler
Hayatta kalanlar ve hayatta kalanlar arasındaki farkın önemi.

Tüm klinik veri dosyaları, gerekli (büyük/küçük harfe duyarlı olmayan) "vital_status" için aranır.
için örnek kimlikler aracılığıyla fenotiplerle eşleştirilen "days_to_last_followup" sütunları
hayatta kalma analizi. Tüm klinik veri dosyalarının ilk sütunu örneği İÇERMEK ZORUNDADIR.
Kimlikler, diğer MuSiC araçlarında olduğu gibi. Varsayılan olarak, mevcut her gen üzerinde analiz yapılır.
MAF'ta. İsteğe bağlı olarak, analiz yalnızca belirli genler listelenerek sınırlandırılabilir.
(virgülle ayrılmış) --phenotypes-to-include giriş parametresinden sonra. Hayatta kalma analizi
sütun başlıkları eklenerek klinik veri dosyasındaki diğer sütunlarda da gerçekleştirilebilir
--phenotypes-to-include giriş parametresinden sonra belirtilen girişler listesine.

Klinik veri giriş dosyaları oluşturmak için bazı genel kurallar şunlardır:

· Başlıklar gereklidir.

· Her klinik veri dosyasının ilk sütunu, bunlarla eşleşen numune kimliklerini içermelidir.
hem --bam-list hem de MAF varyant listesinde (MAF'de bu
Tumor_Sample_Barcode sütunu, özellikle).

· Klinik veri dosyalarından en az birinde, "vital_status" başlıklı sütunlar
ve "days_to_last_followup" (büyük/küçük harfe duyarlı değil) bulunmalıdır. "vital_status" olmalıdır
1'ler ve 0'lar ile tanımlanır, burada 0 'yaşayan' ve 1 'ölmüş' anlamına gelir.

Tüm girdi dosyalarının sekmeyle ayrılmış olması gerektiğini unutmayın.

ARGÜMANLAR

--bam listesi
Her biri için numune adlarını ve normal/tümör BAM konumlarını içeren bir dosya sağlayın. Kullanmak
satır başına sekmeyle ayrılmış biçim [örnek_adı normal_bam tümör_bam]. Bu araç yalnızca
örnek_adı gerekir, bu nedenle diğer tüm sütunlar atlanabilir. örnek_adı olmalıdır
MAF dosyasında kullanılan tümör örneği adlarıyla aynı (16. sütun, başlıkla birlikte)
Tümör_Örnek_Barkod).

onworks.net hizmetlerini kullanarak genom-müzik-survivalp'i çevrimiçi kullanın