Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen macs2 komutudur.
Program:
ADI
macs2 - macs2 - ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
TANIM
kullanım: macs2 [-h] [--versiyon]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,rafinepeak}
...
Mac'ler2 -- ChIP Sıralaması için Model Tabanlı Analiz
konumsal argümanlar:
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,rafinepeak}
çağrı zirvesi
Ana MACS2 İşlevi: Hizalama sonuçlarından çağrı zirveleri.
bdgpeakcall
BedGraph çıktısından çağrı zirveleri. Not: Aynı kromozom üzerindeki tüm bölgeler
bedGraph dosyası sürekli olmalıdır, bu nedenle yalnızca MACS2'den gelen bedGraph dosyaları
kabul edilebilir.
bdgroadcall
BedGraph çıktısından geniş zirveleri arayın. Not: Aynı kromozom üzerindeki tüm bölgeler
bedGraph dosyası sürekli olmalıdır, bu nedenle yalnızca MACS2'den gelen bedGraph dosyaları
kabul edilebilir.
bdgcmp bedGraph'ta iki sinyal izini karşılaştırarak gürültüyü azaltın. Not: üzerindeki tüm bölgeler
bedGraph dosyasındaki aynı kromozom sürekli olmalıdır, bu nedenle sadece bedGraph dosyaları
MACS2'den kabul edilebilir.
bdgopt bedGraph dosyasının puan sütununda işlemler. Not: Tüm bölgeler aynı
bedGraph dosyasındaki kromozom sürekli olmalıdır, bu nedenle yalnızca bedGraph dosyaları
MACS2 kabul edilebilir.
cmbreps
Kopyalardan alınan puanların BEDGraph'lerini birleştirin. Not: Tüm bölgeler aynı
bedGraph dosyasındaki kromozom sürekli olmalıdır, bu nedenle yalnızca bedGraph dosyaları
MACS2 kabul edilebilir.
bdgdiff
Eşleştirilmiş dört yatak grafiği dosyasına dayalı diferansiyel tepe tespiti. Not: Tüm bölgeler
bedGraph dosyasındaki aynı kromozom üzerinde sürekli olmalıdır, bu nedenle sadece bedGraph
MACS2'deki dosyalar kabul edilebilir.
filtrelenmiş
Aynı konumdaki yinelenen okumaları kaldırın, ardından kabul edilebilir biçimi BED'e dönüştürün
biçimi.
tahmin edilen
Hizalama sonuçlarından d veya parça boyutunu tahmin edin. *Yinelenenleri filtrelemeyecek*
kümeleme Belirli bir uzantı boyutuyla yığın hizalı okumalar (parça boyutu veya MACS'de d
dilim). Yinelenen okuma filtreleme veya sıralama için herhangi bir adım olmayacağını unutmayın.
derinlik ölçeklendirme, bu nedenle belirli ön/son işlemler yapmanız gerekebilir.
örnek
Rastgele örnek sayısı/toplam okumaların yüzdesi.
rafine tepe
(Deneysel) Ham okuma hizalamasını alın, zirve zirvelerini hassaslaştırın ve puanlar verin
waston/crick etiketlerinin dengesini ölçmek. SPP'den ilham alındı.
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
bu yardım mesajını göster ve çık
--versiyon
programın sürüm numarasını göster ve çık
Her komutun komut satırı seçenekleri için şunu yazın: macs2 KOMUT -h
onworks.net hizmetlerini kullanarak macs2'yi çevrimiçi kullanın
