mia-2dmyomilles - Bulutta Çevrimiçi

Program:

ADI

mia-2dmyomilles - Bir dizi 2B görüntünün kaydını çalıştırın.

SİNOPSİS

mia-2dmiyomiller -i -o [seçenekler]

TANIM

mia-2dmiyomiller Bu program, ICA tabanlı yazılımın değiştirilmiş bir sürümünü çalıştırmak için kullanılır.
Milles ve diğerlerinde açıklanan kayıt yaklaşımı. 'Tam Otomatik Hareket Düzeltme
İlk Geçiş Miyokardiyal Perfüzyon MR Görüntü Dizileri', Çev. Med. görüntüleme., 27(11)
1611-1621, 2008. Değişiklikler, yarı-periyodik hareketin serbest olarak çıkarılmasını içerir.
nefes nefese alınan veri kümeleri ve bunun yerine yakın veya katı kayıt çalıştırma seçeneği
sadece çevirilerin optimizasyonu.

SEÇENEKLER

Dosya-IO
-i --in-file=(girdi, gerekli); sicim
giriş perfüzyon veri seti

-o --out-file=(çıktı, gerekli); sicim
çıkış perfüzyon veri seti

-r --kayıtlı=
kayıtlı dosyalar için dosya adı tabanı

--save-referanslar=
sentetik referans görüntülerini bu dosya tabanına kaydedin

--kaydet-kırpılmış=
kırpılmış görüntü setini bu dosyaya kaydet

--save-özelliği=
ICA'dan kaynaklanan özellik görüntülerini ve bazı ara görüntüleri kaydedin
PNG dosyalarına verilen dosya adı bazında RV-LV segmentasyonu için kullanılır.
Ayrıca ilk en iyi ve son IC karışımının katsayılarını da kaydedin
matris.

Destek & Bilgi
-V --verbose=uyarı
çıktının ayrıntı düzeyi, verilen düzeyde ve daha yüksek önceliklerde yazdırılan mesajlar.
En düşük seviyeden başlayan desteklenen öncelikler şunlardır:
bilgi - Düşük seviyeli mesajlar
iz - İşlev çağrısı izleme
başarısız - Test hatalarını bildirin
uyarı - Uyarılar
hata - Hataları bildir
ayıklamak - Hata ayıklama çıktısı
mesaj - Normal mesajlar
ölümcül - Yalnızca önemli hataları bildirin

--telif hakkı
telif hakkı bilgilerini yazdır

-h -- yardım
bu yardımı yazdır

-? --kullanım
kısa bir yardım yazdır

--versiyon
sürüm numarasını yazdırın ve çıkın

ICA
-C --bileşenler=0
ICA bileşenleri 0 = otomatik tahminICA bileşenleri 0 = otomatik
tahmin

--normalleştirmek
normalleştirilmiş IC'ler

--yok-yolsuz
ortalamayı karıştırma eğrilerinden çıkarmayın

-g --tahmin et
miyokardiyal perfüzyon için ilk tahmini kullanın

-s --segölçek=1.4
kırpın ve kırpma kutusunu LV (0=segmentasyon yok)segmentinin etrafında ölçekleyin ve
kırpma kutusunu LV çevresinde ölçeklendir (0=segmentasyon yok)

-k --atla=0
serinin başındaki resimleri diğerlerinde olduğu gibi atla
modaliteler, diğer serilerde olduğu gibi, dizinin başlangıcındaki görüntüleri atla
modaliteleri

-m --max-ica-iter=400
ICA'daki maksimum yineleme sayısı ICA'daki maksimum yineleme sayısı

-E --segmethod=özellikler
Segmentasyon yöntemi
delta tepe - tepe geliştirme görüntülerinin farkı
Özellikler - özellikli görüntüler
delta özelliği - özellik görüntülerinin farkı

İşlemde
--iş parçacıkları=-1
İşlem için kullanılacak maksimum iş parçacığı sayısı, Bu sayı daha düşük olmalıdır
veya makinedeki mantıksal işlemci çekirdeklerinin sayısına eşittir. (-1:
otomatik tahmin).İşleme için kullanılacak maksimum iş parçacığı sayısı,Bu
sayısı, mantıksal işlemci çekirdeklerinin sayısına eşit veya daha düşük olmalıdır.
makine. (-1: otomatik tahmin).

kayıtlar
-c --maliyet=ssd
kayıt kriteri

-O --optimizer=gsl:opt=tek yönlü,adım=1.0
Küçültme için kullanılan Optimize Edici Küçültme için kullanılan Optimize Edici
desteklenen eklentiler bkz. PLUGINS:minimizer/singlecost

-f --transForm=katı
dönüşüm türüdönüşüm türü Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER:2dimage/dönüştürme

-l --mg-seviyeleri=3
çoklu çözünürlük seviyeleriçoklu çözünürlük seviyeleri

-R --referans=-1
Global referans, tüm görseller hizalanmalıdır. Negatif olmayan bir değere ayarlanırsa
değer, görüntüler bu referanslara hizalanacak ve kırpılan çıktı
görüntü tarihi orijinal görüntülere enjekte edilecektir. eğer istersen -1'de bırak
umursama. Bu durumda, tüm görüntüler ortalama konumuna kaydedilir.
motionGlobal referansı, tüm görüntünün hizalanması gerekir. olarak ayarlanırsa
negatif olmayan değer, görüntüler bu referanslara hizalanacak ve
kırpılmış çıktı görüntü tarihi orijinal görüntülere enjekte edilecektir. Terk etmek
-1'de umursamıyorsanız. Bu durumda, tüm görüntüler bir
hareketin ortalama konumu

-P --geçer=2
kayıt pasolarıkayıt pasoları

EKLENTİLER: 1d/splinebc

ayna Sınırda aynalanan spline enterpolasyonu sınır koşulları

(parametre yok)

tekrar et Sınırdaki değeri tekrarlayan spline enterpolasyonu sınır koşulları

(parametre yok)

sıfır Dış değerler için sıfır kabul eden spline enterpolasyonu sınır koşulları

(parametre yok)

EKLENTİLER: 1d/spline çekirdeği

bspline B-spline çekirdek oluşturma, desteklenen parametreler şunlardır:

d = 3; int [0, 5]
Spline derecesi.

omomlar OMoms-spline çekirdek oluşturma, desteklenen parametreler şunlardır:

d = 3; int [3, 3]
Spline derecesi.

EKLENTİLER: 2 boyutlu görüntü/dönüştürme

afin Afin dönüşüm (altı serbestlik derecesi), desteklenen parametreler şunlardır:

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

sert Rijit dönüşümler (yani döndürme ve öteleme, üç derece
özgürlük)., desteklenen parametreler şunlardır:

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

çürüme merkezi = [[0,0]]; 2dfvektör
Göreceli dönüş merkezi, yani <0.5,0.5>,
destek dikdörtgeni.

rotasyon Dönme dönüşümleri (yani belirli bir merkez etrafında döndürme, bir derece
özgürlük)., desteklenen parametreler şunlardır:

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

çürüme merkezi = [[0,0]]; 2dfvektör
Göreceli dönüş merkezi, yani <0.5,0.5>,
destek dikdörtgeni.

yiv Bir dizi B-spline katsayısı ile tanımlanabilen serbest biçimli dönüşüm
ve temel alınan bir B-spline çekirdeği., desteklenen parametreler şunlardır:

anizorat = [[0,0]]; 2dfvektör
piksel cinsinden anizotropik katsayı oranı, pozitif olmayan değerler
'oran' değeri tarafından üzerine yazılır ..

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
transform spline kernel.. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

ceza = ; fabrika
Dönüşüm cezası süresi. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER:2dtransform/splinepenalty

oranları = 10; [1, inf) içinde yüzer
piksel cinsinden izotropik katsayı oranı.

çevirmek Yalnızca çeviri (iki serbestlik derecesi), desteklenen parametreler şunlardır:

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

vf Bu eklenti, her biri için bir çeviri tanımlayan bir dönüşüm uygular.
dönüşümün alanını tanımlayan ızgara noktası., desteklenen
parametreler şunlardır:

sınır dışı = ayna; fabrika
görüntü enterpolasyonu sınır koşulları. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinebc

çekirdek = [bspline:d=3]; fabrika
görüntü enterpolatör çekirdeği. Desteklenen eklentiler için bkz.
EKLENTİLER: 1d/splinekernel

EKLENTİLER: 2dtransform/splinepenaltı

divcurl dönüşümde divcurl cezası, desteklenen parametreler şunlardır:

kıvırmak = 1; [0, inf) içinde yüzer
curl üzerinde ceza ağırlığı.

div = 1; [0, inf) içinde yüzer
sapma ceza ağırlığı.

norm = 0; bool
Cezanın görüntüye göre normalleştirilmesi gerekiyorsa 1'e ayarlayın
boyutu.

ağırlık = 1; yüzer (0, inf)
ceza enerjisinin ağırlığı.

EKLENTİLER: küçültücü/tek maliyet

GDA'lar Otomatik adım boyutu düzeltmeli gradyan inişi., desteklenen parametreler şunlardır:

ftolr = 0; [0, inf) çift
Kriterin göreli değişimi aşağıda ise dur..

maksimum adım = 2; çift ​​giriş (0, inf)
Maksimum mutlak adım boyutu.

maksiter = 200; [1, inf) içinde uint
Durdurma kriteri: maksimum yineleme sayısı.

min-adım = 0.1; çift ​​giriş (0, inf)
Minimum mutlak adım boyutu.

xtola = 0.01; [0, inf) çift
x'e uygulanan değişikliğin inf-normu bu değerin altındaysa dur.

gdsq İkinci dereceden adım tahmini ile gradyan inişi, desteklenen parametreler şunlardır:

ftolr = 0; [0, inf) çift
Kriterin göreli değişimi aşağıda ise dur..

gtola = 0; [0, inf) çift
Gradyanın inf-normu bu değerin altındaysa dur.

maksiter = 100; [1, inf) içinde uint
Durdurma kriteri: maksimum yineleme sayısı.

ölçek = 2; çift ​​giriş (1, inf)
Geri dönüş sabit adım boyutu ölçeklendirme.

adım = 0.1; çift ​​giriş (0, inf)
İlk adım boyutu.

xtola = 0; [0, inf) çift
x-update'in inf-normu bu değerin altındaysa dur.

gsl'nin GNU Bilimsel Kitaplığının multimin optimizerlerine dayalı optimize edici eklentisi
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, desteklenen parametreler şunlardır:

eps = 0.01; çift ​​giriş (0, inf)
gradyan tabanlı optimize ediciler: |grad| < eps, tek yönlü: ne zaman dur
tek yönlü boyut < eps..

süreç = 100; [1, inf) içinde uint
maksimum yineleme sayısı.

yeğlemek = gd; dikte
Kullanılacak özel optimize edici.. Desteklenen değerler:
bfg'ler - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (en verimli sürüm)
cg-fr - Flecher-Reeves eşlenik gradyan algoritması
gd - Dereceli alçalma.
simpleks - Nelder ve Mead'in Simplex algoritması
cg-pr - Polak-Ribiere eşlenik gradyan algoritması

adım = 0.001; çift ​​giriş (0, inf)
ilk adım boyutu.

tol = 0.1; çift ​​giriş (0, inf)
bazı tolerans parametreleri.

nlop Açıklama için NLOPT kitaplığını kullanan simge durumuna küçültücü algoritmaları
optimize ediciler lütfen bakın 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms', desteklenen parametreler şunlardır:

ftola = 0; [0, inf) çift
Durdurma kriteri: Objektif değerin mutlak değişimi aşağıdadır.
Bu değer.

ftolr = 0; [0, inf) çift
Durdurma kriteri: Objektif değerin göreli değişimi aşağıdadır.
Bu değer.

daha yüksek = enf; çift
Daha yüksek sınır (tüm parametreler için eşittir).

yerel tercih = yok; dikte
ana için gerekli olabilecek yerel minimizasyon algoritması
minimizasyon algoritması.. Desteklenen değerler:
gn-orig-doğrudan-l - Dikdörtgenleri Bölme (orijinal uygulama,
yerel olarak önyargılı)
gn-doğrudan-l-noscal - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş, yerel olarak önyargılı)
gn-isres - İyileştirilmiş Stokastik Sıralama Evrim Stratejisi
ld-tnewton - Kesik Newton
gn-doğrudan-l-rand - Dikdörtgenleri Bölme (yerel olarak önyargılı, rastgele)
ln-yeniuoa - Yinelemeli Olarak Türevsiz Kısıtlanmamış Optimizasyon
Oluşturulan Kuadratik Yaklaşım
gn-doğrudan-l-rand-noscale - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş, yerel olarak
taraflı, rastgele)
gn-orig-doğrudan - Dikdörtgenleri Bölme (orijinal uygulama)
ld-tnewton-önkoşul - Ön Koşullu Kesilmiş Newton
ld-tnewton-yeniden başlatma - En dik inişli yeniden başlatma ile kesilmiş Newton
gn-doğrudan - Dikdörtgenleri Bölme
ln-eldermead - Nelder-Mead simpleks algoritması
In-cobyla - Doğrusal Yaklaşımla Kısıtlı Optimizasyon
gn-crs2-lm - Lokal Mutasyonlu Kontrollü Rastgele Arama
ld-var2 - Kaydırılmış Sınırlı-Bellek Değişken-Metrik, Sıra 2
ld-var1 - Kaydırılmış Sınırlı-Bellek Değişken-Metrik, Sıra 1
ld-mma - Asimptotları Taşıma Yöntemi
ld-lbfgs-nocedal - Hiçbiri
ld-lbfgs - Düşük depolamalı BFGS
gn-doğrudan-l - Dikdörtgenleri Bölme (yerel olarak taraflı)
Yok - algoritma belirtme
ln-bobyqa - Türevsiz Sınırlı Kısıtlı Optimizasyon
ln-sbplx - Nelder-Mead'in subplex varyantı
ln-newuoa-bağlı - Türevsiz Sınırlı Kısıtlı Optimizasyon
Yinelemeli Olarak Oluşturulan Kuadratik Yaklaşım
ln-praksis - Ana Eksen üzerinden Gradyansız Yerel Optimizasyon
Yöntem
gn-doğrudan-noscal - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş)
ld-tnewton-precond-yeniden başlatma - Ön Koşullu Kesilmiş Newton
en dik iniş yeniden başlatma

alt = -inf; çift
Alt sınır (tüm parametreler için eşittir).

maksiter = 100; int [1, inf)
Durdurma kriteri: maksimum yineleme sayısı.

yeğlemek = ld-lbfgs; dikte
ana minimizasyon algoritması. Desteklenen değerler şunlardır:
gn-orig-doğrudan-l - Dikdörtgenleri Bölme (orijinal uygulama,
yerel olarak önyargılı)
g-mlsl-lds - Çok Düzeyli Tek Bağlantı (düşük tutarsızlık dizisi,
yerel gradyan tabanlı optimizasyon ve sınırlar gerektirir)
gn-doğrudan-l-noscal - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş, yerel olarak önyargılı)
gn-isres - İyileştirilmiş Stokastik Sıralama Evrim Stratejisi
ld-tnewton - Kesik Newton
gn-doğrudan-l-rand - Dikdörtgenleri Bölme (yerel olarak önyargılı, rastgele)
ln-yeniuoa - Yinelemeli Olarak Türevsiz Kısıtlanmamış Optimizasyon
Oluşturulan Kuadratik Yaklaşım
gn-doğrudan-l-rand-noscale - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş, yerel olarak
taraflı, rastgele)
gn-orig-doğrudan - Dikdörtgenleri Bölme (orijinal uygulama)
ld-tnewton-önkoşul - Ön Koşullu Kesilmiş Newton
ld-tnewton-yeniden başlatma - En dik inişli yeniden başlatma ile kesilmiş Newton
gn-doğrudan - Dikdörtgenleri Bölme
auglag-eq - Eşitlik kısıtlamaları ile artırılmış Lagrange algoritması
bir tek
ln-eldermead - Nelder-Mead simpleks algoritması
In-cobyla - Doğrusal Yaklaşımla Kısıtlı Optimizasyon
gn-crs2-lm - Lokal Mutasyonlu Kontrollü Rastgele Arama
ld-var2 - Kaydırılmış Sınırlı-Bellek Değişken-Metrik, Sıra 2
ld-var1 - Kaydırılmış Sınırlı-Bellek Değişken-Metrik, Sıra 1
ld-mma - Asimptotları Taşıma Yöntemi
ld-lbfgs-nocedal - Hiçbiri
g-mlsl - Çok Düzeyli Tek Bağlantı (yerel optimizasyon gerektirir ve
sınırlar)
ld-lbfgs - Düşük depolamalı BFGS
gn-doğrudan-l - Dikdörtgenleri Bölme (yerel olarak taraflı)
ln-bobyqa - Türevsiz Sınırlı Kısıtlı Optimizasyon
ln-sbplx - Nelder-Mead'in subplex varyantı
ln-newuoa-bağlı - Türevsiz Sınırlı Kısıtlı Optimizasyon
Yinelemeli Olarak Oluşturulan Kuadratik Yaklaşım
ağartma - Artırılmış Lagrange algoritması
ln-praksis - Ana Eksen üzerinden Gradyansız Yerel Optimizasyon
Yöntem
gn-doğrudan-noscal - Dikdörtgenleri Bölme (ölçeklenmemiş)
ld-tnewton-precond-yeniden başlatma - Ön Koşullu Kesilmiş Newton
en dik iniş yeniden başlatma
ld-slsqp - Sıralı En Küçük Kareler İkinci Dereceden Programlama

adım = 0; [0, inf) çift
Gradyansız yöntemler için ilk adım boyutu.

durdurmak = -inf; çift
Durdurma kriteri: fonksiyon değeri bu değerin altına düşer.

xtola = 0; [0, inf) çift
Durdurma kriteri: tüm x değerlerinin mutlak değişimi bunun altındadır
değeri.

xtolr = 0; [0, inf) çift
Durdurma kriteri: tüm x değerlerinin göreli değişimi bunun altındadır
değeri.

ÖRNEK

Otomatik ICA tahminini kullanarak 'segment.set' içinde verilen perfüzyon serisini kaydedin.
Başlangıçta iki resmi atlayın ve aksi takdirde varsayılan parametreleri kullanın. saklamak
'registered.set' ile sonuçlanır.

mia-2dmyomilles -i segment.set -o kayıtlı.set -k 2

YAZAR(lar)

Gert Wollny

TELİF HAKKI

Bu yazılımın Telif Hakkı (c) 1999‐2015 Leipzig, Almanya ve Madrid, İspanya'ya aittir. Gelir
KESİNLİKLE HİÇBİR GARANTİ YOKTUR ve GNU koşulları altında yeniden dağıtabilirsiniz.
GENEL KAMU LİSANSI Sürüm 3 (veya üstü). Daha fazla bilgi için programı şununla çalıştırın:
'--telif hakkı' seçeneği.

onworks.net hizmetlerini kullanarak mia-2dmyomilles'i çevrimiçi kullanın