Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-make_ndx komutudur.
Program:
ADI
gmx-make_ndx - Dizin dosyaları oluştur
SİNOPSİS
gmx make_ndx [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx> [...]]] [-o [<.ndx>]]
[-natomlar ] [-[Kazanmadı]
TANIM
İndeks grupları hemen hemen her GROMACS programı için gereklidir. Tüm bu programlar,
varsayılan dizin grupları oluşturun. SADECE kullanmak zorundasın gmx make_ndx ÖZEL ihtiyacınız olduğunda
indeks grupları. Tüm sistem için varsayılan bir dizin grubu vardır, 9 varsayılan dizin grubu
proteinler için ve diğer her kalıntı adı için varsayılan bir dizin grubu oluşturulur.
Hiçbir dizin dosyası sağlanmadığında, ayrıca gmx make_ndx varsayılan grupları oluşturacaktır. İle birlikte
atom, kalıntı ve zincir adları ve numaraları üzerinde seçebileceğiniz indeks düzenleyici. Ne zaman koşarsın
girdi dosyası sağlanır, ayrıca atom tipini de seçebilirsiniz. NOT, AND ve OR kullanabilirsiniz,
grupları zincirlere, artıklara veya atomlara ayırabilir. Grupları silebilir ve yeniden adlandırabilirsiniz.
Düzenleyicideki atom numaralandırması ve dizin dosyası 1'den başlar.
The -ikiz switch, tüm dizin gruplarını ofset ile çoğaltır -natomlar, yararlı olan
Hesaplamalı Elektrofizyoloji çift katmanlı membran kurulumları için.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.gro/.g96/...>] (konf.gro) (İsteğe bağlı)
Yapı dosyası: harika g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx> [...]] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-o [<.ndx>] (indeks.ndx)
dizin dosyası
Diğer seçenekler:
-natomlar (0)
atom sayısını ayarla (varsayılan: koordinat veya indeks dosyasından oku)
-[Kazanmadı (yok hayır)
Tüm dizin gruplarını -natoms ofsetiyle çoğaltın
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-make_ndx'i çevrimiçi kullanın
