Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi öykünücüsü veya MAC OS çevrimiçi öykünücüsü gibi birden çok ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut metaöğrencisidir.
Program:
ADI
metastudent - protein dizisinden gen ontolojisi terimlerinin tahmincisi
SİNOPSİS
metaöğrenci -i FASTA_DOSYA -o SONUÇ_FILE_PREFIX [--debug] [--keep-temp] [--sessiz]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontolojiler=MFÖ or BPO or CCO or
MFO, BPO or Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur] [-resimlerle] [--patlatma-kickstart-veritabanları=BLAST_RESULT_DOSYA(lar)]
[--temp-dir=DIR] [--yapılandırma=YAPILANDIRMA DOSYASI] !!! Fasta dosyanızın en fazla 500 içerdiğinden emin olun.
diziler !!!
AÇIKLAMA
Metastudent, Moleküler Fonksiyon Ontolojisi'nden (MFO) Gen Ontolojisi (GO) terimlerini tahmin eder,
Giriş proteini için Biyolojik Proses Ontolojisi (BPO) ve Hücresel Bileşen Ontolojisi (CCO)
zaten açıklamalı proteinlerden homoloji tabanlı çıkarım yoluyla diziler.
Metaöğrencinin çalışması için gerekli olan büyük (toplam 1 GB) veri dosyaları indirilir
programın ilk kullanımında otomatik olarak İndirme yeniden başlatılabilir. Ayrıca
açık bir çağrı yapmak
meta öğrenci verileri (varsayılan olarak /usr/bin/metastudentdata) veri dosyalarını indirmek için.
Veri dizininin (varsayılan olarak /usr/share/metastudent-data) yazılabilir olmaması ve
root değilsin, operasyon
ile yeniden denendi sudo(8).
Çıktı biçim
Seçilen her ontoloji için (bkz. --ontolojiler), bir çıktı dosyası üretilir (bkz. -o). Her biri
her dosyadaki satır, bir proteini bir GO terimi ve bir güvenilirlikle ilişkilendirir.
ilişkilendirme (0.0 ila 1.0). Aşağıdaki biçim kullanılır:
kimlik>
REFERANSLAR
Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., ... & Rost, B.
(2013). Homolojiye dayalı çıkarım, protein fonksiyonu tahmini için çıtayı yüksek tutar. BMC
Biyoinformatik, 14(Ek 3), S7.
SEÇENEKLER
-i FASTA_DOSYA
Giriş fasta dosyası. Lütfen özel biçimlendirmeleri kaldırmayı deneyin (örneğin boşluklar)
girdi olarak kullanmadan önce dizilerde. Yüksek bellek kullanımı nedeniyle,
fasta dosyası en fazla 500 dizi içerir.
-o SONUÇ_FILE_PREFIX
Çıktı dosyalarının dosya adı öneki. GO terimleri ontolojilerde düzenlenir.
Metatstudent her ontolojiyi farklı şekilde ele alır ve her biri için bir sonuç dosyası verir.
örneğin, eğer =./myresult ve MFO (Moleküler Fonksiyon Ontolojisi) ve BPO
(Biyolojik Süreç Ontolojisi) ontolojileri seçilir (seçeneklere bakınız). --ontolojiler), sonra
metastudent iki çıktı dosyası oluşturur: ./sonucum.MFO.txt ve ./sonucum.BPO.txt.
- hata ayıklama
Fazladan hata ayıklama mesajları yazdırın.
--devam et
Metaöğrenci bittikten sonra geçici dizinlerin saklanıp saklanmayacağı (bunlar
hatalar meydana geldiğinde veya bunlarla birlikte kullanıldığında faydalıdır. --blast-kickstart-veritabanları).
--sessiz
İlerleme mesajı yok (stdout), yalnızca hatalar (stderr).
--çıktı-patlama
BLAST çalıştırmalarının sonucunun çıktı verilip verilmeyeceği. İle birlikte kullanışlıdır
--blast-kickstart-veritabanları. Çıktı dosyası adı biçimi
SONUÇ_FILE_PREFIX. .büyük patlama.
--sadece patlatma
Yalnızca BLAST çalıştırmalarının sonucunun çıktısının alınıp alınmayacağı, başka bir şey değil. seçeneklere bakın
--çıktı-patlama ve --blast-kickstart-veritabanları.
--tüm-tahminler
Bireysel tahmin edicilerin tahmin sonuçlarının çıktısının verilip verilmeyeceği. Dosya adı
çıktı dosyasının formatı . . .txt.
--isimsiz
Gerçek GO terim adlarının çıktı tahmininde bir sütun olarak hariç tutulup tutulmayacağı
Dosyalar).
--resimli-resimlerle
Öngörülen GO terimlerini GO grafiği olarak görüntüleyen bir görüntünün de oluşturulup oluşturulmayacağı.
Bu seçenek yalnızca tam olarak bir giriş sırası ile ve yalnızca bağlandığında kullanılabilir
internete.
--ontolojiler=MFÖ or BPO or CCO or MFO, BPO or Kendi ID’n ile mağazalarını oluştur
Tahminler oluşturmak için virgülle ayrılmış ontolojiler listesi. Varsayılan
MFO,BPO,CCO. ile birlikte kullanılırsa --blast-kickstart-veritabanları, sayı ve
ontolojilerin sırası, kickstart dosyalarına karşılık gelmelidir.
--blast-kickstart-veritabanları=
BLAST'ı çalıştırmak genellikle metaöğrencide en uzun süren kısım olduğundan, bu
seçeneği, önceki bir çalıştırmanın çıktısını yeniden kullanmanıza izin verir. Bu, test etmek için yararlıdır,
örneğin, farklı parametreler veya bir tahmini kaybettiğinizde. Sayısı
kickstart dosyaları ontolojilerin sayısına karşılık gelmelidir (seçeneklere bakın) --ontolojiler).
Dosya yollarını virgülle ayırın. Örneğin:
--blast-kickstart-veritabanları= , (her ikisi için de başlangıç
ontolojiler) veya --blast-kickstart-databases=, (yalnızca BPO'yu başlat;
virgüle dikkat edin).
--temp-dir=DIR
içinde tmpDir ile belirtilenin yerine kullanılacak üst geçici dizini
metaöğrenci yapılandırma dosyası.
--config=DOSYA
Özel bir metaöğrenci yapılandırma dosyasının yolu; tüm ayarları geçersiz kılar.
Bu kılavuz sayfasının DOSYALAR bölümünde bulunan yapılandırma dosyaları.
onworks.net hizmetlerini kullanarak metastudent'i çevrimiçi kullanın
