hmm2search - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

hmm2search - HMM profiliyle bir dizi veritabanında arama yapın

SİNOPSİS

hmm2arama [seçenekler] hmm dosyası sek dosyası

TANIM

hmm2arama şuradan bir HMM okur hmm dosyası ve aramalar sek dosyası önemli ölçüde benzer için
sıra eşleşmeleri.

sek dosyası önce geçerli çalışma dizininde, ardından bir dizinde aranacaktır
ortam değişkeni tarafından adlandırılmış BLASTDB. Bu, kullanıcıların mevcut BLAST veritabanlarını kullanmasına izin verir,
BLAST site için yapılandırılmışsa.

hmm2arama dizinin boyutuna bağlı olarak çalışması dakikalar hatta saatler sürebilir
veri tabanı. Çıktıyı bir dosyaya yönlendirmek iyi bir fikirdir.

Çıktı dört bölümden oluşur: en iyi puanlama dizilerinin sıralı bir listesi,
en iyi puan alan alanların sıralanmış listesi, en iyi puan alan alanların tümü için hizalamalar ve
puanların bir histogramı. için bir dizi puanı, bir alan puanından daha yüksek olabilir.
dizide birden fazla alan varsa aynı dizi; sıra puanı alır
tüm etki alanlarını dikkate alın. Yukarıdaki tüm diziler -E ve -T kesintiler gösterilir
ilk listede, daha sonra her Bu listede bulunan alan, ikinci listede gösterilir.
etki alanı isabetleri. İstenirse, E-değeri ve bit puanı eşikleri de sisteme uygulanabilir.
kullanarak etki alanı listesi --domE ve --domT seçenekleri.

SEÇENEKLER

-h Kısa yardım yazdırın; dahil olmak üzere tüm seçeneklerin sürüm numarasını ve özetini içerir.
uzman seçenekleri.

-A Hizalama çıktısını En iyi puanlama alan adları. A0 kapatır
hizalama çıktısı ve çıktı dosyalarının boyutunu azaltmak için kullanılabilir.

-E Sıralamalı isabet listesi için E-değeri sınırını şu şekilde ayarlayın: , nerede bir
pozitif gerçek sayı Varsayılan 10.0'dır. (daha az) değerinden daha iyi E değerlerine sahip isabetler
daha) bu eşik gösterilecektir.

-T Sıralamalı isabet listesi için bit puanı kesmesini şu şekilde ayarlayın: , nerede is
gerçek bir sayı. Varsayılan, negatif sonsuzdur; varsayılan olarak, eşik
bit puanı ile değil, E değeri ile kontrol edilir. Şundan daha iyi bit puanları olan isabetler
(daha büyük) bu eşik gösterilecektir.

-Z E-değeri puanlarını, bir dizi veri tabanı görmüş gibi hesaplayın.
diziler. Varsayılan, veritabanı dosyanızda görülen dizilerin sayısıdır.
.

UZMAN SEÇENEKLER

--uyum
2.1.1-1998 genel sürümü olan HMMER 2001'in çıktı biçimini kullanın; sağlanan
2.1.1 Ayrıştırıcıların yeniden yazılması gerekmez.

--İşlemci
Programın çalışacağı maksimum CPU sayısını ayarlar. Varsayılan, kullanmaktır
makinedeki tüm CPU'lar. HMMER_NCPU ortam değişkenini geçersiz kılar. Bir tek
HMMER'in dişli sürümlerini etkiler (çoğu sistemde varsayılan).

--cut_ga
Pfam GA (toplama eşiği) puan kesmelerini kullanın. --globT'ye eşdeğer
--domT , ancak GA2 ve GA1 kesimleri HMM dosyasından okunur. hmm2build
hizalama dosyasına Pfam dostu bir açıklama eklenmişse, bu kesintileri oraya koyar
hizalama formatı (genişletilmiş SELEX veya Stockholm formatı) ve isteğe bağlı GA
açıklama satırı mevcuttu. Bu kesintiler HMM dosyasında ayarlanmamışsa, --cut_ga
çalışmaz.

--cut_tc
Pfam TC (güvenilir sınır) puan kesmelerini kullanın. --globT'ye eşdeğer --domT
, ancak TC2 ve TC1 kesimleri HMM dosyasından okunur. hmm2build bunları koyar
hizalama dosyasına Pfam dostu bir hizalamada açıklama eklenmişse orada kesmeler
formatı (genişletilmiş SELEX veya Stockholm formatı) ve isteğe bağlı TC açıklama satırı
sunmak. Bu kesintiler HMM dosyasında ayarlanmamışsa, --cut_tc çalışmaz.

--cut_nc
Pfam NC (gürültü kesme) puan kesmelerini kullanın. --globT'ye eşdeğer --domT ,
ancak NC1 ve NC2 kesimleri HMM dosyasından okunur. hmm2build bunları koyar
hizalama dosyasına Pfam dostu bir hizalamada açıklama eklenmişse orada kesmeler
formatı (genişletilmiş SELEX veya Stockholm formatı) ve isteğe bağlı NC açıklama satırı
sunmak. Bu kesintiler HMM dosyasında ayarlanmamışsa, --cut_nc çalışmaz.

--domE
Alan başına sıralanmış isabet listesi için E-değeri sınırını şu şekilde ayarlayın: , nerede bir
pozitif gerçek sayı Varsayılan, sonsuzdur; varsayılan olarak, tüm etki alanları
ilk eşiği geçen diziler ikinci listede rapor edilecektir, bu nedenle
Sıra başına listede bildirilen etki alanlarının sayısının,
alan başına listede görünen numara.

--domT
Alan başına sıralı isabet listesi için bit puanı kesmesini şu şekilde ayarlayın: , nerede bir
gerçek Numara. Varsayılan, negatif sonsuzdur; varsayılan olarak, tüm etki alanları
ilk eşiği geçen diziler ikinci listede rapor edilecektir, bu nedenle
Sıra başına listede bildirilen etki alanlarının sayısının,
alan başına listede görünen numara. Hatırlatma not: yalnızca bir etki alanında
sıra kesinlikle bu parametre tarafından kontrol edilir veya --domT. ikinci ve
bir dizideki müteakip etki alanlarının fiili bit puanı eşiği 0'dır, çünkü
HMMER'in nasıl çalıştığına dair ayrıntılar. HMMER, en az bir geçiş gerektirir
dizi başına ana model; birden fazla geçiş yapmak (birden fazla etki alanı)
çok alanlı hizalama, tek alanlı hizalamadan daha iyi bir puana sahip olmalıdır,
ve bu nedenle ekstra alanlar pozitif puana katkıda bulunmalıdır. Kullanıcı Kılavuzuna bakın
daha fazla ayrıntı için.

--ileri
Performansı belirlemek için Viterbi algoritması yerine Forward algoritmasını kullanın.
sıra puanları. Alan başına puanlar hala Viterbi algoritması tarafından belirlenir.
Bazıları, İleri'nin uzaktan algılama için daha hassas bir algoritma olduğunu savundu.
dizi homologları; Ancak HMMER ile yaptığım deneyler bunu doğrulamadı.

--bilgi
giriş olduğunu iddia sek dosyası formatta ; Babelfish biçimini çalıştırmayın
otomatik algılama Bu, programın güvenilirliğini biraz artırır, çünkü
Babelfish hata yapabilir; özellikle gözetimsiz, yüksek
HMMER çıktı çalıştırmaları. Geçerli biçim dizeleri arasında FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL ve PHYLIP. için Kullanım Kılavuzuna bakın.
tam liste.

--null2
Post hoc ikinci boş modeli kapatın. Varsayılan olarak, her hizalama şu şekilde yeniden puanlanır:
ikisinde de olası önyargılı kompozisyonu hesaba katan bir son işlem adımı
HMM veya hedef dizi. Bu, veritabanı aramalarında neredeyse gereklidir,
özellikle yerel hizalama modellerinde. çok küçük bir ihtimal bu
postprocessing gerçek eşleşmeleri kaldırabilir ve bu durumlarda --null2 gelişebilir
önyargılı kompozisyona izin vererek özgüllüğü azaltma pahasına duyarlılık
geçer.

--pvm Paralel Sanal Makinede (PVM) çalıştırın. PVM zaten çalışıyor olmalıdır. NS
istemci programı hmm2search-pvm tüm PVM düğümlerine kurulmalıdır. Opsiyonel PVM
destek HMMER'de derlenmiş olmalıdır.

--xnu Hedef protein dizilerinin XNU filtrelemesini açın. Nükleik asit üzerinde etkisi yoktur.
diziler. Deneme deneylerinde, --xnu göre daha az iyi performans gösterdiği görülmektedir.
varsayılan post hoc null2 modeli.

onworks.net hizmetlerini kullanarak hmm2search'ü çevrimiçi kullanın