Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen getorfe komutudur.
Program:
ADI
getorf - Açık okuma çerçevelerini (ORF'ler) bulur ve çıkarır
SİNOPSİS
getorf -sıra devamı [masaları liste] [-minsize tamsayı] [-maksimum boyut tamsayı] [-bulmak liste]
-metionin boole -Dairesel boole -ters boole -yan tamsayı
-outseq sıralı
getorf -Yardım
AÇIKLAMA
getorf EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Nükleik:Gen bulma" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-sıra devamı
Ek Bölüm
masaları liste
-minsize tamsayı
Varsayılan değer: 30
-maksimum boyut tamsayı
Varsayılan değer: 1000000
-bulmak liste
Bu, olası çıktı seçeneklerinin küçük bir menüsüdür. İlk dört seçenek seçmek içindir
ya protein translasyonu ya da açık proteinin orijinal nükleik asit dizisi
okuma çerçevesi. Açık okuma çerçevesinin iki olası tanımı vardır:
ya STOP kodonlarından arınmış bir bölge ya da bir START ile başlayan bir bölge olabilir.
kodondur ve bir STOP kodonu ile biter. Son üç seçenek muhtemelen sadece ilgi çekicidir
bölgelerin istatistiksel özelliklerini araştırmak isteyenlere
potansiyel START veya STOP kodonları. Son seçenek, ORF uzunluklarının
iki STOP kodonu arasında hesaplanır.
Advanced Bölüm
-metionin boole
Protein ürünlerinin başlangıcındaki START kodonları genellikle Metionini kodlayacaktır,
kodonun bir proteinin içinde olduğu zaman neyi kodlayacağına rağmen. Bu niteleyici
tüm bu START kodonlarını varsayılan olarak Metionin kodlaması için ayarlar. Varsayılan değer: Y
-Dairesel boole
Varsayılan değer: N
-ters boole
ORF'leri ters tümleyeninde bulmak istemiyorsanız bunu false olarak ayarlayın.
sıra. Varsayılan değer: Y
-yan tamsayı
Aşağıdakileri veren bulmak için dizi türü seçeneklerinden birini seçtiyseniz,
bir STOP veya START kodonu etrafındaki yan dizilim, bu sayıyı ayarlamanıza izin verir.
Çıkacak kodonun her iki tarafındaki nükleotitler. Yan nükleotitlerin bölgesi ise
dizinin başlangıcını veya sonunu geçerse, bu kodon için çıktı verilmez. Varsayılan
değer: 100
Çıktı Bölüm
-outseq sıralı
onworks.net hizmetlerini kullanarak getorfe çevrimiçi kullanın
