king-probe - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

king-probe - Protein atomlar arası paketlemeyi değerlendirin ve görselleştirin

TANIM

Sözdizimi: prob input.pdb >> out.kin

veya: prob [flags] "src pattern" ["hedef model"] pdbfiles... >> out.kin

Bayraklar:
-KENDİM kendi kendine kesişme: src -> src (varsayılan)

-Her ikisi de iki şekilde kesişir: src <=> targ

-Bir Zamanlar tek kavşak: src -> targ

-Dışarı src'nin dış van der Waals yüzeyi (çözücü temas yüzeyi)

-AUTObondrot Dosya
bir autobondrot dosyasını okuyun ve işleyin

kısayollar:

< >aynı: -4 saat -mc -the -Self "altA ogt33"

-varsayılanlar
aynı: < >, ancak diğer bazı bayraklara izin verir

-SCYüzey ile aynı: -düşürmek -rad1.4 -dışarı "su değil"

-Maruz
ile aynı: -düşürmek -rad1.4 -dışarı (not: kullanıcı malzemeleri kalıbı)

-Bir yüzey
ile aynı: -düşürmek -rad0.0 -ekle1.4 -dışarı "su değil"

-ERİŞİM
ile aynı: -düşürmek -rad0.0 -ekle1.4 -dışarı (not: kullanıcı malzemeleri kalıbı)

-TARAMA0 ile aynı: -4 saat -mc -Self "alta blt40 ogt33"

-TARAMA1 ile aynı: -4 saat -bir Zamanlar "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65,(su ogt33 değil)"

-DUMPatominfo
seçimdeki atomları sayın: src

(BOTH ve ONCE öğelerinin iki desen gerektirdiğini unutmayın,

OUT, SELF ve DUMPATOMINFO sadece bir model gerektirir)

-örtük
örtük hidrojenler

-Açık
açık hidrojenler (varsayılan)

-Yoğunluk#
nokta yoğunluğunu ayarla (varsayılan 16 nokta/sq A)

-yarıçap#.#
prob yarıçapını ayarla (varsayılan 0.25 A)

-ADDvdw#.#
Van der Waals yarıçapına eklenen ofset (varsayılan 0.0)

-ÖLÇEK EvdwVan der Waals yarıçapı için #.# ölçek faktörü (varsayılan 1.0)

-COSCale#.#
ölçek C=O karbon Van der Waals yarıçapı (varsayılan 0.94)

-Spike noktalar yerine sivri çizin (varsayılan)

-Spike#.#
başak ölçeğini ayarla (varsayılan = 0.5)

-NOSpike
sadece noktalar çiz

-HBDüzenli#.# normal Hbond'lar için maksimum örtüşme(varsayılan=0.6)

-HBşarjlı#.# ücretli Hbondlar için maksimum örtüşme(varsayılan=0.8)

-Kale seçilmemiş atomları tut (varsayılan)

-Damla seçilmemiş atomları bırak

-LImit öpüşürken tümsek noktalarını maksimum mesafeyle sınırla (varsayılan)

-Limit yok
çarpma noktalarını sınırlamayın

-Lens kin dosyasına lens anahtar sözcüğünü ekleyin

-NOLEN'ler
kin dosyasına lens anahtar sözcüğünü ekleme (varsayılan)

-MC ana zincir-> ana zincir etkileşimlerini içerir

-HET'ler noktaları su dışı HET gruplarına dahil et (varsayılan)

-NOHET'ler
noktaları su dışı HET gruplarına hariç tut

-SULAR
noktaları suya dahil et (varsayılan)

-ŞİMDİKİLER
noktaları suya hariç tut

-WAT2vat
sular arasındaki noktaları göster

-DUMPH2O
su dahil H? çıktıda vektör listesi

-4 saat bağ zinciri nokta kaldırmayı H için 4'e uzat (varsayılan)

-3 bağ zinciri nokta kaldırmayı 3 ile sınırlayın

-2 bağ zinciri nokta kaldırmayı 2 ile sınırlayın

-1 bağ zinciri nokta kaldırmayı 1 ile sınırlayın

-GÖZ ARDI ETMEK "kalıp" açık bırakma: kalıp tarafından seçilen atomları yoksay

-DOKHO
CH..O H bağlarını tanır

-CHO#.#
CH..O Hbond puanı için ölçek faktörü (varsayılan = 0.5)

-PolarH
kutupsal hidrojenlerin kısa yarıçaplarını kullanın (varsayılan)

-NOPolarH
polar hidrojenlerin yarıçaplarını kısaltmayın

-NOFACEhbond aromatik yüzlere H Bond'ları tanımlamayın

-Ad "name" grup adını belirtir (varsayılan "noktalar")

-DOTMASTER
listelerde ekstra master={name} olarak kullanılan grup adı

-NOGrubu
.kin biçiminde çıktıda @group ifadesi oluşturmayın

-KINgörüntü
.kin formatı çıktısının üstüne @kinemage 1 ifadesi ekleyin

-Sayılar
nokta listesi değil nokta sayısı üret

-Biçimlendirilmemiş
ham nokta bilgisi çıktısı

ad:pat:tür:srcAtom:targAtom:mingap:gap:spX:
spY:spZ:spikeLen:skor:stype:ttype:x:y:z:sBval:tBval:

-OFORMAT
O'da görüntülenmek üzere biçimlendirilmiş çıktı noktası bilgisi

-XVFORMATI
XtalView'da görüntülenmek üzere biçimlendirilmiş çıktı noktası bilgisi

-TEK ÇİZGİ
çıktı bir satır :contacts:by:şiddet:type:

-GAP rengi
boşluk miktarına göre renkli noktalar (varsayılan)

-ATOM rengi
atom türüne göre renkli noktalar

-Ana renk
nükleik asit baz tipine göre renkli noktalar

-RENK Taban
boşluk ve nükleik asit baz tipine göre renkli noktalar

-DIŞ RENK veya "isim" için nokta rengini belirtir -DIŞARI (varsayılan "gri")

-GAPAğırlık#
puanlama boşlukları için ağırlığı ayarla (varsayılan 0.25)

-BUMPAğırlık# tümsekleri puanlamak için göreli ölçeği ayarla (varsayılan 10.0)

-HBAğırlık#
Hbond'ları puanlamak için göreli ölçeği ayarla (varsayılan 4.0)

-DIVDüşük#.#
Bump kategorileri için bölüm (varsayılan -0.4)

-DIVYüksek#.#
Kişi kategorileri için bölüm (varsayılan 0.25)

-MİNOKLULUK#.#
Bunun altındaki doluluk sıfırla aynıdır (varsayılan 0.02)

-ELEMENT
kin çıktısındaki farklı öğeler için ana düğmeler ekleyin

-NOHBOUT
HBond'lar için kontak çıkışı vermeyin

-NOCLASHOUT
çatışmalar için kontak çıkışı vermeyin

-NOVDWOUT
van der Waals etkileşimleri için kontak çıkışı vermeyin

-YALNIZCABADOUT
onlybadout çıktısı bozuk çakışmalar (şiddetli örtüşen kontaklar)

-ÖZET
kişilerin ve çakışmaların çıktı özeti listesi

-TEK ÇİZGİ
oneline çıktı özet listesi

-NOTICK'ler
işleme sırasında kalıntı adı şeridini görüntüleme

-STDBOND'lar
standart kalıntılarda yalnızca standart bağlanma modellerini varsayın

-Ebeveyn YOK
ana ağır atomların tablosuna göre hidrojenleri bağlamayın

-SEGİD kalıntılar arasında ayrım yapmak için PDB SegID alanını kullanın

-OLDU eski stil oluştur -u çıktı: kissEdge2BullsEye, vb.

-ayrıntılı
ayrıntılı mod (varsayılan)

-Referans
referans dizesini göster

-DEĞİŞİKLİKLER
program değişikliklerinin bir listesini görüntüle

-Sessizlik sessiz mod

-Yardım genişletilmiş yardım bildirimini göster (diğer bayrakları içerir)

-VERSİYON
stdout'a tek satırlık sürüm

Desen öğeleri: (komut satırında tırnak içine alınmalıdır)

DOSYA# dosya # içinde

MODEL# model # içinde

ZİNCİR
zincir içinde bir

SEGaaa
segment tanımlayıcı aaaa (burada _ boşluğu temsil eder)

ALTa alternatif konformasyon a

ATOMaaaaaa
atom adı aaaa (burada _ boşluğu temsil eder) (4 karakterin tümü kullanılır, böylece H
ATOM_H__)

RESaaa kalıntısı aaa

# kalıntı #

#bir kalıntı #, bir

#-# kalıntı aralığı # (kodları yoksay)

bir harf koduyla bir kalıntı türü (örn. y)

üç harfli kodlarla aaa kalıntı türü (örn. tyr)

TÜMÜ,PROTEİN,MC,SC,BASE,ALFA,BETA,AZOT,KARBON,
OKSİJEN,KÜKÜRT,FOSFOR,HİDROJEN,METAL,POLAR,
POLAR OLMAYAN, ŞARJLI, BAĞIŞÇI, KABUL EDİCİ, AROMATİK, METİL, ISITMA, SU,DNA,RNA

atomların tümü veya bir alt kümesi

OLT# Doluluk #'den az (tam sayı yüzdesi)

OGT# Doluluk #'den büyük (tam sayı yüzdesi)

BLT# B değeri #'den küçük (tam sayı)

BGT# B değeri #'den büyük (tam sayı)

INSa a kodunu girin (burada _, boşluğu temsil eder)

#.#, #.#, #.# İÇERİSİNDE
noktadan uzaktaki atomlar

Desenler, "trp,phe,tyr" anlamı gibi virgülle ayrılmış listelerde birleştirilebilir.
TRP veya PHE veya TYR.

Boşluklarla ayrılmış desenlerin tümü, "chainb 1-5" anlamı gibi doğru olmalıdır.
B zincirinde 1 ila 5 arası kalıntılar.

Ayrıca kalıpları parantez içinde gruplayabilir, birden çok kalıbı | ile ayırabilirsiniz.
'veya' anlamına gelir ve "dosya1 değil" anlamında DEĞİL ile tamamlayıcıyı seçin.
1 dosyası.

Bir otobondrot dosyası, diğer PDB giriş dosyalarına benzer ancak bilgi içerir.
rotasyonlara ve diğer dönüşümlere maruz kalan atomların tanımlanması.

Calpha-Cbeta bağ rotasyonunu ve periyodik bir döngüyü gösteren örnek otobondrot dosya parçası
bu dönüş için burulma cezası fonksiyonu

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bağ:ki1:78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

çünkü:-3:60:3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TIR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Autobondrot komutları, değerleri ayırmak için iki nokta üst üste kullanır Dönüşümler:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # kukla

Önyargı işlevleri:
COS:ölçek:fazOffset:frekans POLY:ölçek:offset:polinomDegree CONST:değer

Dallanma:
KAYDET ve GERİ YÜKLE veya "(" ve ")"

(örneğin, izolösin için her Chi ve metilleri döndürmek için

sıra: rotChi1/SAVE/rotChi2/rotCD1/RESTORE/rotCG2)

Yönü ayarla: GİT:açı1:açı2:... Dosyaları dahil et: @dosyaadı Yorumlar:
# yorum metni

prob: sürüm 2.13.110909, Telif Hakkı 1996-2011, J. Michael Word

onworks.net hizmetlerini kullanarak kral sondasını çevrimiçi kullanın