Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen gt-snpper komutudur.
Program:
ADI
gt-snpper - Bir genomik tarafından verilen genom üzerindeki etkilerine göre SNP'lere açıklama ekler
Ek açıklama.
SİNOPSİS
gt keskin nişancı [seçenek ...] GFF3_file [GVF_file]
TANIM
-trans_table [değer]
NCBI çeviri tablosu numarası, aşağıdakiler arasından seçim yapın:
· 1: Standart
· 2: Omurgalı Mitokondriyal
· 3: Maya Mitokondriyal
· 4: Küf Mitokondriyal; Protozoan Mitokondriyal; Sölenterat Mitokondriyal;
mikoplazma; spiroplazma
· 5: Omurgasız Mitokondriyal
· 6: Siliat Nükleer; Dasycladacean Nükleer; Hexamita Nükleer
· 9: Derisidikenli Mitokondriyal; Yassı solucan Mitokondriyal
· 10: Euplotid Nükleer
· 11: Bakteriyel, Arkeal ve Bitki Plastidi
· 12: Alternatif Maya Nükleer
· 13: Ascidian Mitokondriyal
· 14: Alternatif Yassı Kurt Mitokondriyal
· 15: Blefarizma Makronükleer
· 16: Klorofil Mitokondriyal
· 21: Trematod Mitokondriyal
· 22: Scenedesmus obliquus Mitokondriyal
· 23: Thraustochytrium Mitokondriyal
· 24: Pterobranchia Mitokondriyal
· 25: Aday Bölüm SR1 ve Gracilibacteria (varsayılan: 1)
-seq dosyası [Dosya]
dizilerin alınacağı dizi dosyasını ayarlayın (varsayılan: tanımsız)
-encseq [Dosya]
dizilerin alınacağı kodlanmış dizi dizin adını ayarlayın (varsayılan:
Tanımsız)
-seq dosyaları
özelliklerin çıkarılacağı sıra dosyalarını ayarlayın -- listeyi sonlandırmak için
sıra dosyalarının
-eşleşmedesc [evet|hayır]
İstenen dizi kimlikleri için giriş dosyalarından dizi açıklamalarını arayın (içinde
GFF3), ilk eşleşmeyi bildirir (varsayılan: hayır)
-matchdescstart [evet|hayır]
istenen dizi için giriş dosyalarından dizi açıklamalarını tam olarak eşleştirin
Kimlikler (GFF3'te) baştan ilk boşluk (varsayılan: hayır)
-kullanılanlarc [evet|hayır]
dizi kimliklerini (GFF3'te) gerçek diziyle eşleştirmek için dizi açıklamalarını kullanın
girdileri. Bir açıklama bir dizi aralığı içeriyorsa (örneğin, III:1000001..2000000),
ilk kısım dizi kimliği olarak kullanılır (III) ve ofset olarak ilk aralık konumu
(1000001) (varsayılan: hayır)
-bölge haritalama [dizi]
Sıralama bölgesini içeren dosyayı sıralı dosya eşlemeye ayarla (varsayılan: tanımsız)
-o [Dosya]
çıktıyı belirtilen dosyaya yönlendir (varsayılan: tanımsız)
-gzip [evet|hayır]
gzip sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-bzip2 [evet|hayır]
bzip2 sıkıştırılmış çıktı dosyası yaz (varsayılan: hayır)
-güç [evet|hayır]
çıktı dosyasına yazmaya zorla (varsayılan: hayır)
-Yardım
yardımı göster ve çık
-version
sürüm bilgilerini göster ve çık
Seçenek için dosya formatı -bölge haritalama:
-regionmapping seçeneğine sağlanan dosya bir "eşleme" tanımlar. Bir haritalama,
içinde verilen dizi-bölge girişleri GFF3_dosyası içeren bir dizi dosyasına
karşılık gelen dizi. Eşlemeler aşağıdaki iki biçimden birinde tanımlanabilir:
eşleme = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
işlev eşleme(dizi_bölge)
"hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz" döndür
son
İlk form bir Lua'yı tanımlar (http://www.lua.org) her birini eşleyen “mapping” adlı tablo
dizi bölgesini karşılık gelen dizi dosyasına İkincisi bir Lua işlevi tanımlar
ile çağrıldığında sıra dosya adını döndürmesi gereken "eşleme".
argüman olarak sıra_bölgesi.
RAPORLAMA BÖCEK
Hataları şuraya bildir:[e-posta korumalı]>.
onworks.net hizmetlerini kullanarak gt-snpper'ı çevrimiçi kullanın