Bu, en son sürümü GMcloser-1.6.2.tar.gz olarak indirilebilen GMcloser adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
GMcloser adlı bu uygulamayı OnWorks ile ücretsiz olarak indirin ve çevrimiçi çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
GMyakın
Ad
AÇIKLAMA
GMcloser, iskele düzeneklerinde bulunan boşlukları, özellikle de yeni nesil dizileme (NGS) okumalarıyla tüm genomların de novo montajı tarafından oluşturulan boşlukları doldurur ve kapatır. Yalnızca NGS okumalarını kullanan diğer boşluk kapatma araçlarının aksine, GMcloser boşlukları kapatmak için diziler olarak önceden birleştirilmiş bitişik kümeler veya uzun okuma kümeleri kullanır ve boşluğun doğruluğunu ve verimliliğini artırmak için çift uçlu (PE) okumalar ve olabilirlik tabanlı bir algoritma kullanır kapatma. Farklı contig setleri ile ardışık tedaviler ile boşluk kapatmanın etkinliği arttırılabilir.Eşlik eden bir paket olan GMvalue, contig ve iskelelerdeki yanlış montaj yerlerini belirlemek için bir araçtır. Diğer ilgili araçlardan farklı olarak, GMvalue, çeşitli seçeneklerle yanlış birleştirme kategorilerini tanımlayabilir ve büyük boyutlu bir genomun derlemelerine uygulanabilir. -e seçeneğini kullanarak, GMvalue ayrıca yanlış birleştirmeleri bölerek veya düzelterek hatasız montajlar üretir.
Bu, https://sourceforge.net/projects/gmcloser/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
