Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen TransDecoder.Predict komutudur.
Program:
ADI
Transkoder - Transkriptome Protein Tahmini
KULLANIM
gerekli:
-T transkriptler.fasta
Ortak seçenekler:
--retain_long_orfs bu birçok nükleotitten eşit veya daha uzun bulunan tüm ORF'leri saklayın, başka bir kanıt olmasa bile
kodlama olarak işaretler (varsayılan: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm aramak için
hmmscan kullanarak (PATH ayarınızdan erişilebilir olmalıdır)
--retain_blastp_hits
Gelişmiş seçenekler
--tren Protein tanımlaması için Markov Modunu eğitmek için ORF'leri içeren FASTA dosyası; aksi halde
kullanılan en uzun yedeksiz ORF'ler
-T --train yoksa, Markov Modelini eğitmek için en uzun ORF'ler (heksamer istatistikleri) (varsayılan: 500)
2015-12-28 TRANSDEKODER.ÖNCELİK(1)
Onworks.net hizmetlerini kullanarak TransDecoder.Predict'i çevrimiçi kullanın
