Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut mini haritasıdır.
Program:
ADI
minimap - uzun DNA dizileri arasında hızlı haritalama
SİNOPSİS
mini harita [-ISOV] [-k kilometre] [-w kazanmakSize] [-I Parti boyutu] [-d dumpDosya] [-f occThres] [-r
Bant genişliği] [-m minPaylaşılan] [-c minSayı] [-L minMaç] [-g maksimum boşluk] [-T tozÜç] [-t
nKonular] [-x önceden] hedef.fa sorgu.fa > çıktı.paf
TANIM
Minimap, iki harita arasında birden çok yaklaşık haritalama konumunu verimli bir şekilde bulmak için bir araçtır.
okumalar ve referans genomlar, genomlar ve
uzun gürültülü okumalar arasında. Minimap'in bir indeksleme ve bir haritalama aşaması vardır. indekslemede
aşamasında, büyük bir hedef diziler grubunun tüm küçültücülerini bir karma tablosunda toplar; içinde
haritalama aşamasında, iyi ortak doğrusal küçültücü isabet kümelerini tanımlar. Mini harita
hedef ve sorgu dizileri arasında ayrıntılı hizalamalar oluşturmaz. Sadece
bu kümelerin yaklaşık başlangıç ve bitiş koordinatlarını verir.
SEÇENEKLER
Endeksleme seçenekleri
-k INT Minimizer k-mer uzunluğu [15]
-w INT Küçültücü pencere boyutu [2/3 k-mer uzunluğunun]. Bir küçültücü en küçük k-mer'dir
w ardışık k-mers penceresinde.
-I NUM En fazla yükle NUM [4G] indeksleme için hedef bazları RAM'e. birden fazla varsa
NUM dayandırmak hedef.fa, mini haritanın okunması gerekiyor sorgu.fa haritalamak için birden çok kez
her bir hedef dizi grubuna karşı. NUM k/K/m/M/g/G ile bitiyor olabilir.
-d DOSYA Döküm küçültücü indeksi DOSYA [döküm yok]
-l Onu belirt hedef.fa aslında seçenek tarafından oluşturulan bir küçültücü indeksidir -d, değil
bir FASTA veya FASTQ dosyası.
Haritalama seçenekleri
-f FLOAT Üstü yoksay FLOAT en çok meydana gelen küçültücülerin kesri [0.001]
-r INT İlk küçültücü isabet kümelemesi için yaklaşık bant genişliği [500]. A küçültücü
vurmak hem hedef hem de sorgu dizilerinde bulunan bir simge durumuna küçültücüdür. A küçültücü
vurmak küme bir hedef arasındaki potansiyel olarak eş doğrusal küçültücü isabetleri grubudur
ve bir sorgu dizisi.
-m FLOAT Aşağıdaki durumlarda ilk simge durumuna küçültücü isabet kümelerini birleştirin: FLOAT veya küçültücülerin daha yüksek kısmı
kümeler arasında paylaşılır [0.5]
-c INT Şunu içeriyorsa, bir simge durumuna küçültücü isabet kümesini koru INT veya daha fazla küçültücü isabeti [4]
-L INT Eş doğrusallaştırmadan sonra, eşleşen sayısı azaltıcı isabet kümesini atın.
üsler aşağıda INT [40]. Bu seçenek esas olarak çıktının boyutunu azaltır. sahip
hız ve tepe bellek üzerinde çok az etki.
-g INT Bir boşlukta küçültücü isabet kümesini bölme INT-bp veya daha uzun içermeyen
herhangi bir küçültücü isabeti [10000]
-T INT SDUST puan eşiğine sahip sorgu dizilerindeki bölgeleri maskeleyin INT; 0 devre dışı bırakmak için
[0]. SDUST, düşük karmaşıklıktaki alt dizileri tanımlayan bir algoritmadır. O değil
varsayılan olarak etkindir. SDUST tercih edilirse, 20 ile 25 arasında bir değer
önerilen. Daha yüksek bir eşik daha az diziyi maskeler.
-S Hepsine karşı eşleme gerçekleştirin. Bu modda, sorgu dizisi adı
hedef dizi adından sözlükbilimsel olarak daha büyük, aralarındaki isabetler
bastırılacak; sorgu dizisi adı hedef adıyla aynıysa,
diyagonal küçültücü isabetleri de bastırılacaktır.
-O Diğer isabetlerden çok uzaktaysa bir küçültme vuruşu bırakın (DENEYSEL). Bu
seçeneği, iki farklı türden uzun kromozomları haritalamak için kullanışlıdır.
-x STR dayalı olarak birden çok ayarı değiştirme STR [ayarlanmadı]. başvurmanız tavsiye edilir
bu seçenek diğer seçeneklerden önce gelir, öyle ki aşağıdaki seçenekler geçersiz kılınabilir
bu seçenek tarafından değiştirilen çoklu ayarlar.
ava10k PacBio veya Oxford Nanopore hepsine karşı hepsi okuma eşlemesi için (-Sw5 -L100 -m0).
Giriş / çıkış seçenekleri
-t INT İş parçacığı sayısı [3]. Minimap, toplarken en fazla üç iş parçacığı kullanır
hedef dizilerdeki simge durumuna küçültücüler ve INTEşleme sırasında +1 iş parçacığı (
ekstra iş parçacığı, genellikle boşta olan ve çok az CPU zamanı alan G/Ç içindir).
-V Sürüm numarasını stdout'a yazdır
ÇIKTI FORMAT
Mini harita, haritalama konumlarını İkili Harita Oluşturma Formatında (PAF) verir. PAF bir TAB-
bölümünde açıklandığı gibi en az 12 alandan oluşan her satırla sınırlandırılmış metin biçimi
aşağıdaki tablo:
┌────┬─────────────────────────────────────── ────────────────────────┐
│Col │ Tip │ Açıklama │
├────┼─────────────────────────────────────── ────────────────────────┤
│ 1 │ string │ Sorgu dizisi adı │
│ 2 │ int │ Sorgu dizisi uzunluğu │
│ 3 │ int │ Sorgu başlangıç koordinatı (0 tabanlı) │
│ 4 │ int │ Bitiş koordinatını sorgula (0 tabanlı) │
│ 5 │ char │ `+' eğer sorgu ve hedef aynı dizide ise; `-' tersi ise │
│ 6 │ dizi │ Hedef dizi adı │
│ 7 │ int │ Hedef dizi uzunluğu │
│ 8 │ int │ Orijinal dizide hedef başlangıç koordinatı │
│ 9 │ int │ Orijinal dizide hedef bitiş koordinatı │
│ 10 │ int │ Eşlemedeki eşleşen bazların sayısı │
│ 11 │ int │ Eşlemede boşluklar dahil sayı tabanları │
│ 12 │ int │ Eşleme kalitesi (eksik için 0 ile 255-255) │
└────┴─────────────────────────────────────── ────────────────────────┘
Hizalama kullanılabilir olduğunda, 11. sütun toplam dizi eşleşme sayısını verir,
hizalamadaki uyumsuzluklar ve boşluklar; sütun 10'un sütun 11'e bölümü hizalamayı verir
Kimlik. Mini harita ayrıntılı hizalama oluşturmadığından, bu iki sütun
yaklaşık. PAF, isteğe bağlı olarak, SAM benzeri yazılan anahtar/değer çiftinde ek alanlara sahip olabilir
biçim. Minimap, bir kümedeki simge durumuna küçültücü isabetlerinin sayısını cm etiketine yazar.
onworks.net hizmetlerini kullanarak mini haritayı çevrimiçi kullanın
