Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen vcf_filter komutudur.
Program:
ADI
vcf_filter - Bir VCF dosyasını filtrele
SİNOPSİS
vcf_filter [-h] [--kısa devre yok] [--filtresiz] [--çıkış ÇIKIŞ] [--yerel komut dosyası
LOCAL_SCRIPT] giriş filtresi [filter_args] [filtre [filter_args]] ...
TANIM
Bu komut dosyası PyVCF'nin bir parçasıdır.
SEÇENEKLER
konumsal argümanlar:
işlenecek Dosyayı girin (kullanın - STDIN için) (varsayılan: Yok)
isteğe bağlı argümanlar:
-h, --yardım et
Bu yardım mesajını göster ve çık. (varsayılan: Yanlış)
--kısa devre yok
Herhangi bir filtre tetiklenirse bir sitede filtre işlemeyi durdurma (varsayılan: Yanlış)
--çıktı ÇIKTI
[STDOUT] çıktısı alınacak dosya adı (varsayılan: <_io.TextIOWrapper name=' ' mod='w'
kodlama='ANSI_X3.4-1968'>)
--filtrelenmemiş
Yalnızca filtreleri geçen sitelerin çıktısını alın (varsayılan: Yanlış)
--yerel komut dosyası LOCAL_SCRIPT
Python dosyası, filtre sınıflarıyla birlikte geçerli çalışma dizininde (varsayılan: Yok)
tmm:
Yalnızca düşük kaliteli varyantları olan siteleri filtreler. Yüksek bir siteye sahip olmak mümkündür
birçok düşük kaliteli çağrı ile kalite. Bu filtre, en az bir çağrının yukarıda olmasını gerektirir
bir eşik kalitesi.
--genotip-kalite GENOTYPE_QUALITY
Bu kalitenin üzerinde genotipi olmayan siteleri filtrele (varsayılan: 50)
sadece snp:
Yalnızca SNP türevlerini seçin
dps:
Örnek başına eşik okuma derinliği
--örnek başına derinlik DEPTH_PER_SAMPLE
Her numunede minimum gerekli kapsam (varsayılan: 5)
ort-dps:
Örnek başına eşik ortalama okuma derinliği (read_depth / sample_count)
--örnek başına ortalama derinlik AVG_DEPTH_PER_SAMPLE
Örnek başına minimum gerekli ortalama kapsam (varsayılan: 3)
eb:
İlişkili sıralama hatalarına benzeyen siteleri filtreleyin. Bazı sıralama
teknolojileri, özellikle piro-sıralama, bir mutasyonun olduğu yerlerde mutasyon sıcak noktaları üretir.
sabit gürültü seviyesi, bazı referanslar ve bazı heterozigot çağrıları üretir. Bu
filtre, binom olasılığını karşılaştırarak her site için bir Bayes Faktörü hesaplar
altında gözlemlenen alelik derinliklerin: * Sabit hataya eşit bir model
MAF. * Her örneğin arayan tarafından bildirilen ploidi olduğu bir model. test
değer, bayes faktörünün günlüğüdür. Daha yüksek değerlerin hata olma olasılığı daha yüksektir.
Not: bu filtre rpy2 gerektirir
--eblr EBLR
Bu hata günlüğü oran oranının üzerindeki siteleri filtrele (varsayılan: -10)
metrekare:
Düşük kaliteli siteleri filtreleyin
--site-kalite SITE_QUALITY
Bu kalitenin altındaki siteleri filtrele (varsayılan: 30)
onworks.net hizmetlerini kullanarak vcf_filter'ı çevrimiçi kullanın
