İngilizceFransızcaAlmancaİtalyanPortekizceRusçaİspanyolca

OnWorks favicon'u

map2slimp - Bulutta Çevrimiçi

Map2slimp'i Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü üzerinden OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırın

Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen map2slimp komutudur.

PROGRAM:

ADI


map2slim - gen ilişkilerini 'ince' bir ontolojiyle eşler

SİNOPSİS


cd git
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gen-associations/gene_association.fb

TANIM


Bir GO slim dosyası ve geçerli bir ontoloji (bir veya daha fazla dosyada) verildiğinde, bu komut dosyası eşlenir
GO'daki terimlere bir gen ilişkilendirme dosyası (tam GO'ya ek açıklamalar içeren)
ince.

Komut dosyası, en çok içeren yeni bir gen ilişkilendirme dosyası oluşturmak için kullanılabilir.
ilgili GO slim erişimleri veya sayım modunda, bu durumda farklı gen verecektir
her ince terim için ürün sayıları

İlişkilendirme dosya formatı burada açıklanmıştır:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#dosya>

ARGÜMANLAR


-b kova ince dosya
Bu argüman ekler kova şartlar ince ontolojiye; için aşağıdaki belgelere bakın
bir açıklama. Kova terimleri de dahil olmak üzere yeni ince ontoloji dosyası
kova ince dosya

-harita ince haritalama dosya
Bu, tam ontolojideki her terim için her ikisini de gösteren bir eşleme dosyası oluşturacaktır.
en uygun ince terim ve ata olan tüm ince terimler. bunu kullanırsan
seçeneği, bir gen ilişkilendirme dosyası SAĞLAMAYIN

gösteri isimleri
(Yalnızca -outmap ile çalışır)

İnce eşleme dosyasında terimin adlarını göster

-c Bu, map2slim'i eşlemek yerine assoc dosyasının sayılarını vermeye zorlar.

-t İle birlikte kullanıldığında -c girintinin yansıtılması için çıktıyı sekmeler
ince dosyadaki ağaç hiyerarşisi

-o dışarı dosya
Bu, eşlenen eşleri (veya sayıları) belirtilen dosyaya yazmak yerine, belirtilen dosyaya yazacaktır.
ekran

İNDİR


Bu komut dosyası, go-perl paket, CPAN'dan temin edilebilir

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Bu betik go-perl yüklenmeden çalışmayacak

HARİTA ALGORITMASı
GO bir DAG'dir, ağaç değil. Bu, bir GO teriminden genellikle birden fazla yol olduğu anlamına gelir.
kök Gene_Ontology düğümüne kadar; yol, ince bir şekilde birden çok terimle kesişebilir
ontoloji - bu, bir açıklamanın birden çok ince terimle eşlenebileceği anlamına gelir!

(notlar Aşağıdaki resmi görmek için bunu çevrimiçi olarak görüntülemeniz gerekir - eğer bunu görüntülemiyorsanız
the http://www.geneontology.org site, aşağıdaki URL'ye bakabilirsiniz:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*checkout*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

Varsayımsal bir örnek, mavi daireler GO slim'deki terimleri gösterir ve sarı daireler
tam ontolojideki terimler. Tam ontoloji ince olanı kapsar, dolayısıyla mavi terimler
ontolojide de vardır.

ID HARİTALARINDAN İNCE KİMLİK TÜM İNCE ATALARA GİT
===== =================================
5 2+3 2,3,1
6 3 sadece 3,1
7 4 sadece 4,3,1
8 3 sadece 3,1
9 4 sadece 4,3,1
10 2+3 2,3,1

2. sütun, doğrudan eşlemede en uygun kimlikleri gösterir. 3'üncü
sütun ince tüm ataları gösterir.

Özellikle ID 9'un eşlenmesine dikkat edin, ancak bunun kökten geçişe giden iki yolu vardır.
3 ve 4, 3 üzerinden ince, 4'e dahil edildiğinden atılır.

Öte yandan, hem 10'ye hem de 2'e 3 harita, çünkü bunların ikisi de dünyadaki ilk ince kimliklerdir.
köke giden iki geçerli yol ve hiçbiri diğerini kapsamaz.

Kullanılan algoritma:

tam ontolojide herhangi bir terimi eşlemek için: içindeki kök düğüme giden tüm geçerli yolları bulun.
tam ontoloji

her yol için, yolda karşılaşılan ilk ince terimi alın

Bu kümedeki gereksiz tüm ince terimleri atın, yani diğer ince terimler tarafından kapsanan ince terimler
sette

KOVA KOŞULLARI
Komut dosyasını -b seçeneğiyle çalıştırırsanız, paket terimleri eklenecektir. Herhangi bir P terimi için
ince, eğer P'nin en az bir çocuğu C'ye sahipse, P altında bir P' kova terimi oluşturulacaktır. Bu
P'nin soyundan gelen tam ontolojideki herhangi bir terimi eşlemek için tümünü kapsayan bir terim, ancak
İnce ontolojide P'nin herhangi bir çocuğunun soyundan DEĞİLDİR.

Örneğin, ince jenerik.0208 aşağıdaki terimlere ve yapıya sahiptir:

%DNA bağlanması ; GİT:0003677
%kromatin bağlanması; GİT:0003682
% transkripsiyon faktörü aktivitesi ; GİT:0003700, GİT:0000130

Kova terimlerini ekledikten sonra şöyle görünecektir:

%DNA bağlanması ; GİT:0003677
%kromatin bağlanması; GİT:0003682
% transkripsiyon faktörü aktivitesi ; GO:0003700 ; eşanlamlı:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA bağlama ; slim_temp_id:12

Tekil gibi DNA bağlanmasının diğer çocukları olan tam ontolojiden terimler
sarmallı DNA bağlanması ve onun soyundan gelenler, kova terimiyle eşleşecektir.

Kova terimi, geçici olan ve yalnızca
haritalama. Harici olarak kullanılmamalıdır.

Paket terimi, Z-OTHER ön ekine sahiptir; Z, terimin olduğundan emin olmak için bir hack
her zaman alfabetik sıralamada en sonda listelenir.

Kova terimleri kullanılırsa algoritma biraz değiştirilir. Kova teriminin bir
ince olmayan tüm DİĞER kardeşlerle örtülü ilişki.

Do I gerek kova terimleri?

Günümüzde çoğu ince dosya tamamen veya neredeyse 'tamamlandı', yani boşluk yok.
Bu, -b seçeneğinin fark edilir derecede farklı sonuçlar üretmeyeceği anlamına gelir. Örneğin,
DİĞER-bağlayıcı bir kova terimi oluşturulduğunu ve kendisine hiçbir açıklama eklenmemiş olduğunu görebilirsiniz: çünkü tüm
GO'daki bağlamanın çocukları ince dosyada temsil edilir.

Kova seçeneği gerçekten yalnızca bazı eski arşivlenmiş ince dosyalar için gereklidir,
statik olan ve oldukça geçici bir şekilde oluşturulmuş; 'boşluklar' biriktirme eğilimindedirler
zamanla (örneğin, GO yeni bir bağlama alt öğesi ekleyecektir, ancak statik ince dosya
tarih, bu nedenle bu yeni terime açıklamalı herhangi bir gen ürünü,
ince)

GRAFİK YANLIŞLAR
İnce ontoloji dosyasının/dosyalarının geçerli dosyaya göre güncelliğini yitirmiş olabileceğini unutmayın.
ontoloji.

Şu anda map2slim, ince grafik ile aşağıdaki grafik arasındaki grafik uyumsuzluklarını işaretlemez.
tam ontoloji dosyası; tam ontolojiyi gerçek grafik olarak alır. Ancak
seçerseniz, sonuçları biçimlendirmek için ince ontoloji kullanılacaktır. -t -c seçenekler olarak.

ÇIKTI
Normal modda, standart formatlı bir gen ilişkilendirme dosyası yazılacaktır. GO Kimliği sütunu
(5) GO slim kimliklerini içerecektir. Eşleme, tablodaki 2. sütuna karşılık gelir
üstünde. Çıktı dosyasının, girdi dosyasından daha fazla satır içerebileceğini unutmayın. Bu
çünkü bazı tam GO kimliklerinin birden fazla ilgili ince kimliği vardır.

COUNT MOD

map2slim, farklı genlerin sayısını veren -c seçeneğiyle çalıştırılabilir
Her bir ince terime eşlenmiş ürünler. Sütunlar aşağıdaki gibidir

GİT Dönemi
İlk sütun GO Kimliğidir ve ardından terim adıdır (terim adı şu şekilde sağlanır:
hem tam GO hem de ince ontolojilerde bulunur - bunlar genellikle aynı olacaktır
ancak bazen ince dosya, GO dosyasındaki değişikliklerin gerisinde kalır)

Bunun için en alakalı ince terim olduğu gen ürünlerinin sayısı
bunun en uygun/doğrudan zayıf olduğu farklı gen ürünlerinin sayısı
İD. Çoğu doğrudan ile, ilişkilendirmenin doğrudan bu terime yapıldığını kastediyoruz,
VEYA ilişkilendirme bu ince dönemin bir çocuğuna yapılır VE çocuk slim yoktur
ilişkilendirmenin eşlendiği terim.

Çoğu ince için, bu sayı doğrudan ilişkilendirme sayısına eşit olacaktır.
bu ince terime eşlenmiştir. Ancak, bazı eski ince dosyalar "sivilcelidir".
"boşlukları" kabul edin. Örneğin, eğer zayıf, "biyolojik sürecin" tüm çocuklarına sahipse,
"davranış" istisnası, o zaman "davranış" veya alt öğelerine ilişkin tüm açıklamalar
burada sayılır

aşağıdaki örneğe bakın

İnce terimle ilişkili olduğu anlaşılan gen ürünlerinin sayısı
ve bunun herhangi bir soyundan gelenlere açıklamalı olan farklı gen ürünlerinin sayısı
ince kimlik (veya doğrudan ince kimliğe açıklamalı).

eskime bayrağı
GO ontolojisi

Örnek almak gerekirse; -t ve -c'yi şöyle kullanırsak:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo ontology/gene_ontology.obo gen-associations/gene_association.fb

O zaman sonuçların bir kısmı şöyle görünebilir:

GO:0008150 biyolojik_işlem (biyolojik_işlem) 34 10025 biyolojik_işlem
GO:0007610 davranış (davranış) 632 632 biyolojik_işlem
GO:0000004 biyolojik süreç bilinmiyor (biyolojik süreç bilinmiyor) 832 832 biyolojik_ süreç
GO:0007154 hücre iletişimi (hücre iletişimi) 333 1701 biyolojik_işlem
GO:0008037 hücre tanıma (hücre tanıma) 19 19 biyolojik süreç
19 ürün GO:0008037 veya alt öğelerinden birine eşlendi. (GO:0008037, ince bir yaprak düğümdür, bu nedenle iki sayı aynıdır).

Öte yandan, GO:0008150 yalnızca bunun en alakalı olduğu 34 ürün alır.
Terim. Bunun nedeni, çoğu ek açıklamanın ince,
GO:0007610 (davranış) gibi. Bu 34 gen ürünü ya doğrudan
GO:0008150 veya bu terimin zayıf olmayan bazı çocuklarına. Bu işaret edebilir
ince 'boşluklar'. map2slim'i -b seçeneğiyle çalıştırmanın bu boşlukları 'dolduracağını' unutmayın.
yapay dolgu terimleri ile.

onworks.net hizmetlerini kullanarak map2slimp'i çevrimiçi kullanın


Ad


Ad

En yeni Linux ve Windows çevrimiçi programları