Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macs2_bdgdiff komutudur.
Program:
ADI
macs2_bdgdiff - ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
TANIM
kullanım: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C KESME] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DERİNLİK1]
[--d2 DERİNLİK2] [--outdir DIŞ YÖN] (--o-ön ek AÇIKLAMA | -o OFILE OFFILE OFFILE)
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
--t1 T1BDG
Durum 1 için MACS yığın yatağı Grafiği. Callpeak ile uyumsuz --SPMR çıktı.
GEREKLİ
--t2 T2BDG
Durum 2 için MACS yığın yatağı Grafiği. Callpeak ile uyumsuz --SPMR çıktı.
GEREKLİ
--c1 C1BDG
Durum 1 için MACS kontrolü lambda yatağı Grafiği. Callpeak ile uyumsuz --SPMR
çıktı. GEREKLİDİR
--c2 C2BDG
Durum 2 için MACS kontrolü lambda yatağı Grafiği. Callpeak ile uyumsuz --SPMR
çıktı. GEREKLİDİR
-C AYIRMAK, --ayırmak AYIRMAK
logLR kesme. VARSAYILAN: 3 (olasılık oranı=1000)
-l MİNLEN, --min-len MİNLEN
Diferansiyel bölgenin minimum uzunluğu. Küçük bölgeleri kaldırmak için daha büyük bir değer deneyin.
VARSAYILAN: 200
-g MAKSGAP, --max-boşluk MAKSGAP
Yakındaki diferansiyel bölgeleri birleştirmek için maksimum boşluk. Geniş için daha geniş bir boşluk düşünün
işaretler. Maksimum boşluk minimum uzunluktan daha küçük olmalıdır (-g). VARSAYILAN: 100
--d1 DERİNLİK1, --derinlik1 DERİNLİK1
1. koşul için sıralama derinliği (milyon olarak gereksiz okuma sayısı)
ile birlikte kullanılır --d2. Açıklamaya bakın --d2 bunların nasıl atanacağı aşağıda açıklanmıştır.
Varsayılan: 1
--d2 DERİNLİK2, --derinlik2 DERİNLİK2
2. koşul için sıralama derinliği (milyon olarak gereksiz okuma sayısı)
ile birlikte kullanılır --d1. DEPTH1 ve DEPTH2, ölçeklemeyi hesaplamak için kullanılacaktır
her örnek için faktör, daha büyük örneği daha küçük olanın düzeyine küçültmek için.
Örneğin, 10 milyon durum 1 ile 20 milyon durum 2'yi karşılaştırırken şunu kullanın:
--d1 10 --d2 20, daha sonra durum 2 için bedGraph'deki yığın değeri şuna bölünecektir
2. Varsayılan: 1
--outdir OUTDIR
Belirtilirse tüm çıktı dosyaları o dizine yazılacaktır. varsayılan:
geçerli çalışma dizini
--o-ön ek OPREKSİ
Çıktı dosyası öneki. Gerçek dosyalar PREFIX_cond1.bed olarak adlandırılacaktır,
PREFIX_cond2.bed ve PREFIX_common.bed. ile karşılıklı olarak münhasır -o/--dosya.
-o OFILE OFFILE OFFILE, --dosya DOSYA DOSYA DOSYA
Çıktı dosya adları. Sırayla üç argüman vermelidir: 1. benzersiz bölgeler için dosya
koşul 1; 2. koşul 2'deki benzersiz bölgeler için dosya; 3. ortak bölgeler için dosya
her iki koşulda. Not: birbirini dışlayan --o-ön ek.
onworks.net hizmetlerini kullanarak macs2_bdgdiff çevrimiçi kullanın
