Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut primeridir.
Program:
ADI
primerler - PCR primerlerini seçmek için primer3'ün basit versiyonu
SİNOPSİS
Primerler -sıra devamı [-hedef bölge menzil] [-minsize tamsayı] [-maksimum boyut tamsayı]
[-maxdiffm şamandıra] [-açıklama bayrağı boole] [-sayı dönüş tamsayı] -outfile dış dosya
Primerler -Yardım
TANIM
Primerler EMBOSS'un (“Avrupa Moleküler Biyoloji Açık
Yazılım Paketi”). "Nucleic:Primers" komut grup(lar)ının bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
Giriş Bölüm
-sıra devamı
Primerlerin seçileceği sıra. Sıra 5' -> 3' şeklinde sunulmalıdır
Ek Bölüm
-hedef bölge menzil
Bir veya daha fazla Hedef belirtilirse, yasal bir primer çifti en az bir
onlardan. Hedef, basit bir dizi tekrar yeri olabilir (örneğin, bir CA tekrarı) veya
tek baz çifti polimorfizmi. Değer, boşlukla ayrılmış bir liste olmalıdır.
, çiftler nerede bir Hedefin ilk tabanının indeksidir ve
son Ör. 50,51, 2 pozisyonunda 50 bazı çevrelemek için primerler gerektirir.
ve 51.
-minsize tamsayı
Bir astarın kabul edilebilir minimum uzunluğu. 0'dan büyük ve küçük veya eşit olmalıdır
MAX-SIZE'a kadar. Varsayılan değer: 18
-maksimum boyut tamsayı
Bir astarın kabul edilebilir maksimum uzunluğu (baz olarak). Şu anda bu parametre olamaz
35'ten büyük. Bu sınır, Primer3'lerin maksimum oligo boyutu tarafından yönetilir.
erime sıcaklığı geçerlidir. Varsayılan değer: 27
-maxdiffm şamandıra
Erime sıcaklıkları arasındaki maksimum kabul edilebilir (işaretsiz) fark
ileri ve geri primerler. Varsayılan değer: 100.0
Çıktı Bölüm
-açıklama bayrağı boole
Bu bayrak 0 değilse, LEFT-EXPLAIN ve RIGHT-EXPLAIN çıktılarını üretin.
Primer3'ün incelediği primer çiftlerinin sayısı hakkında bilgi sağlamayı amaçlayan,
ve çeşitli nedenlerle atılan sayıya ilişkin istatistikler. Varsayılan değer: N
-sayı dönüş tamsayı
Döndürülecek maksimum primer çifti sayısı. Döndürülen astar çiftleri şuna göre sıralanır:
onların 'kalitesi', başka bir deyişle, amaç fonksiyonunun değerine göre (daha düşük bir
sayı daha iyi bir primer çiftini gösterir). Dikkat: bu parametreyi büyük bir
değeri çalışma süresini artıracaktır. Varsayılan değer: 5
-outfile dış dosya
onworks.net hizmetlerini kullanarak primerse çevrimiçi kullanın
