Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-insert-molecules komutudur.
Program:
ADI
gmx-insert-molecules - Molekülleri mevcut boşluklara yerleştir
SİNOPSİS
gmx ekleme molekülleri [-f [<.gro/.g96/...>]] [-Bugün nasılsın [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-box ]
[-nmol ] [-denemek ] [-tohum ]
[-yarıçap ] [ölçeğindeki ] [-dr ]
[-çürümek ]
TANIM
gmx insert-moleküller uçlar -nmol belirtilen sistemin kopyaları -Bugün nasılsın giriş dosyası.
Eklemeler ya ile verilen çözünen konformasyonda boş uzayda gerçekleşir.
-fveya tarafından verilen boş bir kutuya -box. her ikisini de belirtmek -f ve -box gibi davranır -f, fakat
eklemelerden önce çözünenin etrafına yeni bir kutu yerleştirir. Mevcut herhangi bir hız
atılan.
Varsayılan olarak, ekleme konumları rastgeledir (ilk tohum ile -tohum.)
program şu ana kadar yinelenir: -nmol Moleküller kutuya yerleştirildi. Moleküller değil
mevcut herhangi bir atom ile eklenen herhangi bir atom arasındaki mesafenin yerleştirildiği yere
molekül, her iki atomun van der Waals yarıçaplarına dayanan toplamdan daha azdır. bir veritabanı
(vdwradii.dat) van der Waals yarıçapı program tarafından okunur ve elde edilen yarıçap
tarafından ölçeklendirilmiş ölçeğindeki. Veri tabanında yarıçaplar bulunamazsa, bu atomlara
(önceden ölçülmüş) mesafe -yarıçap.
Toplam -nmol * -denemek pes etmeden önce yerleştirme denemeleri yapılır. Arttırmak -denemek eğer
doldurmak için birkaç küçük delik var. Seçenek -çürümek ekleme moleküllerinin olup olmadığını belirtir
ekleme denemelerinden önce rastgele yönlendirilir.
Alternatif olarak, moleküller sadece position.dat'ta tanımlanan pozisyonlara yerleştirilebilir.
(-ip). Bu dosyanın 3 sütuna (x,y,z) sahip olması gerekir, bu sütunlar
giriş molekülü pozisyonu (-Bugün nasılsın). Bu nedenle, bu dosyanın mutlak içermesi gerekiyorsa
konumları, molekül kullanılmadan önce (0,0,0) üzerinde ortalanmalıdır. gmx insert-moleküller
(ör. şuradan gmx editconf -Center). Bu dosyadaki # ile başlayan yorumlar yok sayılır.
seçenek -dr ekleme denemeleri sırasında izin verilen maksimum yer değiştirmeleri tanımlar. -denemek ve
-çürümek varsayılan modda olduğu gibi çalışın (yukarıya bakın).
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.gro/.g96/...>] (protein.gro) (İsteğe bağlı)
Eklenecek mevcut yapılandırma: harika g96 pdb brk ent esp tpr
-Bugün nasılsın [<.gro/.g96/...>] (insert.gro)
Eklenecek yapılandırma: harika g96 pdb brk ent esp tpr
-ip [<.dat>] (pozisyonlar.dat) (İsteğe bağlı)
Önceden tanımlanmış yerleştirme deneme konumları
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.gro/.g96/...>] (çıkış.gro)
Eklemeden sonra çıktı yapılandırması: harika g96 pdb brk ent esp
Diğer seçenekler:
-box (0 0 0)
Kutu boyutu (nm olarak)
-nmol (0)
Eklenecek ekstra molekül sayısı
-denemek (10)
Eklemeyi deneyin -nmol zamanlar -denemek zamanlar
-tohum (1997)
Rastgele üreteç tohumu
-yarıçap (0.105)
Varsayılan van der Waals mesafesi
ölçeğindeki (0.57)
Veri tabanından Van der Waals yarıçaplarını çarpmak için ölçek faktörü
share/gromacs/top/vdwradii.dat. 0.57'lik varsayılan değer, şuna yakın yoğunluk verir:
Sudaki proteinler için 1000 g/l.
-dr (0 0 0)
içindeki konumlardan x/y/z cinsinden izin verilen yer değiştirme -ip dosya
-çürümek
Eklenen molekülleri rastgele döndürün: xyz, z, yok
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-insert-moleküllerini çevrimiçi kullanın
