Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut idfetch'tir.
Program:
ADI
idfetch - NCBI ID1 sunucusundan biyolojik verileri al
SİNOPSİS
idfetch [-] [-F str] [-G Dosya] [-Q Dosya] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l Dosya] [-n] [-o Dosya] [-q str] [-s str] [-t N]
TANIM
idfetch NCBI'nin geniş bir açıklamalı veritabanı içeren ID1 sunucusu için bir istemcidir.
biyolojik diziler.
SEÇENEKLER
Seçeneklerin bir özeti aşağıda yer almaktadır.
- Kullanım mesajını yazdır
-F str Belirtilen özellik türlerini ekleyin (virgülle ayrılmış); izin verilen değerler CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA ve microRNA.
-G Dosya
GI'lerin listesini, (sürümlendirilmiş) erişimleri, atılacak FASTA SeqID'lerini içeren dosya
-Q Dosya
Entrez sorgusu ile GI listesi oluşturun Dosya; gerektirir -dn or -dp.
-c N Maksimum karmaşıklık:
0 tüm bloğu al (varsayılan)
1 ilgilenilen bioseq'i al
2 ilgilenilen bioseq'i içeren minimal bioseq setini alın
3 ilgilenilen bioseq'i içeren minimum çekirdek korumasını alın
4 ilgilenilen bioseq'i içeren minimal pub setini edinin
-d str Kullanılacak veritabanı (ile -q, herhangi biri olabilir n nükleotidler için veya p proteinler için).
-e N Dökülecek varlık numarası (alma numarası)
-f str Düzleştirilmiş SeqId. Olası biçimler:
tip([isim][,[katılım][,[serbest][,versiyon]]]) '5(HUMHBB)' olarak
tip=katılım
tip:numara
(tip ASN.1 Seq-id alt tipini gösteren bir sayıdır.)
-g N Tek Varlığın dökümü için GI kimliği
-i N Arama türü:
0 Sıralı girişi al (varsayılan)
1 GI durumunu al (stderr'e çıktı)
2 Sıra Kimlikleri alın
3 GI geçmişini alın (yalnızca sıra değişikliği)
4 revizyon geçmişini alın (ASN.1'deki herhangi bir değişiklik)
-l Dosya
Log dosyası
-n Yalnızca GI listesinin çıktısını alın (ile -q ve -Q).
-o Dosya
Çıktı için dosya adı (varsayılan = stdout'u)
-q str Entrez sorgusu ile gi listesi oluşturun. Gereklilikler -dn or -dp.
-s str FASTA stili SeqId TEKLİFLERDE BULUNMAKTADIR. Biçimler:
lcl|int or str
bbs|int
bbm|int
tr|acc|loc
göm |acc|loc
pir|acc|isim
sp|acc|isim
pat|ülke|patent|seq
gi|int
dbj|acc|loc
prf|acc|isim
pdb|giriş|zincir
-t N Çıktı türü:
1 metin ASN.1 (varsayılan)
2 ikili ASN.1
3 GenBank (Yalnızca sıralı giriş)
4 GenPept (Yalnızca sıralı giriş)
5 FASTA (tarih tablosu)
6 kalite puanı (yalnızca sıralı giriş)
7 Entrez Belge Toplamı
8 FASTA ters tamamlayıcı
onworks.net hizmetlerini kullanarak idfetch'i çevrimiçi kullanın
