meryl - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

meryl - çekirdek içi ve dışı kmer sayımı ve yardımcı programlar

SİNOPSİS

tahmin bellek gereksinimleri
meril -P -m kilometre boyutu [-c #] [-p] -s sek.fasta

meril -P -m kilometre boyutu [-c #] [-p] -n ticaret hesabı

bina a tablo
meril -B -m kilometre boyutu [-c #] [-p] [-v] [-f|-r|-C] [-L küçük olay] [-U maxoluşma]
[-İş Parçacığı n | {-segmentler segmentler | -hafıza megabayt} [-configbatch [-sge iş adı]]]
-s sek.fasta -o tbl öneki

meril -sayım partisi numara [-sgebuild "qsuboptionstring"] -o tbl öneki

meril -mergebatch numara [-sgemerge "qsuboptionstring"] -o tbl öneki

Gösteri operasyonlar on a tablo
meril -M operasyon [-v] -s tbl öneki [-s tblprefix2 ...] -o çıktı

Damping a tablo
meril -Dh -s tbl öneki

meril -Dt -n min sayısı -s tbl öneki

TANIM

meril genomik dizilerin kmer içeriğini hesaplar. Kmer içeriği şu şekilde temsil edilir:
kmer listesi ve her birinin giriş dizilerinde meydana gelme sayısı. kmer olabilir
sadece ileri kmer, sadece geri kmer veya kurallı kmer ile sınırlıdır
(her konumdaki ileri ve geri kmerden sözlükbilimsel olarak daha küçüktür). Meryl yapabilmek
sayımların histogramını, kmerlerin listesini ve sayımlarını rapor edebilir veya gerçekleştirebilir
işlenmiş veri dosyaları üzerinde matematiksel ve set işlemleri.

Çıktısı meril meryl veritabanı adı verilen ve hızlı bir şekilde oluşturulabilen iki ikili dosyadır.
sayıların veya gerçek sayıların bir histogramını sağlamak için boşaltılır. Bir C++ kitaplığı sağlanır
Dosyalara doğrudan erişim için.

SEÇENEKLER

-P Tahmini bellek gereksinimleri. Bir dizi dosyası verildi (-s) veya bir üst sınır
dosyadaki mers sayısı (-n), tablo boyutunu hesaplayın (-t en aza indirmek için inşa halinde)
bellek kullanımı. Bu mod aşağıdaki seçenekleri tanır:

-m # mer boyutu (gerekli)

-c # homopolimer sıkıştırma (isteğe bağlı)

-p pozisyonları etkinleştir

-s sek.fasta
Mers sayısını belirlemek için taranacak dizi dosyası

-n # içinde bu kadar çok mers bulunan dosya varsayarak paramları hesapla

sadece biri -s, -n belirtilmesi gerekir. Her ikisi de verilirse, -s öncelik taşır.

-B Bir dizi dosyası verilen mer-count tablolarını hesaplayın (-s) ve birçok parametre. Tarafından
varsayılan olarak, her iki dizi de işlenir.

-f sadece ileri iplik için inşa

-r sadece ters iplik için inşa et

-C kanonik mers kullanın (her iki ipliği de varsayar)

-L # # defadan daha az meydana gelen deniz olaylarını KAYDETMEYİN

-U # # defadan fazla meydana gelen deniz olaylarını KAYDETMEYİN

-m # mer boyutu (gerekli)

-c # homopolimer sıkıştırma (isteğe bağlı)

-p pozisyonları etkinleştir

-s sek.fasta
tablo oluşturmak için sıra

-o tbl öneki
çıktı tablosu öneki

-v kullanıcıyı eğlendirmek

The meril işlem tek bir büyük bellek yığınında, birçok küçük bellek grubunda çalışabilir,
veya SGE kontrolü altında, tümü birden fazla CPU çekirdeği kullanarak veya kullanmadan. Varsayılan olarak,
hesaplama büyük bir ardışık süreç olarak yapılır. Çok iş parçacıklı işlem
bölümlenmiş işlemde olduğu gibi ek bellek masrafıyla, ek ücretle mümkündür
G/Ç gideri.

dişli operasyon
Sayımı neredeyse eşit büyüklükte n parçaya bölün. Bu ekstra kullanır
h MB (den -P) iş parçacığı başına.

-İş Parçacığı n
kullanım n inşa edilecek iplikler

parçalı, ardışık operasyon
Saymayı m MB'den fazla olmayan parçalara bölün.
veya n eşit büyüklükte parçaya bölünür. Her parça sırayla hesaplanır,
ve sonuçlar sonunda birleştirilir. sadece biri -hafıza ve -segmentler is
gerekli.

-hafıza m
en çok kullan m Segment başına MB bellek

-segmentler n
kullanım n segmentler

parçalı, toplu operasyon
Sıralı ile aynı, bunun dışında her segmentin manuel olarak yürütülmesine izin verir
paralel. sadece biri -hafıza ve -segmentler gereklidir. Ayrıca bkz.
ÖRNEK bu sayfadaki bölüm.

-hafıza m
en çok kullan m Segment başına MB bellek

-segmentler n
kullanım n segmentler

-configbatch
partileri oluştur

-sayım partisi n
parti numarasını çalıştır n

-mergebatch
grupları birleştir

Toplu mod, ızgara üzerinde çalışabilir.

-sge iş adı
bu yürütme için benzersiz iş adı. Meryl isimle işler gönderecek
mpiş adı, nciş adı, miliş adı, aşamalar için hazırla, say ve birleştir.

-sgebuild "seçenekler"

-sgemerge "seçenekler"
için herhangi bir ek seçenek qsub(1) (örneğin, "-p -153 -pe konu 2 -A
merylaccount") Not - -N dikkate alınmayacaktır Not - alıntı yaptığınızdan emin olun
seçenekleri

-M Bir tablo listesi verildiğinde, bir matematik, mantıksal veya eşik işlemi gerçekleştirin. Meğer ki
belirtilen, tüm işlemler herhangi bir sayıda veritabanını alır. Matematik işlemleri şunlardır:

dk count, tüm veritabanları için minimum sayıdır. Eğer mer içinde DEĞİLSE
tüm veritabanlarında, mer'in sıfır sayısı vardır ve çıktıda DEĞİLDİR.

mayın var
sayı, mer'i içeren tüm veritabanları için minimum sayıdır.

maksimum sayım, tüm veritabanları için maksimum sayıdır

eklemek sayım, tüm veritabanları için sayıların toplamıdır

alt sayım ilk eksi ikinci (yalnızca ikili)

abs sayı, birinci eksi ikincinin mutlak değeridir (yalnızca ikili)

Mantıksal işlemler şunlardır:

ve tüm veritabanlarında mevcutsa mer çıktısı verir

nAND veritabanlarının hepsinde olmasa da en az birinde mevcutsa mer çıktısı verir

or en az bir veritabanında mevcutsa mer çıktısı verir

xor tek sayıda veri tabanında mevcutsa mer çıktısı verir

Eşik işlemleri şunlardır:

daha az x
sayısı varsa mer çıktısı verir < x

az veya eşit x
sayısı varsa mer çıktısı verir <= x

daha büyük x
sayısı > x ise mer çıktısı verir

daha büyük x
sayısı varsa mer çıktısı verir >= x

eşit x
sayısı varsa mer çıktısı verir == x

Eşik işlemleri tam olarak bir veritabanı üzerinde çalışır.

-s tbl öneki
kullanım tbl öneki veritabanı olarak

-o tbl öneki
bu çıktıyı oluştur

-v kullanıcıyı eğlendirmek

-D Döküm tablosu (hepsi bu işe yaramaz)

-dd Aynı mers arasındaki mesafenin bir histogramını boşaltın.

-Dt Damperler >= bir eşik. Kullanmak -n eşiği belirtmek için

-Dc Mer, farklı mer ve benzersiz mer sayısını sayın.

-Dh Mer sayımlarının bir histogramını (stdout'a) boşaltın.

-s Sayım tablosunu buradan okuyun (.mcdat veya .mcidx'i bırakın).

ÖRNEK

Yığın oluşturma of a tablo
ile hesaplamayı başlat -configbatch, tüm yapı seçeneklerine ihtiyaç duyar. Tümünü yürüt
-sayım partisi işler, o zaman -mergebatch tamamlayın.

meril -configbatch -B [seçenekler] -o dosya
meril -sayım partisi 0 -o dosya
meril -sayım partisi 1 -o dosya
...
meril -sayım partisi N -o dosya
meril -mergebatch N -o dosya

onworks.net hizmetlerini kullanarak meryl'i çevrimiçi kullanın