Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gmx-vanhove komutudur.
Program:
ADI
gmx-vanhove - Van Hove yer değiştirme ve korelasyon fonksiyonlarını hesapla
SİNOPSİS
gmx vanhove [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-OM [<.xpm>]] [Ya da [<.xvg>]] [Ot [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[şimdi] [-xvg ]
[-kare ] [-FM ] [-maks ] [-rbin ]
[-mmaks ] [-nseviyeler ] [-nr ] [-Fr ]
[-rt ] [-ft ]
AÇIKLAMA
gmx vanhove Van Hove korelasyon fonksiyonunu hesaplar. Van Hove G(r,t)
sıfır zamanında r_0 olan bir parçacığın r_0+r konumunda bulunma olasılığı
zaman gmx vanhove G'yi bir r vektörü için değil, r'nin uzunluğu için belirler. Böylece
parçacığın t zamanında r kadar hareket etme olasılığını verir. Üzerinden atlar
Periyodik sınırlar kaldırılır. İzotropik veya
anizotropik basınç bağlantısı.
Seçeneği ile -OM tüm matris t ve r'nin bir fonksiyonu olarak veya bir fonksiyon olarak yazılabilir.
sqrt(t) ve r (seçenek -kare).
Seçeneği ile Ya da Van Hove işlevi, t'nin bir veya daha fazla değeri için çizilir. Seçenek -nr
sayısını ayarlar, seçenek -Fr zamanlar arasındaki sayı aralığı. bölme genişliği
seçeneği ile ayarlanır -rbin. Kutu sayısı otomatik olarak belirlenir.
Seçeneği ile Ot belirli bir mesafeye kadar integral (seçenek -rt) olarak çizilir
zamanın işlevi.
Seçilen parçacıkların koordinatları okunan tüm çerçeveler için
hafıza. Bu nedenle program çok fazla bellek kullanabilir. Seçenekler için -OM ve Ot the
program yavaş olabilir. Bunun nedeni, hesaplamanın çerçeve sayısı olarak ölçeklenmesidir.
-FM or -ft. ile unutmayın -dt seçenek, bellek kullanımı ve hesaplama süresi olabilir
azalır.
SEÇENEKLER
Giriş dosyalarını belirleme seçenekleri:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Yörünge: coşku tr cpt harika g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Yapı+kütle(db): tpr harika g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (indeks.ndx) (İsteğe bağlı)
dizin dosyası
Çıktı dosyalarını belirleme seçenekleri:
-OM [<.xpm>] (vanhove.xpm) (İsteğe bağlı)
X PixMap uyumlu matris dosyası
Ya da [<.xvg>] (vanhove_r.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Ot [<.xvg>] (vanhove_t.xvg) (İsteğe bağlı)
xvgr/xmgr dosyası
Diğer seçenekler:
-b (0)
Yörüngeden okunacak ilk kare (ps)
-e (0)
Yörüngeden okunacak son kare (ps)
-dt (0)
Çerçeveyi yalnızca t MOD dt = ilk kez (ps) olduğunda kullanın
-[şimdi (yok hayır)
Çıktıyı görüntüle .xvg, .xpm, .eps ve .pdb Dosyaları
-xvg
xvg arsa biçimlendirmesi: xmgrace, xmgr, yok
-kare (0)
# ile sqrt(ps) arasında ikili boşluk bırakan matris ekseninde sqrt(t) kullanın
-FM (0)
Matristeki kare sayısı, 0 tümü çizilir
-maks (2)
Matristeki maksimum r (nm)
-rbin (0.01)
Matristeki bölme genişliği ve için Ya da (Nm)
-mmaks (0)
Matristeki maksimum yoğunluk, 0 hesaplanır (1/nm)
-nseviyeler (81)
Matristeki seviye sayısı
-nr (1)
için eğri sayısı Ya da çıktı
-Fr (0)
için çerçeve aralığı Ya da çıktı
-rt (0)
için entegrasyon limiti Ot çıktı (nm)
-ft (0)
içindeki kare sayısı Ot çıktı, 0 tüm arsadır
onworks.net hizmetlerini kullanarak gmx-vanhove'u çevrimiçi kullanın
