gmx-tcaf - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

gmx-tcaf - Sıvıların viskozitelerini hesaplayın

SİNOPSİS

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[Ot [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-nın-nin [<.xvg>]]
[-ok [<.xvg>]] [-OV [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[şimdi] [-xvg ] [-[hayır]mol] [-[hayır]k34]
[-ağırlık ] [-acflen ] [-[hayır]normalleştirme] [-P ]
[-fitfn ] [-başlamak ] [-son uyum ]

TANIM

gmx tcaf çapraz akım otokorelasyonlarını hesaplar. Bunlar tahmin etmek için kullanılır
kesme viskozitesi, eta. Ayrıntılar için bakınız: Palmer, Phys. Rev. E 49 (1994) sayfa 359-366.

Enine akımlar, k-vektörleri (1,0,0) ve (2,0,0) kullanılarak hesaplanır.
the y- Ve z-yön, (1,1,0) ve (1,-1,0) her biri diğer 2 düzlemde de (bunlar
vektörler bağımsız değildir) ve (1,1,1) ve diğer 3 kutu köşegeni (ayrıca
bağımsız). Her k-vektörü için sinüs ve kosinüs ile kombinasyon halinde kullanılır.
2 dik yönde hız. Bu toplam 16*2*2=64 enine verir
akımlar. Her k-vektörü için bir otokorelasyon hesaplanır, bu da 16'yı verir.
TCAF'lar. Bu TCAF'lerin her biri f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2'ye uyarlanmıştır.
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), bu da 16 tau ve eta değeri verir. uyum
ağırlıklar zaman sabiti w ile üstel olarak azalır (ile verilen -ağırlık) exp(-t/w) olarak ve
TCAF ve uyum 5*w zamanına kadar hesaplanır. eta değerleri 1 - a'ya ayarlanmalıdır
eta(k) k^2, buradan k=0'daki kesme viskozitesi tahmin edilebilir.

Kutu kübik olduğunda, seçenek kullanılabilir -ok, bu da tüm TCAF'lerin ortalamasını alır
aynı uzunlukta k-vektörler. Bu, daha doğru TCAF'lerle sonuçlanır. Hem kübik
TCAF'ler ve uyumlar şu adrese yazılır: -ok Kübik eta tahminleri de yazılır -OV.

Seçeneği ile -mol, enine akım atomlar yerine moleküller tarafından belirlenir. İçinde
bu durumda indeks grubu atom numaraları yerine molekül numaralarından oluşmalıdır.

k bağımlı viskoziteler -OV dosya eta(k) = eta_0 (1 - ak^2) şeklinde olmalıdır
sonsuz dalga boyunda viskozite elde etmek için.

Not: koordinatları ve hızları yeterince sık yazdığınızdan emin olun. İlk,
üstel olmayan, otokorelasyon fonksiyonunun bir kısmı, bir sonuç elde etmek için çok önemlidir.
iyi form.

SEÇENEKLER

Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Tam hassas yörünge: tr cpt tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (İsteğe bağlı)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası

Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:

Ot [<.xvg>] (transcur.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-oa [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-nın-nin [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

-ok [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası

-OV [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr dosyası

Diğer seçenekler:

-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)

-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)

-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın

-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları

-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok

-[hayır]mol (yok hayır)
Moleküllerin TCAF'sini hesaplayın

-[hayır]k34 (yok hayır)
Ayrıca k=(3,0,0) ve k=(4,0,0) kullanın

-ağırlık (5)
TCAF uyum ağırlıkları için üstel bozulma süresi

-acflen (-1)
ACF'nin uzunluğu, varsayılan çerçeve sayısının yarısıdır

-[hayır]normalleştirme (Evet)
ACF'yi normalleştir

-P (0)
ACF için Legendre polinomunun sırası (0 yok anlamına gelir): 0, 1, 2, 3

-fitfn (Yok)
Sığdırma işlevi: yok, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-başlamak (0)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumuna başlama zamanı

-son uyum (-1)
Korelasyon fonksiyonunun üstel uyumunun sona ereceği zaman, -1,
son

onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-tcaf'ı çevrimiçi kullanın