Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macs2_bdgopt komutudur.
Program:
ADI
macs2_bdgopt - ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
TANIM
kullanım: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {çarpma,toplama,p2q}]
[-p [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
OFİLE
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
-i EFE, --ifile IFILE
BedGraph'ta MACS puanı. Not: Bu, TÜMÜ kapsayan bir bedGraph dosyası olmalıdır.
genetik şifre. GEREKLİDİR
-m {çarpma,toplama,p2q}, --yöntem {çarpma,toplama,p2q}
BedGraph dosyasının puan sütununu değiştirme yöntemi. Mevcut seçenekler şunlardır:
çarpma, toplama veya p2q. 1) çarpın, EXTRAPARAM gereklidir ve olacaktır
puan sütunuyla çarpılır. Puan sütununu X'e bölmeyi düşünüyorsanız, şunu kullanın:
1/X değeri EXTRAPARAM olarak. 2) ekleyin, EXTRAPARAM gereklidir ve eklenecektir.
puan sütunu. Puan sütununu X ile çıkarmayı düşünüyorsanız, değerini kullanın. -X
EKSTRAPARAM olarak. 3) p2q, bu, p-değeri puanlarını kullanarak q-değeri puanlarına dönüştürecektir.
Benjamini-Hochberg süreci. EXTRAPARAM gerekli değildir. Bu yöntem varsayar
puanlar -log10 MACS2'den p değeri. Diğer puan türleri neden olur
beklenmedik hatalar
-p [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM ...]], --ekstra-param [EKSTRAPARAM [EKSTRAPARAM ...]]
METHOD için ekstra parametre. detayını kontrol edin -m seçeneği.
--outdir OUTDIR
Belirtilirse tüm çıktı dosyaları o dizine yazılacaktır. varsayılan:
geçerli çalışma dizini
-o OFİLE, --dosya OFİLE
Çıktı BEDGraph dosya adı.
onworks.net hizmetlerini kullanarak macs2_bdgopt'u çevrimiçi kullanın
