gmx-dyndom - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-dyndom - Yapı rotasyonlarını enterpolasyon ve tahmin etme

SİNOPSİS

gmx dindomu [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-birinci açı ] [-son açı ] [-n çerçeve ]
[-maks açı ] [-trans ] [kafalı ]
[-kuyruk ]

TANIM

gmx dindom okur .pdb DynDom'dan dosya çıktısı (http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). O
koordinatları, dönme ekseninin koordinatlarını ve aşağıdakileri içeren bir indeks dosyasını okur.
etki alanları. Ayrıca ok dosyasının ilk ve son atomunu komut olarak alır.
satır argümanları (baş ve kuyruk) ve son olarak çeviri vektörünü alır (verilen
DynDom bilgi dosyası) ve dönüş açısı (ayrıca komut satırı argümanları olarak). açı ise
DynDom tarafından belirlenirse, kişi için kullanılan ikinci yapıyı kurtarabilmelidir.
DynDom çıktısının oluşturulması. Sınırlı sayısal doğruluk nedeniyle bu olmalıdır
tüm atomlu bir RMSD hesaplanarak doğrulandı (kullanarak gmx onaylar) dosya karşılaştırması yerine
(fark kullanarak).

Bu programın amacı, tarafından bulunan rotasyonu enterpolasyon yapmak ve tahmin etmektir.
DynDom. Sonuç olarak, uzun veya kısa bağlara veya üst üste binen atomlara sahip fiziksel olmayan yapılar
üretilebilir. Doğrulamak için görsel inceleme ve enerji minimizasyonu gerekli olabilir
yapı.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
Protein veri bankası dosyası

-n [<.ndx>] (alanlar.ndx)
dizin dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xtc/.trr/...>] (döndürülmüş.xtc)
Yörünge: coşku tr harika g96 pdb tng

Diğer seçenekler:

-birinci açı (0)
Dönme vektörü etrafında dönme açısı

-son açı (0)
Dönme vektörü etrafında dönme açısı

-n çerçeve (11)
Yoldaki adım sayısı

-maks açı (0)
DymDom, dönme vektörü etrafında dönme açısını belirledi

-trans (0)
Döndürme vektörü boyunca çeviri (Angstrom) (DynDom bilgi dosyasına bakın)

kafalı (0 0 0)
Ok vektörünün ilk atomu

-kuyruk (0 0 0)
Ok vektörünün son atomu

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-dyndom'u çevrimiçi kullanın