Bu, en son sürümü miRDP2-v2.tar.gz olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak miRDP1.1.4 adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için miRDP2 adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
miRDP2 Linux'ta çevrimiçi çalışacak
Ad
AÇIKLAMA
miRDeep-P2 (miRDP2), bitkilerdeki mikroRNA'ları (miRNA'lar) transkriptomunu doğru ve hızlı bir şekilde analiz etmek için geliştirilmiştir. Yeni stratejiler ve elden geçirilmiş algoritma ile miRDeep-P'den (miRDP) benimsenmiştir. Arabidopsis, pirinç, domates, mısır ve buğday gibi kademeli olarak artan genom boyutuna sahip bitkilerde miRNA transkriptomlarını analiz etmek için miRDP2'yi test ettik. miRDeep-P ve diğer birkaç hesaplama aracıyla karşılaştırıldığında, miRDP2, NGS verilerini üstün bir hızla işledi. Yeni güncellenen bitki miRNA açıklama kriterlerini dahil ederek miRDP2'nin doğruluğu da önemli ölçüde iyileştirildi. Sonuçlarımız miRDP2'yi bitkilerde miRNA transkriptomunu analiz etmek için hızlı ve doğru bir araç olarak göstermektedir.Referans: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty972
Özellikler
- küçük RNA
- mikroRNA(miRNA）
- Yeni Nesil Dizileme (NGS)
- Perl
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Perl
Veritabanı Ortamı
Perl DBI/DBD
Bu, https://sourceforge.net/projects/mirdp2/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
