hmmer - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

HMMER - biyolojik dizi analizi için profil HMM'leri

SİNOPSİS

hmm hizalama
Dizileri bir profile hizalayın

hmm inşa
Çoklu dizi hizalamalarından profiller oluşturun

hmmdönüştür
Profil dosyasını çeşitli HMMER ve HMMER olmayan formatlara dönüştürün

hmmmm
Bir profilden örnek diziler

hmmfetch
Bir dosyadan profil HMM'lerini alın

hmmpgmd
hmmer.org web sunucusu, phmmer-, hmmsearch- ve hmmscan benzeri arama için kullanılan Daemon

hmmpress
hmmscan için bir HMM veritabanı hazırlayın

hmm tarama
Bir protein profili veritabanına karşı protein dizisini/dizilerini arayın

hmmarama
Bir protein dizisi veritabanına karşı protein profilini/profillerini arayın

hmmsim
Rastgele dizilerde profil puanı dağılımlarını toplayın

hmmstat
Bir profil dosyası için özet istatistikler

jackhmmer
Bir protein dizisi veritabanına karşı bir protein dizisinin yinelemeli araştırması

nhmmer
Bir nükleotid dizisine karşı nükleotit dizi(ler), hizalama(lar) veya profil(ler) arayın
veritabanı

nhmmscan
Bir nükleotid profili veritabanına karşı nükleotid dizisini/dizilerini arayın

hafif
Bir protein dizisi veritabanına karşı bir protein dizisini/dizilerini arayın

AÇIKLAMA

HMMER, biyolojik dizi hizalaması ve veri tabanı için çeşitli programlardan oluşan bir takımdır.
homoloji arama "Profil gizli Markov modelleri" adı verilen olasılıksal modelleri kullanır.
(profil HMM'leri) tek bir dizinin veya bir
bir dizi ailesinin çoklu hizalaması. Araştırmanın ana yollarından biri,
tanımak ve doğru bir şekilde hizalamak için HMMER'deki evrimsel tahmine dayalı modeller
giderek daha uzak homologlar, zaman içinde uzak.

HMMER aynı zamanda katlanarak artan sayıda kullanıcıyı gruplandırmak için bir organizasyon aracı olarak da kullanılır.
biyolojik dizileri çok daha küçük bir dizi iyi açıklamalı dizi ailelerine dönüştürür. Yeni
diziler, küratörlüğün dizi ailesi veritabanlarıyla karşılaştırılarak açıklama eklenebilir.
Tüm diziye ek olarak veya bununla karşılaştırmak yerine önceden oluşturulmuş HMMER profilleri
veri tabanı. Diğerlerinin yanı sıra Pfam, SMART ve TIGRfams gibi veritabanları buna dayanmaktadır.
prensip.

HMMER üç ana modda kullanılır: bir dizinin yeni homologları için bir dizi veritabanını aramak için.
dizi veya dizi ailesi; bilinenleri bulmak için bir profil veritabanını (Pfam gibi) aramak için
bir sorgu dizisinin ait olduğu aile veya sahip olduğu etki alanları; ve otomatik olarak inşa etmek için
kullanarak büyük çoklu hizalamalar (yani etkin bir şekilde sınırsız sayıda dizi ile)
bir dizi ailesinin profil temsilcisi.

Diyelim ki ilgilendiğiniz bir dizi ailesinin çoklu dizi hizalaması var ve
ek homologlar için bir dizi veritabanı aramak istiyorum. NS hmm inşa program yapıları
birden fazla hizalamadan profiller. NS hmmarama program protein profillerini arar
bir protein dizisi veritabanına karşı ve nhmmer karşı nükleotid profil(ler)ini arar
nükleotid dizi veritabanı.

Tek bir ilgilendiğiniz diziniz olduğunu ve bir dizi veritabanını aramak istediğinizi varsayalım.
ek homologlar için. NS hafif program tek bir protein dizisini bir
protein dizisi veritabanı. NS jackhmmer program aynı şeyi yapar ama yinelemeli olarak --
önceki turda tespit edilen homologlar yeni bir profile dahil edilir ve yeni
profil tekrar aranır. hafif BLASTP gibi kullanılır ve jackhmmer gibi kullanılır
protein PSI-BLAST. NS nhmmer program tek bir nükleotid dizisini bir
nükleotid dizisi.

HMMER tabanlı bir profil HMM kullanarak analiz etmek istediğiniz dizileriniz olduğunu varsayalım.
Pfam gibi veritabanı (http://pfam.sanger.ac.uk.) hmmpress program bir profili biçimlendirir HMM
flatfile (Pfam'dan indireceğiniz dosya gibi) bir HMMER ikili veritabanına dönüştürün.
The hmm tarama program, bu veri tabanına karşı protein dizisini/dizilerini arar. NS nhmmscan
program benzer şekilde nükleotid dizi(ler)ini sıkıştırılmış bir veri tabanına karşı arayabilir.
nükleotid profilleri, örneğin Dfam'dan (http://dfam.janelia.org).

Çok sayıda diziyi hizalamak istediğinizi varsayalım. Yönetilebilir küçük bir yapı oluşturabilirsiniz
temsili bir dizi dizisinin hizalanması, bir profil oluşturun hmm inşakullanın ve
hmm hizalama herhangi bir sayıda diziyi o profile hizalamak için program.

HMMER ayrıca büyük profil veritabanlarıyla çalışmak için bazı yardımcı araçlar içerir.
hmmfetch bir veritabanından bir veya daha fazla profil getirir. hmmstat özet istatistikleri yazdırır
bir profil dosyası hakkında.

Diğer profil yazılımları ve HMMER'in önceki sürümleriyle uyumluluk için,
hmmdönüştür program, profilleri birkaç başka biçime dönüştürür. Daha fazla destek eklemeyi planlıyoruz
zamanla diğer biçimler için.

The hmmmm program, bir örnekten örnekleyerek "homolog" diziler üretir (simüle eder)
profil. Aynı zamanda bir "uzlaşma" dizisi de oluşturabilir.

The hmmsim program, puan dağılımları hakkında istatistik toplamak için kullanılan bir simülatördür.
rastgele diziler üzerinde.

Her programın kendi man sayfası vardır.

onworks.net hizmetlerini kullanarak hmmer'ı çevrimiçi kullanın