altree-convertp - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

altree-convert - Назва...

СИНТАКСИС

altree-convert [параметри]

варіанти:
--версія версії програми
--short-help|h коротке довідкове повідомлення
--довідкове повідомлення допомоги з описом параметрів
--man повна документація
--first-input-file|i вхідний файл 1
--second-input-file|j вхідний файл 2 (необов'язковий)
--output-file|o вихідний файл
--case-control-output|c вихід, що містить nb випадків/контролів
--тип-даних|t ДНК|ЧИСЛО
--phylo-prog|p PAUP|PHYLIP
--reconstruct-prog|r PHASE|FAMHAP
--data-quali|q Тип даних: якісні або кількісні
--nbind-threshold|s Мінімальна кількість особин, отриманих для збереження гаплотипу

ВАРІАНТИ

-- версія
Роздрукувати версію програми та вийти.

--коротка допомога
Надрукуйте коротке повідомлення довідки та виходить.

--допомога Надрукуйте довідкове повідомлення з описом параметрів і виходами.

-- чоловік Друк сторінки посібника та вихід.

--first-input-file|i
Вхідний файл 1 (вихід програми реконструкції гаплотипу)

--другий-вхідний-файл|j
Вхідний файл 2 (другий вихід famhap або файл, що містить статус захворювання)

--вихідний файл|o
Вихідний файл

--case-control-output|c
Вихідний файл, що містить кількість випадків і контролів із кожним гаплотипом

--тип-даних|t "ДНК"|"SNP"
Тип даних: ДНК (ATGCU) або SNP (0-1)

--філо-прог|стор "філіп"|"пауп"
Програма реконструкції філогенезу

реконструювати-прог|р "famhap|фаза"
Програма реконструкції гаплотипу

data-quali|q "якісний|кількісний"
Тип аналізованих даних

nbind-threshold|s
Мінімальна кількість індивідуумів із гаплотипом, необхідна для його збереження
подальший аналіз. Якщо ви хочете зберегти всі гаплотипи, ви повинні змінити 0 на це
змінна

ОПИС

це програма прочитає заданий вхідний файл(и) і згенерує вхідний файл для
програмне забезпечення для філогенетичної реконструкції paup або phylip/paml

Використовуйте altree-convertp онлайн за допомогою сервісів onworks.net