gmx-sasa - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-sasa - Çözücü ile erişilebilir yüzey alanını hesaplayın

SİNOPSİS

gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [Ya da [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-televizyon [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-sen ] [-xvg ] [-[hayır]rmpbc]
[-[hayır]pbc] [-sf ] [-selpos ] [-incelemek, bulmak ]
[-noktalar ] [-[hayır]koruma] [-dgs ]
[-yüzey ] [-çıktı ]

AÇIKLAMA

gmx sasa solvent erişilebilir yüzey alanlarını hesaplar. Bakınız Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C ve Scharf M (1995) J. Comput. Kimya 16, 273-284 kullanılan algoritma için. İle birlikte
-q, Connolly yüzeyi aynı zamanda bir .pdb düğümlerin bulunduğu dosya
atomlar ve en yakın düğümleri bağlayan kenarlar CONECT kayıtları olarak temsil edilir. -odg
atom başına çözünme enerjilerinden çözünmesiz enerjilerin tahminine izin verir.
maruz kalan yüzey alanı.

Program, belirtilecek yüzey hesaplaması için bir seçim gerektirir.
-yüzey. Bu her zaman sistemdeki tüm çözücü olmayan atomlardan oluşmalıdır. Bölgesi
bu grup her zaman hesaplanır. Opsiyonel olarak, -çıktı ek seçimler belirleyebilir,
hesaplama grubunun alt kümeleri olmalıdır. Bunlar için solventle erişilebilen alanlar
gruplar ayrıca tam yüzeyden çıkarılır.

Yörünge üzerindeki alanın ortalama ve standart sapması, birim başına hesaplanabilir.
kalıntı ve atom (seçenekler Ya da ve -oa).

İle -televizyon seçenek, molekülün toplam hacmi ve yoğunluğu hesaplanabilir. İle birlikte
-pbc (varsayılan), molekül/yüzey grubunuzun bölünmediğinden emin olmalısınız.
PBC. Aksi takdirde, anlamsız sonuçlar elde edersiniz. Lütfen ayrıca şunları da göz önünde bulundurun:
bu durumda normal prob yarıçapı mı yoksa kullanmayı mı tercih edersiniz, örneğin 0 uygundur.
Hacim ve yoğunluk sonuçlarının çok yaklaşık olduğunu akılda tutmakta fayda var.
Örneğin, buzda Ih, su moleküllerini gözeneklere kolayca sığdırabilir ve bu da
çok düşük bir hacim ve her ikisi de çok yüksek olan yüzey alanı ve yoğunluk.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (İsteğe bağlı)
Giriş yörüngesi veya tek konfigürasyon: coşku tr cpt harika g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Giriş yapısı: tpr harika g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
Ekstra dizin grupları

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

-o [<.xvg>] (alan.xvg)
Zamanın bir fonksiyonu olarak toplam alan

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (İsteğe bağlı)
Zamanın bir fonksiyonu olarak tahmini çözülme serbest enerjisi

Ya da [<.xvg>] (resarea.xvg) (İsteğe bağlı)
Kalıntı başına ortalama alan

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (İsteğe bağlı)
Atom başına ortalama alan

-televizyon [<.xvg>] (hacim.xvg) (İsteğe bağlı)
Zamanın bir fonksiyonu olarak toplam hacim ve yoğunluk

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (İsteğe bağlı)
Connolly yüzeyi için PDB dosyası

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt == ilk kez (ps) ise kullanın

-sen (ps)
Zaman değerleri için birim: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Arsa biçimlendirme: yok, xmgrace, xmgr

-[hayır]rmpbc (Evet)
Her kare için molekülleri bütünleştirin

-[hayır]pbc (Evet)
Mesafe hesaplaması için periyodik sınır koşullarını kullanın

-sf
Dosyalardan seçimler sağlayın

-selpos (atom)
Seçim referans konumları: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
bütün_res_com, bütün_res_cog, bütün_mol_com, bütün_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-incelemek, bulmak (0.14)
Çözücü probunun yarıçapı (nm)

-noktalar (24)
Küre başına nokta sayısı, daha fazla nokta daha fazla doğruluk anlamına gelir

-[hayır]koruma (Evet)
Proteini Connolly'ye gönder .pdb dosya da

-dgs (0)
Alan başına solvasyonsuz enerji için varsayılan değer (kJ/mol/nm^2)

-yüzey
Yüzey hesaplama seçimi

-çıktı
Çıkış seçim(ler)i

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-sasa'yı çevrimiçi kullanın